Заговор провалился, и власти посадили в башню сначала Андрея Шуйского, а затем князя Юрия с его боярами. Андрей провел в тюрьме еще пять лет. Лишь после смерти Елены Глинской правитель Василий Шуйский добился освобождения Андрея из заточения.

Благодаря опекунам братья Иван Плетень и Андрей Михайловичи Шуйские получили боярские чины.

Шуйские правили государством пять лет. После смерти последнего опекуна, князя Ивана Васильевича Шуйского, к власти пришли представители старшей ветви княжеского дома — князь Андрей Михайлович Шуйский с братом. Длительное пребывание в тюрьме давало о себе знать. Андрею недоставало политического опыта, расчетливости и осторожности. Его преследовали неудачи.

Когда юный великий князь стал оказывать милость боярину Федору Воронцову, Андрей Шуйский поспешил изгнать его из столицы. Князь и его советники «взволновашася между собою перед великим князем и митрополитом» и набросились на Федора в дворцовых хоромах: «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Вслед за тем Воронцова стащили «с великого князя сеней с великим срамом, биюще и пхаище, на площадь», после чего бросили в тюрьму. Шуйские и их пособники Головины не проявили уважения даже к митрополиту: «в кою пору от государя митрополит ходил к Шюйским, и в ту пору Фома Петров сын Головина на манатью наступал и манатью на митрополите подрал».

Члены думы имели право на боярский суд. Попытка устранения Воронцова без всякого суда вызвала недовольство у знати. Противники Андрея — новые «ласкатели» (фавориты) — опрометчиво вмешали несовершеннолетнего государя в свои распри. По приказу Ивана IV псари убили Андрея возле дворца напротив Курятных ворот. Убитый лежал наг в воротах два часа. Приверженцы князя Андрея князья Федор Скопин-Шуйский и Юрий Темкин-Ростовский попали в тюрьму.

Андрей Шуйский был первым боярином, убитым по приказу Ивана IV. В то время великому князю Ивану исполнилось 13 лет. «От тех мест, — записал летописец, — начали боляре от государя страх имети и послушание».

Достигнув совершеннолетия, Иван IV принял царский титул. Но этот акт мало что изменил в его взаимоотношениях с думой. Годы реформ стали для него годами ученичества. Государь всецело подчинился авторитету учителей и наставников Адашева и Сильвестра, действовавших в полном согласии с Боярской думой. Преобразования не могли быть проведены безличного участия Ивана IV и санкции со стороны руководства думы.

В пору реформ князья Суздальские не пользовались исключительной властью, но их позиции в думе были на редкость прочными.

Законные опекуны братья Шуйские сошли со сцены, уступив место крамольным Шуйским. Брат казненного князя Андрея Михаил стал главой Боярской думы. Он занял первую строку в думном списке Дворовой тетради 1552 г. (будущий царь Василий доводился Михаилу внучатым племянником). Ниже князя Ивана в списке членов думы был записан удельный князь Иван Федорович Мстиславский.

Возвышение бояр Романовых-Захарьиных, родни царицы Анастасии, и династический кризис 1553 г. осложнили карьеру Ивана Михайловича Шуйского. 22-летний государь тяжко занемог. Его кончины ждали со дня на день. Захарьины спешили с принятием присяги младенцу — наследнику царевичу Дмитрию. Проведение церемонии присяги они поручили своим сторонникам — князю Владимиру Воротынскому и дьяку Висковатому. Церемония была омрачена с первых минут. Старший боярин думы Иван Михайлович Шуйский заявил формальный протест: «Им (боярам) не перед царем целовати крест (приносить присягу) не мочно: перед кем им целовати, коли государя тут нет?» Подлинный смысл протеста заключался в следующем. Руководить присягой мог либо сам государь (но он был при смерти), либо старший боярин думы (Шуйский). Вместо этого дел о было поручено Воротынскому. Бояре не скрывали своего раздражения. Подойдя к кресту, князь Иван Пронский попрекнул Воротынского отцом, которого умертвили в тюрьме за измену. Правя старые летописи, Иван IV постарался изобразить князя Ивана Михайловича Шуйского старым изменником, зачинщиком «мятежа» в Боярской думе.

По случаю готовившегося похода Ивана IV на татар князь Михаил Шуйский в 1559 г. возглавил московскую «седьмочисленную» боярскую комиссию, которая должна была управлять царствующим градом в отсутствие монарха.

После смерти Михаила Шуйского первенство в думе перешло к удельным князьям Бельскому и Мстиславскому — аристократам литовского происхождения.

В середине XVI в. Россия вела длительную и кровавую войну с Казанским ханством. С весны 1552 г. русская армия стала готовиться к решающему наступлению на Казань. Передовые силы русских войск заблаговременно сосредоточились в Свияжске. Ими командовал князь Александр Горбатый. Внезапное вторжение Крымской орды едва не расстроило планы военного командования. Крымцы появились под Тулой, в непосредственной близости от Москвы, но были разгромлены.

23 августа 1552 г. московские полки приступили к осаде Казани. Крепость служила резиденцией для хана и его знати. Она не могла вместить большой гарнизон. Орда с кибитками и табунами продолжала кочевать в окрестностях татарской столицы.

Когда осадный лагерь был построен, Горбатый разгромил Орду в битве на Арском поле. Вслед за тем русская артиллерия подвергла усиленной бомбардировке укрепления Казани. Минных дел мастера подвели под крепостные стены глубокие подкопы. Взрыв порохового заряда разрушил колодцы, питавшие город водой. 2 октября последовал общий штурм крепости. Татарская столица пала.

Под стенами Казани более всех отличился воевода князь Александр Горбатый-Суздальский. Участник взятия Казани Курбский называл его великим гетманом царской армии. Через несколько месяцев после окончания похода Сильвестр с ведома царя обратился к Горбатому с посланием, в котором писал, что Казань взята «царским повелением, а вашим храбрьством и мужеством, наипаче твоим крепким воеводством и сподручными ти».

С разгромом Казанского ханства Россия прочно утвердилась в Нижнем Поволжье.

Ко времени казни боярина Андрея Шуйского его единственный сын князь Иван был молодым человеком. Его первенец княжич Василий, будущий царь, появился на свет, по одним сведениям, в 1547 г., когда Иван IV венчался на царство, по другим данным, в 1552 г.