В Новгороде достигнутое ненадолго единство бояр и простых горожан вновь распалось. Новгородские бояре братья Клементьевы даже бежали к Ивану Васильевичу и поступили к нему на службу.

Великий князь достиг окраин Новгорода 27 ноября и осадил город. Иван III сумел грамотно организовать доставку продовольствия в свою армию, в то время как в Новгороде начался голод и мор. К тому же город подвергался пушечному обстрелу. Бояре предпочли начать переговоры. Вероятно, в Новгороде еще не осознали, что это не очередное «размирье» с Москвой, но целенаправленное разрушение вечевых устоев Республики Святой Софии. В этот раз великий князь не шел ни на какие уступки.

Псковская вторая летопись сообщает, что «владыка Феофил с многыми бояры, многажды тогда приездя, биша чолом князю великому, чтобы их держал в старине; и он старине их ничего же не въсхоте, дондеже внидоша в всю его волю. И поцелова крест владыка Феофил, и посадники, и тысяцкии, и весь Великии Новъгород, стареишии люди и моложьшии, от мала и до велика, на всем добре и на всей воли князя великого: что не быти в Великом Новегороде ни посаднику, ни тысяцкому, ни вечю не быти; и вечный колокол свезоша на Москвоу».

Иван III въехал в покоренный Новгород 8 февраля «и обедни слушал у святыа Софеи, и велел колокол вечный спустити и вече разорити, новгородцев посадников и бояр и черных людей всех велел привести к целованию. А стоял тогды князь великий у Троици на Паозерии в Иванове дворе Лошинского» [1151] .

15 января 1478 г. по приказу Ивана III «что была у Новогородцев грамота укреплена меж себя за пятьдесят и осмью печатей, и ту грамоту у них взяли боаря великого князя у целованиа на владычном дворе» [1152] .

Великий князь отбыл из Ногорода 17 февраля, оставив в городе своих наместников: «2 на Ерослали дворе, князя Иоана Стрыгоу да брата его князя Ярослава, а на владычни стороне наместники посади бояр своих Василья Китая да Ивана Зеновьева, всяки им дела соудебныа и земскиа правити по великого князя пошлинам и старинам; а владыке новгородскомоу, опречь своего святительскаго соуду, ни посадником, ни тысяцким, ни всемоу Новоугородоу не въстоупатися ни во что же, ни вечу не быти, ни послов слати нам к ним, посольства правити комоу ни откоуду приехав с иноя земли, то к ним все правити, а не владыке, ни к Новоугородоу» [1153] . Отныне Новгород лишался права вести самостоятельную внешнюю политику, в том числе и торговую. Весь суд, кроме церковных дел, в Новгородской земле переходил в ведение наместников великого князя.

В результате удачной осады Новгорода великий князь получил десять владычных волостей и половину владений шести крупнейших монастырей. Б. Д. Греков исчислил размеры отобранных в 1478 г. на государя софийских земель по всем пятинам не менее чем в 8480 обж [1154] . По мнению В. Н. Вернадского, «эта цифра включает не только волости, переданные Ивану во время Троицкого стояния, но и взятые Иваном в 1479–1480 гг.» [1155] .

Иван III привез из Новгорода множество трофеев: серебра, золота, драгоценных камней, шелковой ткани, одежды и мехов. Часть этого была взята из архиепископской казны, а часть — из конфискованной собственности бояр, обвиненных в предательстве. Покушение великого князя на церковные владения привело к конфликту Ивана Васильевича с митрополитом Геронтием, считающим церковные земли, где бы они ни находились, священными и неприкасаемыми для светских властей. Вскоре великий князь примирился с митрополитом, однако Иван III понимал, что ему срочно требуется найти новых идеологов для оправдания его действий. И таковых князь нашел в среде новгородских еретиков.

В 1479 г. Великий Иван Васильевич приехал в Новгород уже как хозяин и поселился со своими людьми не на Городище, а в Славенском конце. Сам князь остановился «на Ефимиеве дворе Медведнова» [1156] . Во время своего пребывания в городе Иван Васильевич познакомился со священниками-еретиками Денисом и Алексеем. Судьба их учителя Схарии в то время неизвестна. Возможно, он уехал из Новгорода вместе с князем Михаилом Олельковичем. В. Н. Татищев сообщает о том, что еретик был казнен: «Схарина… проклятый имеяше язык свой, яко уду, вельми сладкоречив, и глаголы его вся Библиею преисполнены, образ жития его являшеся целомудрен и кроток, но внутрь полон смрада и нечистоты. Той злоковарный многих тогда в Новеграде слабых смути и жидовствовати прельсти. И аще той враг в Новеграде с инными казнен бысть от Великаго князя Ивана Васильевича всея Русии, но есче не угаси огнь той ядовитый, не вси бо тии богоотступницы во время гнева погибоша; и останки тии начата разумножати, понеже вселися в многих сатана, и начаша Святое Евангелие отвергати, в басиню привменяти» [1157] .

Но едва ли великий князь Иван Васильевич, покровительствовавший жидовствующим, казнил бы человека, принесшего на Русь это учение. Сообщение Татищева о казни подтверждения в других источниках не находит.

Еретики осуждали «стяжания» и «имения» церкви, поэтому действия великого князя, конфисковавшего владычные и монастырские земли, были полностью ими одобрены. Иван III по достоинству оценил ум и обходительность Дениса и Алексея и перевел обоих в Москву, первого священником кремлевского Архангельского собора, второго — протопопом кремлевского же Успенского собора. Попав в столицу, они начали вербовать новых последователей, в числе которых оказались архимандрит Симонова монастыря Зосима, известный дипломат и очень влиятельный при дворе думный дьяк Федор Курицын, дьячки великого князя Истома и Сверчок, переписчик книг Иван Черный и купец Семен Кленов. Протопоп Алексей стал духовником Ивана III и пользовался большим влиянием на князя: «Толико же дерзновение тогда имяху к державному протопоп Алексей и Федор Курицын яко никто жие ин» [1158] .