Следующий японский десант высаживался на Борнео. 23 января 1942 года базировавшиеся на аэродроме Самаринда II самолеты участвовали в попытке отразить десант. 2 бомбардировщика «Гленн Мартин 139WH-3» и 20 истребителей «Брюстер 339» из 1 VLG-V и 2 VLG-V, каждый оснащенный двумя 50-кг бомбами под крыльями атаковали в проливе Макассар японский конвой с десантными войсками, шедший на Баликпапан. Удалось добиться восьми попаданий по четырем кораблям, из которых транспорт «Нана-мару» водоизмещением 6764 тонны затонул. Один «Баффало» из 2 VLG-V был сбит, его пилот — фельдфебель Р.А. Роткранс — погиб. Несмотря на эту акцию, японцы следующим утром высадили десант.

24 января аэродром Самаринда II атаковали 6 А6М2 из тайнан-кокутая. На перехват вылетели «Баффало» из 1 VLG-V. Лейтенант Андриас ван Реет (уже имевший на счету сбитый ранее японский гидросамолет) и лейтенант Питер Бенъяминс заявили по одному «Зеро». Голландцы также потеряли два истребителя. Погибли лейтенант Т.У. Кюрц и сержант Т.П. де Ваардт. Японцы заявили только одну победу, записанную на счет Сизуёси Нисиямы. Их фактические потери составили один самолет, который пилотировал Харуо Фудзибаяси. Японский пилот получил тяжелое ранение и приводнился, но был позднее подобран японским кораблем.

28 января два А6М2 из тайнан-кокутая снова навестили аэродром Самаринда II, уничтожив на земле два «Баффало».

До конца января японцы окружили аэродром, заставив эвакуировать его на Яву.

Оставшиеся на Яве «Баффало» из 3 VLG-IV и 3 VLG-V участвовали в попытке отразить японский десант на Суматре. После того, как японские парашютисты захватили нефтеперегонные заводы в Палембанге, «Баффало» использовались в качестве бомбардировщиков для уничтожения оставшихся там запасов топлива. 9 февраля 1942 года 3 VLG-IV подвергся удару японских бомбардировщиков, когда самолеты стояли на земле. После налета эскадрилью расформировали, а три уцелевших «Баффало» передали в 2 VLG-V.

После перегруппировки самолеты сконцентрировались на западе Явы с задачей оборонять базы Танджонг-Приок, Бандунг и Битеноцорг. В начале февраля эскадрильи имели следующую численность:

1 VLG-V -15 «Брюстер 339» в Андир, командир капитан А.А.М. ван Реет;

2 VLG-V — 8 «Брюстер 339» в Тжисаук, командир капитан Й.П. ван Гельсдинген;

3 VLG-IV — 11 «Брюстер 339» в Тджилилитан, командир лейтенант А.Й. де Вриес.

В четверг 19 февраля японцы провели массированный налет на западную Яву. Первый налет на Битенцорг совершили в 9:30 силами 5 Ки-48 из 90-го сентая, сопровождаемых 19 Ки-43 из 59-го и 64-го сентаев. Командовал авиагруппой майор Татео Като. На перехват противника в воздух поднялось восемь «Баффало» из 1 и 2 VLG-V. В районе Семплака голландцы доложили о появлении группы из 35 самолетов противника, из которых два, идентифицированных как «Зеро», были сбиты. Битва была тяжелой. Сержанты Шеффер и Харт дали себя втянуть в круговой бой с более маневренными истребителями Ки-43. Вскоре обоим пилотам пришлось искать спасения в прыжке с парашютом. Менее удачливыми оказались лейтенант Кепер и сержант де Гроот, которые погибли вместе со своими самолетами. Лейтенант Август Дибель дважды открывал огонь по одному из японских самолетов, но вскоре сам получил попадание, при этом был ранен осколком и совершил вынужденную посадку на аэродром. Японцы определили своего противника как семь истребителей «Кертисс», заявив все семь побед.

