В целом занятие Бессарабии и Северной Буковины прошло спокойно. Деморализованные румынские солдаты отступали, не оказывая сопротивления. Имевшие место столкновения были, как правило, следствием «энтузиазма» советских командиров, не обращавших внимания на мелочи вроде соблюдения условий соглашения с румынской стороной. И то сказать, румын Красная Армия не боялась, не то что немцев. 28 июня при продвижении 15-й стрелковой дивизии за Кишинев румынской стороной был обстрелян передовой батальон, в получасовой перестрелке погибли два бойца. 29 июня 138-й противотанковый дивизион 58-й стрелковой дивизии в районе станции Рогозка встретил вооруженное сопротивление румынской конной группы из 20–30 человек. В результате подучасовой перестрелки был ранен красноармеец. Румынские солдаты разбежались, потеряв, по донесению командира дивизии, двух человек убитыми. При попытке головной заставы той же дивизии подойти к приштинским высотам, передовой батальон 321-го мотополка был обстрелян румынским пулеметом; погибли 6 бойцов и 8 было ранено. По донесению командира дивйзии, ответным огнем были уничтожены 12 румынских солдат и 16 человек было ранено. Расследуя произошедший инцидент, командир 14-го румынского стрелкового корпуса генерал Д. Карлаонец заявил, что «советские солдаты, не соблюдая оговоренных правил, опережают румынские колонны, в которых возникают волнения и беспорядки». Он указал, что «румынским солдатам отданы приказы открывать огонь по советским бойцам, если они будут и дальше неотступно следовать за румынскими колоннами». 29 июня у поселка Сергиены на пути продвижения батальона 60-й стрелковой дивизии румынской стороной была устроена засада, из которой были убиты 2 советских солдата. 30 июня передовой батальон 58-й стрелковой дивизии натолкнулся на конный румынский разъезд из 30–40 человек, который оказал сопротивление. Согласно донесению командира дивизии, во время Непродолжительной перестрелки румынская сторона потеряла двух солдат. В тот же день в районе Кориешти части 15-й стрелковой дивизии были обстреляны из засады. В результате погибли 4 красноармейца и 6 были ранены. С румынской стороны потери, как указано в донесении, составили 8 человек убитыми.

30 июня румынская сторона обратилась с протестом по поводу инцидента, произошедшего в деревне Дорохове, недалеко от новой границы. В заявлении указывалось, что «советские солдаты, придя в тамошнюю деревню, застрелили румынского офицера и нескольких солдат, а затем углубились дальше установленной демаркационной линии». В той же телеграмме румынское руководство» ссылаясь на незаконные действия советской стороны, связанные с появлением танкового десанта на прутской переправе, выдвинуло протест по поводу события, произошедшего у города Кетрушина. Здесь советский танковый батальон 46-й танковой бригады полковника М.Е. Катукова атаковал румынскую кавалерийскую бригаду в момент, когда командир последней договаривался о переправе на левый берег реки Прут.

Румынское правительство потребовало, чтобы советское руководство приняло «срочные меры, для того чтобы успокоить советских военачальников». «Мы не находимся в состоянии войны, а осуществляем мирную эвакуацию, следовательно, — указывалось в телеграмме, — военные действия, убийства и разоружения румынских солдат являются в сложившейся ситуации совершенно недопустимыми». Москва выдвигала встречные претензии, указывая, что «подобные обращения в дальнейшем она будет считать попыткой запугать советскую сторону».

Вооруженные инциденты продолжались. 30 июня румынской засадой была обстреляна колонна 25-й стрелковой дивизии, погиб один красноармеец. Во избежание дальнейших «провокаций» солдаты дивизии разоружили в соседней деревне батальон 37-й румынской пехотной бригады. Вечером батальон 321-го мотополка, посланный для обеспечения переправы, был дважды обстрелян с левого прутского берега. В ту же ночь команда телеграфистов 53-го отдельного батальона связи подверглась обстрелу в районе юго-западнее Тырлица. В начале перестрелки был убит боец, четверо оставшихся, по донесению командира 131-й стрелковой дивизии, в течение трех часов отражали нападение румын. На следующий день недалеко от переправы была обстреляна колонна машин 321-го мотополка. 2 июля румынский пулеметчик обстрелял батальон 74-й стрелковой дивизии; погибли 3 бойца. Командование отмечало в донесениях и происшествия иного рода. Из-за отсутствия контакта с соседними дивизиями 14-й мехполк на перекрестке дорог наскочил на разведывательный дивизион 131-й стрелковой дивизии, не разобравшись в обстановке, солдаты дивизии открыли огонь. В результате 4 красноармейца дивизиона получили тяжелые ранения. В другом случае передовые батальоны 15-й моторизованной дивизии перепутали маршрут и врезались в колонны соседней 140-й стрелковой дивизии, получасовая перестрелка закончилась гибелью солдата. В третьем случае кавалерийский разъезд 44-й кавалерийской дивизии по недоразумению был обстрелян батальоном 4-й танковой бригады.

