Илья Ильич в эти последние месяцы и годы жизни Пастера бывал у него почти ежедневно. В письмах Мечникова мы часто встречаем упоминания о Пастере:

«…Вчера вечером был у Пастера. Он уже до того впал в младенчество, что забывает и факты, и слова, так что мадам Пастер должна ему ежеминутно подсказывать, как маленьким ребятам… Тяжко видеть такое медленное угасание».

Друзья и соратники окружили заботой и вниманием великого ученого. Пытались отвлечь его от горьких мыслей, но это удавалось плохо.

«Видя себя беспомощным для продолжения столь дорогой ему деятельности, Пастер начал сильно грустить. Он чувствовал, что не выполнил всего, что ему хотелось еще совершить, и эта неудовлетворенность мучила его. Напрасно мы убеждали его, что он уже сделал так много для науки и человечества, что со спокойной совестью может почить на лаврах. Все это нисколько не удовлетворяло его. Постепенно силы Пастера стали падать. Время от времени повторявшиеся мелкие мозговые кровоизлияния окончательно разрушили как физическое здоровье, так и умственную мощь этого гиганта мысли и дела», — писал Илья Ильич Мечников.

22 декабря 1892 года состоялся юбилей Пастера. Илья Ильич в своих воспоминаниях писал о нем: «Но боже, в каком виде предстал бедный Пастер перед многочисленной публикой, собравшейся, чтобы его поздравить! Бледный, больной, дряхлый, он не мог без слез выслушивать многочисленные поднесенные ему адреса, был не в состоянии сам прочитать заранее написанное им выражение его благодарности».

Перед смертью к Пастеру привели священника. На вопрос последнего: «Страдаете ли вы?» Пастер ответил: «Да». Это все, чего от него мог добиться служитель церкви. Из этого маловажного события составили целую историю о том, что Пастер перед смертью пожелал причаститься и исповедаться, что он скончался в лоне католической церкви, и многое другое в таком же роде. Рассказ об этом подогрел укоренившееся во многих умах убеждение, что Пастер всю жизнь был ревностным католиком, чуть ли не религиозным фанатиком. В действительности он избегал разговоров на религиозные темы и всегда проявлял чрезвычайную терпимость.

О религиозности Пастера Илья Ильич предлагал судить по тому факту, что, уступая всю жизнь женской половине семьи, «он перед сном повторял за своей женой вечернюю молитву, никогда не будучи в состоянии ее запомнить».

После смерти Пастера фактическим директором института стал доктор Ру, а научную работу возглавил Мечников.

При институте были учреждены ежегодные курсы по бактериологии. Одним из главных организаторов этих курсов был Илья Ильич Мечников. Так он осуществил свою давнишнюю мечту о подготовке ученых-микробиологов на основе широкого сравнительно-биологического метода.

Большую часть слушателей составляла русская молодежь. Из года в год упорно подготовлялись кадры славной школы русских микробиологов.

Мечников дал возможность работать в своей лаборатории молодому ученому Александру Михайловичу Безредке.

В одной из статей Мечников писал о Безредке: «Одессит, он приехал в Париж изучать медицину и по окончании курса поступил в мою лабораторию в качестве добровольца, затем ассистента и так далее, вплоть до звания адъюнкт-профессора, которое ему было дано недавно. В Пастеровском институте его положение упрочено в первых рядах, между тем как в России он, высокоталантливый ученый, полный энтузиазма к науке, влачил бы жалкое существование в качестве второстепенного практического врача. Причина этому та, что г. Безредка — еврей и что поэтому в его отечестве ему был бы прегражден всякий доступ к науке и кафедре».

Лекции Ильи Ильича, как всегда, пользовались исключительным успехом. Самые сложные вопросы науки он умел поставить и разрешить в необычайно ясной форме, убедительной даже для самой широкой аудитории.

Несмотря на многолетнее пребывание в Париже, Мечников всегда оставался человеком подлинно русской культуры. «По-французски Илья Ильич говорил свободно, но все же чувствовалось, что это не его родной язык и что мыслит он по-русски, — вспоминала одна из учениц Мечникова. — Иногда среди изложения от него вдруг ускользало какое-нибудь французское слово, и он с добродушной досадой бросал в воздух: „Да как же это по-французски?“ На что мы, русские слушатели, хором подавали нужную реплику».

В середине девяностых годов прошлого века во Франции были сильны шовинистические настроения. Реакционные круги, провозглашая «Франция — французам», небезуспешно пытались закрыть двери учебных заведений для иностранцев, наплыв которых в парижские высшие школы всегда был велик. Принимая близко к сердцу трагическую судьбу русской молодежи, особенно девушек, лишенных возможности учиться у себя на родине, Илья Ильич часто выступал в роли защитника интересов молодежи перед лицом французской администрации.