Тогда как монтаньяры и жирондисты открыто противостояли друг другу, французская армия продолжала терпеть поражения. Убежденные в том, что Конвент будет очень скоро просить мира, Ферзен и Мерси усилили попытки спасти королеву. Им удалось переговорить с Дантоном, который, казалось, смягчился бы при получении значительных начислений. Как бы там ни было, Комитет общественного спасения отправил тайного посланца в Венецию и Неаполь, чтобы начать переговоры об освобождении узников Тампля. Республиканцы старались действовать тайно, чтобы их шаги не получили огласки на весь мир. Они считали, что если три государства — Венеция, Флоренция и Неаполь — примут французскую конституцию как условие альянса, то королева и ее семья будут освобождены. Однако этот план был приостановлен. Провал жирондистов, смена Комитета общественного спасения, во главе которого стал Робеспьер, положили конец мирным переговорам. Не имея возможности использовать репрессии по отношению к Венскому двору, Комитет решил на этот раз принять радикальные меры против королевы.

Вечером 13 июля Мария-Антуанетта и Елизавета вышивали, юная Мария-Терезия читала вслух, мальчик спал. Внезапно в комнату ворвались стражники забрать будущего Людовика XVII от матери. Слабая и беспомощная королева в эти минуты нашла в себе невероятные силы и энергию противостоять людям, которые хотели отнять у нее сына. В течение часа она пыталась защитить своего сына, который, проснувшись, кричал от ужаса. Лишь под угрозой смерти ее детей удалось остановить эту женщину. Измученная жестокой борьбой, которая забрала у нее все силы, королева попросила золовку одеть маленького принца, он уезжал, рыдая, после того как она покрыла его поцелуями. Разлука с сыном убила ее. Теперь, похожая на приведение, в трауре, она ходила взад-вперед по комнате, не произнося ни слова. Если бы это было в ее власти, она улетела бы к своему сыну.

Восставшие жирондисты захватывали земли. 13 июля 1793 года был убит Марат. Роялистов и федералов обвинили в заговоре и подготовке восстания, целью которого было восстановление монархии. А тем временем союзники продолжали продвигаться вперед, внутренние конфликты французов только помогали им. 23 июля капитулировал Майнц, 28 — Валансьен. Марсель оказался в руках англичан. А в то же самое время австрийцы захватили Нижний Эльзас. 1 августа Конвент пребывал в полной панике. Было решено перевести Марию-Антуанетту в Консьержери, чтобы она могла предстать перед Революционным трибуналом. Конвент решил тем не менее оставить в Тампле мадам Елизавету и королевских детей, общение которых было сведено к минимуму.

Ночью 2 августа женщин разбудили и объявили, что Марии-Антуанетте надлежит отправиться в Консьержери, по приказу прокурора Коммуны. Не изменив выражение лица, королева выслушала декрет. Ей пришлось одеться в присутствии стражников, которым было приказано не терять ее из виду ни на секунду. Бывшая королева Франции крепко обняла золовку и дочь и ушла, не оборачиваясь. Женщинам не разрешили сопровождать ее, как они ни просили. Заключенная вошла в карету, которая вскоре остановилась перед тюрьмой, где обычно содержали государственных преступников. После всех необходимых формальностей ее как обычное частное лицо сопроводили в камеру, очень сырую. Таковы были новые апартаменты Марии-Антуанетты. Из-за ширмы за ней постоянно наблюдали два жандарма.

Ферзен, совершенно потрясенный, узнав о печальной новости, по-прежнему искал средство спасти королеву. После долгих переговоров с Ламарком он нашел лишь один выход — отправить в Париж отряд кавалеристов. Он пришел к Мерси, чтобы заручиться его участием в заговоре. Тот считал, что положение королевской семьи безнадежно, и никто не сможет ничего сделать ради ее спасения. По настоянию Ферзена, Мерси тем не менее согласился написать письмо герцогу Кобургу, которого просил помочь военной силой — пойти в поход на Париж ради спасения королевы. Кобург отказал. Тогда Мерси написал герцогу Йоркскому. «С этого момента я больше не живу, поскольку мне больше не для кого жить. Я не могу ни страдать, ни мучиться, — писал Ферзен сестре Софии. — Если бы я мог сделать что-то для ее освобождения, тогда мне кажется, я страдал бы меньше, но невозможность помочь ей становится ужасной пыткой. […] Я не могу ничем больше заниматься, как думать о несчастьях благороднейшей из женщин. […] Если бы я мог умереть ради ее спасения! […] Нет мне прощенья, если она заточена в ужасную тюрьму».

Мадам де Сталь анонимно выпускает брошюру «Размышления женщины о процессе над королевой». Обращаясь к себе подобным, истинная дочь Некера прибегает ко лжи, которая производит на Марию-Антуанетту большое впечатление: «Приговор королевы будет бесполезным преступлением, и тем самым еще более унизительным. […] Защищайтесь, королева, если можете, Бог вам судья. Ступайте за своим ребенком, который вскоре сам станет мишенью для несчастья и неудачи и примет на себя все зло мира». Сталь отправила брошюрку Ферзену, который видел в ней лишь мудреное и ничего не значащее позерство.

Завернувшись в одеяло, королева читала дни напролет, пока достаточно было света. Ей было глубоко безразлично, кто бы ни сновал по ее камере. Находились любопытные, кому хотелось увидеть необычную заключенную. 3 сентября к ней привели некоего Ружвиля, которому было разрешено передать королеве гвоздику. Она приняла ее и нашла среди лепестков записку, в которой говорилось о возможности побега. У королевы не было чем писать и она нацарапала ответ колючкой на клочке бумаги. Он был перехвачен тюремщиками. Ружвиль скрылся. Провели допрос с пристрастием одного из жандармов, и снова прошел слух о попытке восстановления монархии. У королевы отняли даже те несколько колец, которые у нее остались. «Дело гвоздики» привлекло внимание к ней хотя бы на время. Как раз общественный обвинитель Фукье-Тинвиль жаловался, что до сих пор не получил никаких доказательств, чтобы предъявить обвинение. Тогда было решено допросить «вдову Капет» по делу о «заговоре с гвоздикой».

3 сентября в 4 часа пополудни делегаты комитета, которым было поручено вести расследование, Амар и Севестр, вошли в камеру к знаменитой узнице. Вначале допрос велся как обычно. Королева сочла необходимым все отрицать: никто не передавал ей никаких записок и она утверждала, что какой-то незнакомец приходил «во время ее нервного припадка». Вопросы стали более коварные. Депутаты, казалось, забыли о том деле, которое им поручили для подготовки обвинения. Они спрашивали королеву, что знает она о политическом положении на тот момент, знала ли она о победах французской армии, сохранила ли «отношения с внешним миром». Настаивая на положении заключенной, Мария-Антуанетта утверждала, что она ничего не знает, кроме как то, что слышала от стражников в Тампле. «Вас интересуют успехи вражеской армии?» — спросили у нее напрямую. «Меня интересует успех армии, принадлежащей народу, которым должен править мой сын. Разве есть для матери что-то более важное?» — ответила она довольно ловко. Мария-Антуанетта утверждала, что единственное, что ее тревожит, так это беспокойство о счастье Франции. «Пусть Франция будет великой и счастливой — это все, что мне нужно», — заявила она людям, пытавшимся найти в ее словах компромат.