16 сентября 1802 г. Пий VII поставил оттиск своего перстня на красном воске, скреплявшем папское бреве, которым он назначал на пост Великого Магистра Державного Ордена бальи Бартоломео Русполи.

Однако бальи Руспольи прислал папе нотариально заверенный отказ от должности Великого Магистра Державного Ордена. И дело вновь зашло в тупик.

В то же время оба Великие Российские Приорства Державного Ордена представили четырех кандидатов, среди которых был и бальи Джованни Баттиста ди Томмази — рыцарь итальянского «ланга» и, кстати, один из немногих мальтийских кавалеров, с оружием в руках защищавших Мальту от французских захватчиков в 1798 г. Наконец, папа сделал свой выбор, провозгласив ди Томмази Великим Магистром.

Священный Совет Державного Ордена признал это избрание законным и постановил отправить ди Томмази регалии Великого Магистра и общеорденские архивы, на что было получено соответствующее разрешение Императора Александра I. 21 августа 1803 г. орденские архивы, присланные фон Гомпешем в Петербург, часть архивов Великого Приорства Российского, корона Великого Магистра, “кинжал веры” и большая орденская печать были доставлены в Мессину на Сицилии, где в то время пребывал ди Томмази.

После смерти ди Томмази в 1805 г. рыцари Ордена Святого Иоанна избрали своим Великим Магистром князя ди Караччиоло, но папа не признал его полномочий и назначил по собственному выбору Лейтенанта (или поручика, т.е. заместителя) Великого Магистра. В течение ряда лет у Мальтийского Ордена не было Великих Магистров, и он управлялся Лейтенантами Великого Магистра, назначаемыми по выбору и воле римских пап. Именно с этого времени Мальтийский Орден стал «державным» (или «суверенным») только по названию, на деле попадая во все большую зависимость от папского престола. Несмотря на все попытки бальи князя де Рогана, Великого Приора Аквитании, и представителей других орденских "языков", решить эту проблему никак не удавалось.

Однако беды Ордена на этом не закончились. Еще в 1802 г. в Испании король Карл IV Бурбон упразднил четыре тамошние приората Мальтийского Ордена с конфискацией всего орденского имущества, и учредил вместо них свой собственный «карманный» Орден «Сан-Хуан (Святого Иоанна)», подчиненный всецело испанской короне. В 1806-1808 гг. были ликвидированы семь Великих приорств Мальтийского Ордена в Германии и Италии: Венецианское, Ломбардское, Германское, Римское, Барлеттское и Баварское. Все они, вместе с российскими Великими приорствами, дотоле составляли Англо-Баварско-Российский «язык» Мальтийского Ордена. Были также ликвидированы мальтийские приорства на Сицилии - в Мессине (1825 г.) и в Португалии - в Крату (1834 г.). Неаполитанскрму королю так не терпелось присвоить себе орденские владения, что он распорядился удалить герб Мальтийского Ордена с фасада орденского посольства в Неаполе, не дожидаясь, пока орденский полномочный министр (посол) покинет особняк.

После временного пребывания штаб-квартиры Мальтийского Ордена попеременно в Мессине, Катании и Ферраре, Державный Орден в 1834 г. экстерриториально обосновался в Риме на виа Кондотти, в бывшей резиденции посла Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского при Римской курии (папском дворе).

Только в 1879 г. папа Лев XIII восстановил должность Великого Магистра Мальтийского Ордена, вновь уравняв его по достоинству с саном кардинала римско-католической Церкви.

В настоящее время со ставшим строго католическим и подчиненным папскому престолу «Суверенным (Державным) Военным (Рыцарским) Орденом Госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского Родоса и Мальты (S.M.O.M.)», сосуществуют следующие официально признанные им, как ведущие свое происхождение напрямую от «Ордена госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского», но перешедшие из католицизма в протестантизм и из подчинения Папе Римскому и мальтийскому Великому Магистру – в подчинение светским государям, «равнородные по происхождению», хотя и «инославные» ветви, рыцарские корпорации:

1.«Бранденбургский баллей (бальяж) Рыцарского Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского», известный также под названием «Орден Иоаннитов» (Ballei Brandenburg des Ritterlichen Ordens St. Johannis vom Spital zu Jerusalem; auch: Johanniterorden). Его краткая история такова.

Со времен антикатолической Реформации на землях, где позднее возникло королевство Пруссия, наряду с традиционной католической, существовала и протестантская (лютеранская) ветвь Мальтийского (иоаннитского) Ордена которая в 1648 г., по завершении Тридцатилетней войны, окончательно оформилась в виде исключительно протестантского рыцарского Ордена, в 1852 г. преобразованного прусским королем Фридрихом-Вильгельмом IV в династический Орден Гогенцоллернов под вышеприведенным названием, называвшийся также «Королевским Прусским Орденом Иоаннитов». Во главе Ордена был поставлен «герренмейстер», принц прусского королевского дома Гогенцоллернов, подчинявшийся верховному Протектору Ордена – королю Пруссии (являвшемуся с 1871 г. также Императором объединенной Германии). Начиная с падения дома Гогенцоллернов в результате Ноябрьской революции 1918 г. и до конца 1999 г. этот Орден подчинялся только своему герренмейстеру. В настоящее время резиденция Ордена находится в Бонне, его герренмейстером с сентября 1999 г. является Его Королевское Высочество Принц Оскар Прусский. Его отец, Принц Вильгельм-Карл Прусский, бывший герренмейстер, ныне является Протектором Ордена Иоаннитов.

2.Орден иоаннитов в Нидерландах (Johanniter Orde in Nederland), являвшийся до 1909 г. ассоциированным членом Бранденбургского баллея рыцарского Ордена Госпиталя Святого Иоанна Иерусалимского, а затем преобразованный в самостоятельный Орден, подчиненной нидерландской короне. С 1946 г. резиденция Ордена находится в Гааге. Во главе Ордена стоит Его Королевское Высочество Принц Бернгард Нидерландский.

3.Орден иоаннитов в Швеции (Johanniterorden i Sverige).

Шведский Орден иоаннитов ведет свое происхождение от старинного Великого приорства Дакийского, входившего в германский „язык“ (ланг) Мальтийского Ордена. Долгое время интересы шведских иоаннитов представлял Бранденбургский баллей, однако уже в 20-х гг. прошлого века предпринимались попытки создать чисто шведское иоаннитское братство. Наконец, в 1946 г. по указу шведского короля был учрежден автономный, негосударственный Шведский Рыцарский Орден Святого Иоанна с резиденцией в Стокгольме. Протектором Ордена является Его Королевское Величество Король Карл XVI Густав Шведский.