Почувствовав опасность, смертельную для своей карьеры, Шумахер принял самые энергичные меры. Его люди, которых он немало сплотил вокруг себя за двадцать лет пребывания у «кормила» Академии, хлопочут перед следственной комиссией о восстановлении патрона, называя жалобщиков «ничтожными людьми из академической челяди». За Шумахера заступается лейб-медик русской императрицы И.-Г. Лес-ток, выходец из Франции, подданный одного из мелких германских князьков — герцога Брауншвейг-Целльского, международный авантюрист, деятельность которого оплачивалась несколькими европейскими государствами.

Шумахер пустил в ход весь арсенал своих грязных средств. Еще до того как была создана следственная комиссия, когда Нартов только отправлялся в Москву, Шумахер, извещенный предателем из жалобщиков (им оказался академический канцелярист, некий Худяков), экстренно организовал чтение лекций для студентов Академического университета, «для виду», как писал Ломоносов. Московские друзья Шумахера были тоже предупреждены и делали, со своей стороны, все возможное, чтобы вызволить его из беды. Наконец он наносит решающий удар: «...уговорены были с Шумахеровой стороны бездельники из академических нижних служителей, — писал Ломоносов, — кои от Нартова наказаны были за пьянство, чтобы, улуча государыню где при выезде, упали ей в ноги, жалуясь на Нартова, якобы он их заставил терпеть голод без жалованья. Сие они сделали, и государыня по наговоркам Шумахерова патрона (Лестока. — Е. Л.) указала Нартова отрешить от Канцелярии и быть в ней Шумахеру главным по-прежнему».

Шумахер был признан виновным лишь в присвоении академического вина на сумму 109 рублей 38 копеек. «Бич» ударил по самим жалобщикам.

Ломоносов близко к сердцу принял эту победу зла над добром, лжи над правдою. Более всего его возмутило поведение ученых, поддержавших советника Канцелярии, — и прежде всего: профессора истории Миллера, профессора астрономии и конференц-секретаря Винсгейма и своего бывшего преподавателя физики Крафта (который, кстати, был родственником Шумахера), не говоря уже о подлом поступке канцеляриста Худякова.

Для Ломоносова вопрос стоял предельно благородно и просто: если Шумахер — злейший враг России (а это неопровержимо доказывалось фактами), то русский, оказавший ему услугу, достоин презрения; если Шумахер — злейший враг науки (что также безусловно подтверждалось), то ученые, защищавшие его, утратили не только свой нравственный, но и профессиональный престиж. Ведь в ситуации с Шумахером требовалось лишь одно: беспристрастное проведение расследования, то есть выяснение истины, и если бы это было сделано, интересы России, русской науки, восторжествовали сами собой. Миллер, Винсгейм, Крафт оскорбили два самых высоких для Ломоносова понятия: Истину и Россию. К таким людям он был беспощаден. В своих отношениях к Миллеру Ломоносов до самой смерти не смог преодолеть сильнейшей неприязни (несмотря на то, что этот ученый впоследствии довольно горячо выступал против Шумахера). То же чувство он испытывал к Крафту и Винсгейму.

Не имея возможности восстановить справедливость, прямодушный Ломоносов не считал нужным скрывать свое отношение к противнику.

Осенью и зимою 1742–1743 годов происходит целый ряд столкновений Ломоносова с профессорами и служащими Академии. Еще до назначения следственной комиссии по делу о шумахеровых злоупотреблениях у Ломоносова случались стычки с соседями по дому из немцев, которые сами не всегда отличались «лояльностью» по отношению к русским жильцам. Бывало, что и бесчинствовали по пьяному делу, врываясь в чужие квартиры.

25 сентября 1742 года в поисках пропавшего полушубка Ломоносов толкнулся к своему соседу, академическому садовнику Иоганну Штурму. У того были гости, и шла шумная пирушка. Появление русского «варвара» встретили недружелюбными выкриками. Тут-то он и показал, что такое «варвар» на самом деле. К тому же еще и разъяренный. Пока сам И. Штурм бегал за караулом, Ломоносов со всей «скифской» беспощадностью обрушился на оставшихся: ухватив деревянную болванку, на которую И. Штурм вешал свой парик, он выгнал гостей на улицу (при этом беременная жена И. Штурма должна была спасаться через окно), сокрушил мебель, расколотил зеркало, изрубил шпагой дверь. Порядком избитые, но пришедшие в себя гости «по-тевтонски» организованно ответили ему. Пятеро караульных со старостой, которых привел Штурм, не без труда препроводили Ломоносова на съезжую — с разбитым коленом, помятой грудной клеткой, в крови и кровью харкающего, но рвущегося в бой (правда, потом он несколько дней не мог выйти из дому). Заведенное на него дело не двинулось, ибо 30 сентября началось следствие над Шумахером. Против Ломоносова в эту пору было возбуждено еще несколько дел о «бое и бесчестии», которые не сдавались в архив вплоть до 1780-х годов, когда его уже не было на свете.

Но главные столкновения Ломоносова с Академией начались во время следствия над Шумахером. Назначенный советником Канцелярии (на место Шумахера) Нартов 9 октября включил Ломоносова в число своих помощников «для разбирания вещей». 11 октября академический сторож Глухов рассказал, что во время его дежурств унтер-библиотекарь Тауберт (родственник и соратник Шумахера), «приходя в Канцелярию и старую судейскую, берет разные письма большими связками и носит к себе вверх, в третий департамент, в данную ему каморку». Стало ясно, что люди Шумахера, находившегося под арестом, будут использовать любую возможность, чтобы замести грязные следы своего патрона. (И действительно: 14 октября группа академических служащих во главе с комиссаром Михаэлем Камером сообщила в Следственную комиссию, что Тауберт вновь выносил из опечатанной комнаты письма.)

Вот почему, когда 13 октября Ломоносов выдавал из архива Академического собрания конференц-секретарю профессору Винсгейму (из друзей Шумахера) необходимые тому бумаги, он позволил себе говорить с ним «о разных делах ругательно и с насмешками». Присутствовавшие при этом Камер и копиист Пухорт также не удержались от разных «своевольств». 14 октября Ломоносов с переводчиком Иваном Горлицким «под видом осматривания печатей» помешал Академическому собранию «продолжать свои дела». Люди Шумахера в Академическом собрании инспирировали 3 декабря подачу коллективной жалобы в Следственную комиссию на Ломоносова, Горлицкого, Камера и Пухорта. 31 декабря члены собрания подали еще одну жалобу на них.