Продвижение Ломоносова по службе давалось ему ценою многих потерь. Здоровья прежде всего. Так, скажем, в 1756 году он пропустил по болезни только восемь дней, а в 1757 году, когда был назначен членом Академической канцелярии, он проболел целых шестьдесят два (!) дня. Да и в последующие годы, хотя пропуски по нездоровью уменьшились, они составляли все же большую ежегодную цифру, нежели до повышения (в 1758 году — пятнадцать дней, в 1759-м — четырнадцать и т. д.), и, как правило, падали на позднюю осень и зиму.

Кроме того, возрастала загруженность Ломоносова. Он полностью вынужден был отказаться от всех занятий, связанных с «химической профессией». Еще в марте 1755 года он просил освободить его от составления проектов иллюминаций на торжественные случаи и стихотворных надписей к ним и получил просимое освобождение. 14 декабря 1754 года он поставил Канцелярию в известность, что не успеет сочинить похвальное слово Петру Великому, и президенту пришлось отменить торжественное собрание Академии, назначенное на 19 декабря, на котором Ломоносов должен был его произнести. Но даже и потом работа над этим программным сочинением затягивалась, и президент 29 марта 1755 года напомнил ему, чтобы он ускорил писание речи, над которой-де слишком давно уже трудится.

С назначением в Канцелярию объем чисто организационной деятельности его как по научным, так и по админинистративным делам возрос неизмеримо. А когда к этому прибавились заботы по университету и гимназии, то времени для собственных научных исследований почти не осталось совсем. А ведь в эту пору Ломоносов заканчивал работу над «Древней российской историей» и «Кратким российским летописцем», намечал новые направления в географической науке, не оставлял намерения написать капитальный труд по физике и т. д. и т. п.

Деятельность в Академической канцелярии занимала у Ломоносова много времени. Но, сознавая всю важность этой деятельности, ее благотворные последствия для русского просвещения, он не только терпеливо, но с кровной заинтересованностью продолжал ее. Вот как выглядел в это время рабочий распорядок Ломоносова за один месяц (берем май 1761 года):

2 мая. Присутствовал в Канцелярии.

3 мая. Присутствовал в Канцелярии.

4 мая. Присутствовал в Канцелярии, где попросил выделить на содержание студентов и гимназистов 400 рублей (просьба была удовлетворена). Присутствовал в Академическом собрании, где обсуждались причины испарения ртути.

7 мая. Присутствовал в Канцелярии. Присутствовал в Академическом собрании, где прочитал свою работу «Краткие размышления об испарении ртути».

10 мая. Присутствовал в Канцелярии.

13 мая. Присутствовал в Канцелярии.

15 мая. Присутствовал в Канцелярии, где рассматривался проект И. И. Шувалова об учреждении в разных городах Российской империи гимназий и школ. Здесь же сообщил, что он «в сей день» отправится в Ораниенбаум, где должен встретиться с великой княгиней Екатериной Алексеевной.

16 мая. Находился в Ораниенбауме.

17 мая. Присутствовал в Канцелярии, где распорядился исключить из гимназии, учеников Баранова (за кражи) и Хаустова (за неуспеваемость).

18 мая. Присутствовал в Канцелярии, где распорядился ввести новый порядок снабжения студентов и гимназистов учебниками.

До 21 мая. Разрешил сотрудникам Академии Красильникову и Курганову производить наблюдения прохождения Венеры по диску Солнца 26 мая на академической обсерватории и пользоваться ее инструментами. Вторично распорядился выселить профессора К.-Ф. Модераха из казенной квартиры. (Модерах был инспектором университета и гимназии. 24 апреля Ломоносов приказал Модераху передать все дела по университету и гимназии профессору С. К. Котельникову, «как россиянину природному, который бы имел большее попечение об учащихся, как о своих свойственниках». Передав дела другому лицу, Модерах автоматически терял право на казенную квартиру.)

22 мая. Присутствовал в Канцелярии. Получив распоряжение Сената, предлагавшее Академии наук допустить Красильникова и Курганова на академическую обсерваторию, вторично подтвердил свое разрешение им производить там наблюдения.

23 мая. Потребовал от Тауберта объяснения, почему он препятствовал Красильникову и Курганову вести наблюдения на академической обсерватории. Запросил профессора ф.-У.-Т. Эпинуса (между прочим, одного из своих противников в Академии), не испытывает ли он недостатка в инструментах, необходимых ему для наблюдения прохождения Венеры по диску Солнца.

После 23 мая. Получил от Тауберта письменное объяснение Эпинуса, почему нежелательно наблюдение прохождения Венеры по диску Солнца на академической обсерватории Красильниковым и Кургановым, нашел его неосновательным и написал по этому поводу свои возражения.

25 мая. Дал указание Красильникову и Курганову, чтобы они, проводя на академической обсерватории наблюдение за Венерой, допустили туда же и Эпинуса, если он этого пожелает, а одного его на обсерваторию не пускали бы.

26 мая. Наблюдал на своей домашней обсерватории прохождение Венеры по диску Солнца и установил, что «планета Венера окружена знатною воздушною атмосферою».