Эта суровая мораль противопоставляется хвалебному славословию новгородского жития Ионы. Безымянный автор-новгородец писал о покойном владыке, что «не только московские великие князья питали сильную любовь к этому преподобному, но и тверские, и литовские, и смоленские, и полоцкие, и немецкие, и другие все, и все соседние земли во все время его епископства крепко любили его, и в мире жили с Великим Новгородом и со всеми его пределами. А земля Новгородская пребывала в полной тишине, и не слышно было войн во все дни архиепископства его» [1047] .

В Новгороде кончину владыки действительно восприняли с большой скорбью. Его смерти, согласно новгородской летописи, предшествовали печальные предзнаменования: текли слезы из иконы Святой Богородицы в церкви Святого Евфимия и из иконы святого Николы в церкви на Микитиной улице; словно бы плакали тополя на Федорове улице.

Памятниками тринадцатилетнего святительства Ионы остались сооруженные им церкви: в Новгороде — во имя преподобного Сергия Радонежского, в Отенской обители — во имя Трех Святителей, во имя святого Иоанна Предтечи и пустынножителя Онуфрия. На месте деревянной церкви-однодневки, построенной во время моровой язвы, Иона после прекращения болезни выстроил каменную церковь во имя святого Симеона Богоприимца.

Вероятно, во время правления владыки Ионы в Новгороде в храме Святой Софии была установлена деревянная резная скульптура святого Георгия. В 1464 г. в Москве известный скульптор и зодчий Василий Дмитриевич Ермолин изготовил большую каменную скульптуру святого Георгия, которую поместили на Спасскую башню Кремля. Позднее подобные деревянные скульптуры Георгия были вырезаны для Ростова и Юрьева-Польского. Установка скульптуры главного святого покровителя Москвы в новгородском храме Святой Софии был жестом доброй воли владыки Ионы. Новгородская скульптура Георгия была создана явно по образцу работ московского мастера, а возможно, его учениками.

Иона Отенский продолжал линию своего предшественника, обустраивая резиденцию архиепископов — Владычный двор. Продолжил Иона и еще одно дело Евфимия II — реставрационное строительство церквей. В 1460-е гг. архиепископ освящал храмы, построенные на старой основе — Воскресенскую церковь на Мячине (1463), церкви святого Дмитрия (1462), Святых Козьмы и Демьяна (1464), Благовещенскую церковь (1466). На территории Детинца владыка на свои средства построил храмы на старой основе — церкви Святого Владимира (1461), святой Анастасии (1463) и Положения пояса (1464).

«Повесть об Ионе, архиепископе Новгородском», созданная либо во время присоединения Новгорода к Москве, либо уже после, приписывает владыке пророческий дар. Якобы он предсказал князю Ивану Васильевичу «свободу от Ордынского царя» и распространение его власти на многие страны. Автор повести вложил в уста Ионе горестные слова о том, что близкая гибель Новгорода кроется в нем самом — «усобицы их смятут их и разделение их низложит их».

Урожайные годы при Ионе, согласно «Повести», новгородцы относили за счет его святости, как иногда им случалось обвинять архиепископов за недород [1048] . В этой вере сохранилось языческое отношение народа к своему вождю или жрецу. Ученый-этнограф Д. Фрэзер убедительно доказал, что «на определенной стадии развития общества нередко считается, что царь или жрец наделен сверхъестественными способностями или является воплощением божества, и в соответствии с этим верованием предполагается, что ход природных явлений в большей или меньшей степени находится под его контролем» [1049] . Владыка Иона, мастерски владевший клерикальной магией, умело поддерживал такое к себе отношение новгородцев.

Вероятно, Житие Ионы было создано в Отенском монастыре. На эту мысль наводит особое внимание автора жития к «свободной» грамоте, которую по просьбе Ионы даровали обители великие князья. Автор жития как бы напоминал князю Ивану Васильевичу о нерушимости этой грамоты: «И пусть в будущем также помнит князь о монастыре своем — об Отенской пустыни, и дарует ей грамоту свободную, и суд свой установит по грамоте, данной монастырю его отцом, и печатью скрепит. Услышав такое наказание от архиепископа и вняв с радостью его просьбе о монастыре, князь Иван исполняет ее, даруя и собственную грамоту монастырю вслед за грамотой отца. Утвердил он свободу и суд свой монастырю, как и прежде в грамоте отца его, князя Василия, было. И скрепили грамоту позолоченною печатью с изображением князя, дабы повеление его было непоколебимо».

Реальный архиепископ Иона был далек от идеального портрета, нарисованного в житии. Неизвестный автор вынужден был сместить по времени многие события жизни владыки и о многом умолчать. Но несомненно, что Иона был патриотом своей земли, рачительным распорядителем имения Святой Софии и умелым политиком. Именно ему Новгород во многом был обязан сохранению пусть «худого», но мира с великим князем.

В управлении своей епархией Иона был подлинным владыкой. Он не только пресекал все попытки псковской церкви выйти из повиновения своему архиепископу, но и в самом Новгороде единолично управлял церковью. Он лично назначал игуменов крупнейших монастырей, в том числе и архимандрита. Наглядный пример всеохватности внутрицерковной политики владыки представляет собой рядный договор крестьян с Юрьевым монастырем, который был составлен «по благословенью преосвященнаго господина и осподаря архиепископа Великого Новгорода и Пскова владыки Ионы» [1050] .

В то же время во внутреннем управлении республикой Иона играл более пассивную роль. Крепнущая боярская олигархия все дальше отодвигала владыку от рычагов управления. В Житии Зосимы Соловецкого четко обозначены рамки власти архиепископа Ионы в Великом Новгороде. Когда игумен Соловецкого монастыря Зосима приехал к владыке «монастырская ради потребы и неразумных человек обидящих» [1051] , Иона не сразу вмешался в разбор дела между обителью и боярскими людьми, которые чинили обиды монахам. Архиепископ сначала отправил Зосиму к Марфе Борецкой, чьи владения соседствовали с монастырскими землями.