В церковных делах архиепископ Иона во многом продолжил дела Евфимия II. Новый владыка много занимался церковным строительством, однажды даже лично участвовал в укреплении церкви святых Бориса и Глеба: «Обложи церковь… при архиепископе владыке Ионе, юже сам обложи своими рукама» [964] . Иона, как и Евфимий, поддерживал связь с Ближним Востоком. Священноинок Варсонофий — духовник Ионы — в 1456 г. совершил путешествие в Палестину и Иерусалим, а затем в Египет и Синай [965] .

Следом за своим предшественником Иона утверждал идею богоизбранности Новгорода. В одной из грамот времени его владычества Иону титулуют как «преосвященнаго архиепископа богоспосаемого Великого Новгорода и Пскова» [966] .

Иона поддерживал общежительские монастыри, по его благословению иноком Александром Сийским был основан Ошевенский общежительский монастырь.

В 1459 г. Иона вновь пригласил в Новгород Пахомия Логофета, который по заказу архиепископа дополнил старые произведения и написал новые — житие прежнего своего заказчика, архиепископа Евфимия II, похвальное «слово» на Покров Богородицы, Службу Антонию Печерскому. Логофет пробыл в Новгороде до приезда в город великого князя Василия Васильевича в 1461 г.

Великий князь с сыновьями Юрием и Андреем прибыл в Новгород «мирно, якоже ему възлюбилося к святей Софии премудрости Божия на поклон, и к честным гробом иже святых в святей Софии лежащей, и к святому Преображению святого Спаса, и к пречистой Его Матери святей Богородици и к чюдотворному гробу великого Варлама игумена святого Спаса Хутыньского…» [967]

Визит московских князей не доставил новгородцам особой радости, более того, в Новгороде почему-то заподозрили, что паломничество по святым местам — это только предлог, а на самом деле великий князь замыслил что-то недоброе, поэтому «Новгородци во стороже жиша» [968] .

Как далеко зашла эта «настороженность» новгородцев, рассказывает Софийская вторая летопись: «Новгородцы же ударив в вечье и собравшися ко святей Софеи, свещащася все великого князя убити и с его детми. Ста же противу их владыка Иона, река сице: „О безумнии людие! Еще вы великого князя убьете, что вы приобрящете? Но большую язву Новгороду доспеете; сын бо его большей князь Иван се послышит ваше злотворение, а се часа того рать испросивши у царя и пойдет на вы и вывоюют всю землю вашу“. Они же окаяния возвратишася от злыя мысли своея» [969] .

Обратим внимание, что владыка Иона не обратился к совести новгородцев, не читал им проповедь о смирении, но прямо указал на татарскую угрозу в случае войны с московским князем. Именно этот довод заставил народ отказаться от покушения.

Впрочем, полностью «миром» визит князя не обошелся. Москвичи поселились в постоянной резиденции великих князей — на Городище. Новгородские бояре устраивали пиры в честь гостей, приглашали их к себе в городские усадьбы. Князю и его свите приходилось постоянно ездить из Новгорода до Городища и обратно. В один из дней произошло покушение новгородских «шильников» на московского «удалого воеводу» Федора Васильевича Басенка, во время его возвращения с пира у посадника.

Интересно, что жертвой «шильников» стал именно Федор Басенок, который в 1456 г. участвовал в разгроме новгородцев москвичами под Русой. Возможно, имело место сведение счетов, кровная месть воеводе со стороны родственников погибших в том бою новгородцев.

Московский воевода остался жив, но шильники «убиша у него слугу именем Илейку Усатого Рязанца». Драка имела серьезные последствия: «Новгородци же слышавше голку и возмятошася и приидоша всем Новым Городом на великого князя к Городищу: чаяли, что князя великого сын пришел ратью на них и едва утолишася» [970] . Московский летописец с облегчением пишет: «Мало упасе Бог от кровопролития» [971] .

В создавшейся непростой обстановке владыка Иона нашел замечательный способ сгладить противоречия. Произошло «чудо» — тяжело заболевший княжий отрок Григорий Тумган вернулся к жизни, приложившись к мощам новгородского святого Варлаама Хутынского. О чуде немедленно доложили великому князю, и тот «скоростию приехавша в дом святого Спаса преподобного Варлама… узреста своего отрока здрава суща… и прослависта Бога Царя небу и земли, и пречистую его Матерь Богородицю и угодника их преподобнаго Варлама, поборника и молебника Великому Новугороду» [972] .

В данном летописном отрывке особо подчеркивается, что Варлаам — местный святой («поборник и молебник Великому Новугороду»). По замыслу архиепископа Ионы, именно в этом был главный смысл чуда — один из святых покровителей Новгорода исцелил любимого слугу московского князя.

Иона сам приехал в Хутынский монастырь, повидал исцеленного юношу, а затем подробно «нача его въпрашати о великом чюдеси бывшем святого Варлами пред народом» [973] . Более того, Иона приказал записать историю о чуде в книгу, чтобы весть о случившемся распространились не только в Новгороде, но и в «ины верныя земли» [974] .