Князь Андрей пошел в своего деда — князя Андрея Михайловича. Его отличала склонность к авантюре и риску. Но, кроме того, он был храбрым воином.

Беспорядки в столице произошли в сентябре — октябре. Брат князя Андрея Василий с весны 1585 и до осени 1586 г. находился на воеводстве в Смоленске. Ранее 15 октября он был сведен с воеводства и отозван в столицу.

В конце 1586 г. в Москве пролилась кровь. По приказу властей шесть купцов, главных сообщников князя Андрея, были обезглавлены «на Пожаре» у стен Кремля. В их числе были Федор Нагой, Голуб, Русин Синеус. Многих посадских людей подвергли пыткам, а затем отправили в ссылку в Сибирь.

Описанные казни послужили отправной точкой длительного розыска. Не позднее весны 1587 г. власти отдали приказ об аресте Шуйских. Пока что речь шла о «малой опале». В июне 1587 г. Посольский приказ разъяснил полякам, что Шуйские творили многие «неправды» царю, но «государь нашь ещо к ним милость свою показал не по их винам, памятуя княж Иванову службу, опалы своей большой на них не положил, сослал в деревню…». Местом ссылки князя Ивана Петровича стал укрепленный городок Кинешма.

Московские казни осложнили ситуацию. Страна оказалась на пороге новых потрясений. Весь горизонт, от края до края, затянули грозовые тучи. Однако улар грома последовал с запозданием.

Прошло несколько лет после окончания Ливонской войны, а последствия войны и разрухи не были преодолены. В 1587–1589 гг. на страну обрушились новые стихийные бедствия. Неблагоприятные погодные условия погубили урожай. Цены на хлеб взлетели в Москве и Новгороде, Владимире и Холмогорах. Крестьяне искали спасения на плодородном Юге.

Писцы и дозорщики доносили о многочисленных случаях дворянского «оскудения». Разорившиеся служилые люди и члены их семей бросали пустые поместья, шли в кабалу к боярам, изредка садились на крестьянскую пашню, чаще питались подаянием. Недовольство низшего дворянства породило глубокий политический кризис.

В связи с голодом 1588 г. осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова, олицетворявшего неправедную власть. Его бранили и втихомолку, и открыто. Англичанин Флетчер видел в 1588–1589 гг., как московская толпа жадно внимала пророчествам юродивого, поносившего Бориса. «В настоящее время, — записал он, — есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстановляет всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства». К 1589 г. голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. С наступлением весны правительство, опасаясь уличных беспорядков, отдало приказ о размещении в городе усиленных военных отрядов.

Круг сторонников Бориса сузился. Соперничество с соправителем Андреем Щелкаловым приобрело открытые формы. Опала на дьяка усугубила политическое одиночество правителя. Даже доброжелатели Бориса не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.: «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».

Наибольшую опасность для Годуновых таил сговор Шуйских с Нагими. Сговор мог иметь место лишь при одном непременном условии. Родня царевича Дмитрия, Нагие никогда бы не пошли на соглашение с регентом, если бы тот не признал прав царевича как законного наследника трона. Дело шло к заговору в пользу царевича Дмитрия. С точки зрения царствующей персоны подобного рода заговор означал грубое нарушение данной Федору присяги и не мог рассматриваться иначе, как государственное преступление.

Розыск о боярской измене должен был укрепить положение правителя. По свидетельству «Нового летописца», раздор с Шуйскими завершился тем, что Годунов будто бы подкупил слуг бояр Шуйских: «научи на них доводити людей их Федора Старова с товарищи и возложи на них измену».

Активную роль в расследовании играли бывшие опричники дворяне Татищевы. Дьяк Иван Тимофеев вспоминал, что Михаил Татищев помог Василию Шуйскому взойти на трон, но когда-то прежде, ради получения сана и чести, угождая Борису, «всеродна» бесчестил Василия, «даже и до рукобиения всеродно той досаждая». Всеродному гонению Шуйские подверглись в 1586–1589 гг. За свои заслуги перед Борисом Татищев получил чин ясельничего, а затем думного дворянина.

После розыска младшие Шуйские были арестованы в своих усадьбах и подвергнуты тюремному заключению. Князя Андрея заточили в тюрьму в Буйгороде. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина Василия Шуйского и его брата Александра были Андрей Замыцкий и галицкий судья князь Михаил Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич». Князей Дмитрия и Ивана оставили в селе Шуя. В дворовом списке конца 1588 г. имеются пометы о посылке приставов (Замыцкого, Окинфова, Вырубова) к арестованным Шуйским.

В том же списке против имени дворянина Федора Жеребцова сделана помета: «У Афанасия у Нагово». Очевидно, Нагой оказался под стражей одновременно с Шуйскими, и скорее всего по одному с ними делу. В декабре 1588 г. Афанасий сделал вклад в Троице-Сергиев монастырь «по сыне Петре». Сына арестовали и отправили в Антониев-Сийский монастырь. В начале 1589 г. власти распорядились усилить надзор за Петром, «приставить к нему приставов и никого не пускать к нему в келью».

Слухи об опалах в России широко распространились в Польше, и Борис счел необходимым опровергнуть их. Посольский приказ выступил с новыми разъяснениями по поводу Шуйских. «…Князь Ондрей Шуйской с братьею, — заявили московские послы, — учали перед государем измену делать, неправду и умышлять с торговыми мужики на всякое лихо, а князь Иван Петрович, им потакаючи, к ним же пристал, и неправды многие показал перед государем».