В результате столкновений с румынскими солдатами советская сторона, по неполным данным, потеряла 29 человек убитыми и 69 ранеными (в результате неосторожного обращения с оружием погибли 4 красноармейца), за время операции отмечено 4 случая самоубийства. Происшествия привели к гибели 15 человек. В ходе их расследования за нарушения дисциплины, в первую очередь за «антисоветские» разговоры, к судебной ответственности были привлечены 28 человек. Восемь человек приговорили к расстрелу за «террористические» высказывания по отношению к командирам, 16 бойцов получили тюремные сроки за дезертирство.

К исходу 1 июля новая граница была полностью занята войсками, а с 14 часов 3 июля была уже «на замке», и румынские военнослужащие, не успевшие переправиться, были задержаны и разоружены. Тем самым «войска Южного фронта выполнили поставленную перед ними задачу pi обеспечили нашему правительству возможность мирным путем освободить Бессарабию и Буковину и своими действиями быстро закрепить их за СССР.

Граница надежно обеспечена. Главные силы приступили к нормальной боевой учебе в занимаемых ими районах… В освобожденных районах была восстановлена (!) Советская власть…»

С 5 июля 1940 года войска были переведены в состояние обычной готовности мирного времени, и с 8 июля началось их рассредоточение по местам постоянной дислокации. 7 июля было расформировано управление Южного фронта, а 10 июля — управление 9-й армии. Отсутствие боевых действий не исключало мелких стычек румынских и советских войск, потери Красной Армии в которых, а также от несчастных случаев за период с 11 июня по 6 июля 1940 года составили 119 человек.

В ходе молниеносной и самой бескровной Бессарабской кампании советские войска захватили значительные трофеи. К 14 июля они насчитывали: 52 796 винтовок и карабинов, 4480 пистолетов, 1 автомат, 1071 пулемет, 32(станковых пулеметов, 149 малокалиберных винтовок, 40 минометов, 6 зенитных пулеметов, 258 орудий, 14 миллионов патронов, 54 309 гранат, 1512 противотанковых мин, 79 320 снарядов, 15 грузовых автомобилей, 545 тонн ГСМ, санитарное, инженерное, вещевое имущество, 141 паровоз, 1866 крытых вагонов, 325 полувагонов, 45 платформ, 19 цистерн, 31 классный и 2 багажных вагона, 10 тысяч тонн продовольственного фуража. СССР получил территорию площадью почти 51 тысяча квадратных километров с населением 3776 тысяч человек.

Передачей Советскому Союзу требуемых им территорий не завершилось урегулирование спорных вопросов. С 29 июня в Одессе начала работу советско-румынская правительственная комиссия по урегулированию спорных вопросов и эвакуации румынских войск и учреждений. С советской стороны председательствовал генерал-лейтенант Д.Т. Козлов, с румынской — дивизионный генерал А. Алдя. Советская сторона, силой отобрав у румын территории, в том числе никогда России не принадлежавшие, потребовала, чтобы Бухарест возвратил угнанный подвижный состав железных дорог и передал техническую и картографическую документацию на новые советские территории. 31 июля было подписано соглашение о передаче СССР к 25 августа 175 паровозов и 4375 вагонов. Со своей стороны СССР отказался рассматривать контрпретензии Румынии по военному имуществу, оставленному в Бессарабии, на основании заявления румынской делегации, что имущество расхитили дезертиры. Правда, позднее большая часть военных трофеев была возвращена Румынии.