Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили традиционный погребальный обряд. Труп вдовы-царицы Марии Годуновой отвезли в женский Варсонофьев монастырь на Сретенке и там зарыли вне стен церкви, внутри монастырской ограды. В одну яму с ней были брошены тела Бориса и Федора Годуновых.

Распоряжавшийся в Кремле Б. Я. Бельский не принимал непосредственного участия в расправе над царицей Марией, которая приходилась ему двоюродной сестрой. Басманов тоже оставался в стороне. Но именно эти лица довершили разгром Годуновых, их родни и приверженцев в Москве.

Имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну. Бояр Годуновых отправили в ссылку в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с князем Ю. Приимковым-Ростовским. Пристав имел приказ умертвить его в тюрьме. По некоторым сведениям, С. М. Годунова уморили голодом. По свидетельству Разрядных книг, в тюрьме был умерщвлен и старший из Годуновых — Степан Васильевич, который ранее в чине дворецкого возглавлял Дворцовый приказ.

15–16 июня 1605 г. в Серпухове был получен приказ везти арестованных Сабуровых и Вельяминовых в Казанский и Астраханский край. Спустя четыре дня из Москвы повезли жен и детей опальных. Семьи должны были присоединиться к своим родным в местах ссылки.

Самозванец не мог занять трон, не добившись покорности от Боярской думы и церковного руководства. Между тем патриарх Иов не желал идти ни на какие соглашения со сторонниками Лжедмитрия. Неразборчивый в средствах, Отрепьев пытался вести двойную игру: провинцию он желал убедить в том, что Иов уже «узнал» в нем прирожденного государя, а в столице готовил почву для расправы с непокорным патриархом.

Одна из провинциальных летописей сохранила тексты двух грамот «вора» к церковникам. По словам автора летописи, одну из этих грамот, адресованную патриарху, привез в Москву князь В. В. Голицын. Содержание послания наводит на мысль, что оно не моглобыть написано в тульский период, к которому относится посылка В. В. Голицына в Москву. Во-первых, в грамоте нет и намека на происшедший в Москве переворот. О восшествии на трон самозванец упоминает как о неопределенном будущем. Во-вторых, Лжедмитрий именовал Иова «первым всеа Русии изменником», нелепым советником («совешателем»), искоренителем «царского корени» и пр. и вместе с ним, не выбирая слов, бранил весь московский освященный собор. Патриарх, писал он, желал «нас лишити проклятием своим и ложным собором нашего праотеческого царьского престола, еще на нас… богоненавистным своим собором вооружился еси проклятию вдати нас…».

Приведенное послание Отрепьева скорее всего явилось ответом на прежние грамоты Иова и постановления освященного собора, обличавшие «вора». Оно было составлено, вероятно, до московского восстания и привезено в столицу с запозданием.

Свое второе послание Лжедмитрий адресовал рязанскому архиепископу Игнатию. Едва П. Ляпунов и прочие мятежники вернулись в Рязань из лагеря под Кромами, Игнатий немедленно примкнул к победившей стороне. Он первым из иерархов признал «царя Дмитрия» и поспешил на поклон к нему в Тулу. В письме Лжедмитрий благодарил его за службу: «…твоими молитвами и благословеньем Рязань и Кошира и все иные города нашему величеству добил и челом…»

Патриарх Иов сохранял верность Годуновым до последнего момента и потому должен был разделить их участь. В прощальной грамоте 1607 г. Иов живо описал свои злоключения вдень переворота 1 июня. «…Множество народа царствующего града Москвы, — писал он, — внидоша во святую соборную и апостольскую церковь (Успенский собор. — Р.С.) с оружием и дреколием во время святого и божественного пения… и внидоша во святый олтарь и меня, Иова патриарха, из олтаря взяша и во церкви и по площади таская, позориша многими позоры…»

С красочными подробностями описывает расправу «История о первом патриархе». Когда Иова притащили на Лобное место, повествует автор «Истории», «мнози» в толпе «плакаху и рыдаху», тогда как другие ругали и били пленника; те, кто хотел убить Иова, стали одолевать тех, кто плакал, но тут на площадь прибежали «воры», побывавшие на патриаршем дворе; они кричали: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Толпа бросилась грабить патриаршие палаты, и жизнь Иова была спасена.

Достоверность приведенного рассказа невелика, поскольку первая биография («Житие») Иова была составлена позднее (после 1652 г.), и в ней, как отметил С. Ф. Платонов, невозможно обнаружить непосредственных впечатлений очевидца и современника Смуты.

Можно предположить, что сторонники Лжедмитрия, захватив патриарха в Успенском соборе, в дальнейшем постарались изолировать его, для чего заключили под домашний арест, как и семью низложенного Федора Годунова. Получив весть о перевороте в Москве, Лжедмитрий решил окончательно избавиться от Иова, предварительно использовав авторитет его имени. 5 (15) июня 1605 г. иезуит А. Лавицкий, близкий к особе самозванца, писал в письме следующее: «Теперь новость: московский патриарх признает светлейшего Дмитрия наследственным государем и молит о прошении себе, но москвитяне так на него распалились, что упрямому старцу ничего, кроме смерти, не оставалось…»