Социальная ломка, связанная с утверждением крепостного права, болезненно отозвалась на положении народа и стала одной из главных причин Смуты начала XVII в.

Крепостничество не могло окончательно восторжествовать в центре, пока существовали вольные окраины, служившие прибежищем для беглого населения. На протяжении нескольких десятилетий правительство добивалось подчинения казачьих земель. С этой целью оно строило остроги на Дону, Северском Донце, Волге, Тереке и Яике. Казаки всеми силами противились властям. Они отказывались выдавать беглых людей, не принимали воевод в свои городки, не давали проводить перепись их земель. Когда появился самозваный Лжедмитрий I, вольные казаки выступили на его стороне. Борису Годунову пришлось расплачиваться за политику подчинения вольных казачьих окраин.

Важнейшей предпосылкой гражданской войны — Смуты — явился кризис дворянского сословия. Государство смогло ввести принцип обязательной службы с земли лишь после того, как обязалось обеспечить поместьями всех членов дворянского сословия. Но выполнить это обязательство оно не смогло. К началу XVII в. большинство детей боярских владели поместьями, которые были значительно меньше положенных им поместных окладов. Владельцы мелких поместий испытали последствия голода 1601–1603 гг. в той же мере, что и крестьяне.

В начале XVI в. помещики были хорошо обеспечены землей и нести службу в тяжеловооруженной коннице («полковая служба»). На исходе столетия в России появился новый социальный персонаж — пеший сын боярский с пищалью (ружьем). Ружье было традиционным оружием стрельцов, но не дворян. Отказ от рыцарского вооружения и переход в пехоту означал, что измельчавшие помещики фактически выбывали из привилегированного сословия. Большое число пеших детей боярских несли службу в гарнизонах южных крепостей.

Московские власти начали спешно насаждать поместную систему на вновь присоединенных степных окраинах от Воронежа до Белгорода. Но там не было ни распаханных земель, ни крестьян. Поместья в степи получали не только дети боярские, но и казаки и крестьянские дети. Им приходилось самим пахать землю, и нередко их принуждали нести барщинные повинности на «государевой пашне». В итоге дворянство Юга России оказалось охвачено глубоким недовольством.

Главной причиной Смуты была не классовая борьба, а раскол, поразивший дворянство и вооруженные силы государства в целом. Годуновская династия пала после того, как против нее выступили гарнизоны южных крепостей, произошел мятеж в армии и столице.

После 15 лет правления Годунов не страшился открытых выступлений своих недоброжелателей. Но, подверженный суевериям, он чувствовал себя беззащитным перед тайными кознями. Чтобы спастись от порчи, Борис обязал подданных клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не насылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государе кое лихо».

Уже в первые годы царствования Бориса в Москве произошло несколько «колдовских процессов». Первым был заподозрен в нарушении клятвы боярин Иван Пуговка Шуйский. В государственном архиве хранилось «дело доводное — извещали княж Ивановы Ивановича Шуйского люди Янко Иванов сын Марков и брат его Полуехтко на князя Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле». Дворяне Марковы занимали видное положение в свите Шуйских.

Годунов отдал приказ расследовать дело. Розыск подтвердил вину боярина. Иван Шуйский якобы хотел извести царя колдовством. Виновного ждало суровое наказание. Он был лишен боярского титула и изгнан из Боярской думы, однако избежал опалы и тюрьмы.

В польских источниках можно обнаружить неявное свидетельство о преследовании старшего брата Ивана Шуйского — князя Дмитрия. В ничтожных проступках царь Борис усмотрел неуважение к своей персоне и якобы заключил князя Дмитрия в тюрьму на несколько месяцев, после чего держал в провинции, не допуская в столицу.

Годунов имел повод для расправы с Шуйскими, но старался избежать столкновения с самой могущественной аристократической фамилией России.

Знать по-своему реагировала на унижение Шуйских. Не будучи боярином, князь Иван Большой Одоевский 28 апреля 1600 г. затеял местническую тяжбу с Василием и Дмитрием Шуйскими.

Доносы множились, и царь Борис приказал арестовать боярина князя Шестунова, родню братьев Романовых. Его оклеветал холоп по имени Воика. При Грозном холопские доносы вели к кровавым расправам, в которых гибли и сами доносчики. Годунов не хотел следовать примеру великого государя. Он публично заявил, что не причинит боярину «никакого дурна», и одновременно велел объявить на площади перед Челобитенным приказом свое «жалованное слово» доносчику. За верную службу и раденье к своей особе он освободил Воика от холопства и пожаловал поместье, повелев служить в летях боярских «з города».