Во второй половине того же дня — около 16:00 — состоялся налет на Бандунг. Над целью появились 28 Ки-43 из 59-го и 64-го сентаев, сопровождавших 9 Ки-48. На их перехват вылетело 12 «Баффало» из 3 VLG-V, ведомых капитаном Питером Тидеманом. Голландцы идентифицировали противника как 12 бомбардировщиков в сопровождении 36 истребителей «Зеро». Японцы, в свою очередь, идентифицировали голландцев как 20 истребителей Р-43, заявив семь подтвержденных и три вероятные победы. В бою голландцы не смогли даже прорваться к бомбардировщикам. Маневренные Ки-43 навязали «Баффало» бой на виражах. В его ходе лейтенант Туккер был сбит и погиб, а сержант ван Даалан сумел выпрыгнуть с парашютом из горящего самолета. При этом летчик получил тяжелые ожоги лица и рук. Сержант И. Адам в горячке боя таранил оказавшийся на его пути Ки-43. Японский самолет рухнул на землю, но и «Баффало» Адама потерял половину крыла, так что сержанту пришлось прыгать с парашютом. Парашют спас жизнь и лейтенанта де Гааса, бывшего гражданского пилота, добровольцем пошедшего служить в 3 VLG-V. Де Гаас был сбит в тот момент, когда у него заклинило пулеметы.

В субботу 28 февраля по тревоге поднялись истребители с аэродрома Нгоро на перехват японских самолетов, шедших на Сурабаю. Но изношенные двигатели не позволили голландцам нагнать противника. Повернув назад, голландцы и американцы попали под удар японских А6М2 из Тайнан-кокутай. У одного «Баффало» отказал двигатель и пилоту пришлось прыгать с парашютом. Японцы записали этот самолет как сбитый. Над Сурабаей японцы сбили другой «Брюстер 339», пилотированный фельдфебелем К.А. Вонком из 1 VLG-V. Вероятно, голландца сбил боцман Сабуро Сакаи, для которого это была 13-я победа.

Японцы доминировали в небе, несмотря на все попытки голландцев переломить ситуацию. Японские бомбардировщики все чаще бомбили аэродромы, уничтожая на земле машины и постройки.

В субботу 7 марта голландская авиация совершила последний вылет. Капитан Якоб ван Гельсдинген повел последние четыре способные летать «Баффало» из 2 VLG-V в налет на японский аэродром Калиджати. Четверка шла двумя парами, держащими между собой большую дистанцию. На маршруте голландцев перехватили японские истребители. Шестеро японцев атаковали машину ван Гельсдингена в районе Лембанга и сбили ее. Сам ван Гельсдинген погиб в день своего 35-летия. Ведомый ван Гельсдингена, сержант Герардиус Бруггинк спасся, уйдя в облака. Затем сержант вернулся в Андир. Другая пара голландцев встретила один истребитель противника. Лейтенант Гус Дибель открыл по японцу огонь и добился попадания. Японец ушел в тучи. В этот момент появились еще три японских истребителя. Дибель принял бой. Вскоре двое японцев развернулись и ушли, но третий сумел повредить машину Дибеля. Тем не менее, лейтенант благополучно вернулся в Андир вместе со своим ведомым сержантом Яном Шеффером.

К середине февраля японцы полностью овладели островами Борнео, Сулавеси и Суматра, куда подтянули свою авиацию. Против них в Андире голландцы собрали три истребительные эскадрильи, насчитывающие всего 12 боеспособных самолетов, считая четыре «Баффало», оставленных 21-й австралийской эскадрильей. Японский флот вторжения, шедший на Яву, с 26 февраля подвергался непрерывным налетам голландской авиации. Но на ход войны это не повлияло, самолетов было слишком мало.

8 марта пала Ява, а 9 марта Голландская Ист-Индия подписала капитуляцию.