Когда положение в Туле стало невыносимым, а защитники города едва держались на ногах, когда «наводнение и голод ужасающе усилились», «царевич Петр» и Болотников вступили в переговоры с Шуйским о сдаче крепости на условии сохранения мятежникам жизни, угрожая, что в противном случае осажденные будут драться, пока будет жив хоть один человек.

Царь Василий находился в затруднительном положении, и ему пришлось принять условия Болотникова. Самодержец поклялся на кресте, что будет соблюдать договор и помилует всех защитников Тулы.

У Болотникова был свой план. Он тщательно готовил вылазку, надеясь на то, что вода спадет и они смогут пробиться через вражеское войско навстречу «Дмитрию». Слуга Мнишека в одной из ноябрьских записей упомянул о том, что при сдаче Тулы «Болотников хотел выкинуть какую-то штуку, но она у него не вышла. Люди ушли из Тулы по заключенному им договору, а сам он остался в оковах». Русские источники подтверждают эту версию и объясняют причины того, что царь Василий нарушил клятву и сразу после сдачи Тулы велел взять под стражу Болотникова и «Петра».

В самые последние дни, когда Тулу стали покидать сотни людей, части гарнизона окончательно вышли из повиновения. За два-три дня до капитуляции тульские «осадные люди» присылали к царю «бити челом и вину свою приносить, чтоб их пожаловал, вину им отдал, и оне вора Петрушку, Ивашка Болотникова и их воров изменников отдадут».

Разобщенный наводнением и доведенный до крайности гарнизон Тулы сложил оружие. Вступивший в крепость Крюк-Колычев не встретил сопротивления.

Шуйский сохранил жизнь всем сдавшимся повстанцам. Амнистия была продиктована трезвым политическим расчетом. Гражданская война вступила в решающую фазу, и царь старался перетянуть на свою сторону всех колеблющихся.

Возвращение царя Василия в столицу было триумфальным. Он ехал один в красной колеснице, запряженной четырьмя белыми лошадьми цугом. Недалеко от дворца он сошел с колесницы и присоединился к боярам, встречавшим его у Кремлевского моста. Далее все двинулись пешком. Шуйский не упускал случая подчеркнуть, что он в отличие от прежних самодержцев правит царством вместе с Боярской думой.

Поход на Тулу был временем наивысших успехов царя Василия Шуйского. Он одержал выдающуюся победу. Мятежное войско Болотникова было разгромлено под Москвой и пленено в Туле. Казалось, что испытания гражданской войны позади и долгожданный мир близок. Но надежды не оправдались.

Разрядный приказ поставил цель не пропустить войско «стародубского вора» в Подмосковье. Власти направили на Пчельню боярина Михаила Скопина с войском. Он должен был преградить самозванцу путь через Калугу на Москву. Отряд князя Мезецкого изгнал мятежников из Крапивны на подступах к Туле.

Известие о падении Тулы вызвало панику в войске Лжедмитрия II. Пробыв в Волхове сутки, самозванец 17 октября спешно отступил поближе к границе — в Карачев. Тут его покинуло запорожское войско. Вслед за тем взбунтовались наемные солдаты — «литовские люди», желавшие уйти из России с добычей.

Не имея возможности задержать наемное войско, самозванец тайно покинул лагерь с 30 верными людьми. В свите «вора» был только один поляк. Даже «гетман» Меховецкий не знал, куда исчез «царек».

Некоторое время самозванец скрывался в Комарицкой волости. Тут его застали паны Ружинский и Тышкевич с воинскими силами. Примерно в те же дни на помощь Лжедмитрию II явился самозваный «царевич» Федор Федорович. Он привел трехтысячный отряд вольных казаков с Дона. В «воровской» лагерь прибыл также атаман Юрий Беззубцев с казаками, сдавшимися в плен при падении Тулы. Царь Василий привел атамана к присяге и поручил занять Калугу. Но казаки изменили присяге.

Численность повстанческой армии увеличилась до 10 000 человек, и русские вновь стали играть в ней значительную роль.

В январе 1608 г. Лжедмитрий II зимовал в Орле. Угроза Москве возросла, что немедленно сказалось на судьбе бывших тульских сидельцев. В феврале 1608 г. царь Василий приказал отправить Болотникова в ссылку в Каргополь.

С казацким «царевичем» власти расправились до высылки Болотникова из Москвы. Царь «Петрушку вора велел казнити по совету всей земли».

Ссыльный поляк Станислав Немоевский записал в дневнике 30 января 1608 г.: «Прибыл посадский человек из Москвы. Наши проведали от него через стрельца, что на этих днях казнен Петрашко». Казацкий «царевич» подвергся казни не сразу после сдачи Тулы, а четыре месяца спустя.

«Воровской» боярин Григорий Шаховской был сослан «на Каменное» в монастырь, Самуил Кохановский — в Казань, атаман Федор Нагиба и некоторые другие вожди мятежа — в «поморские города». Несколько позже, когда Лжедмитрий II подошел к Москве, а его отряды заняли половину государства, Болотников был сначала ослеплен, а затем «посажен в воду». Побиты были также его сподвижники — казачьи атаманы, находившиеся в ссылке.