В августе 1941 года при взлете для учебно-тренировочного полета в зону из-за ошибки курсанта новенький УТИ-4, едва оторвавшись от земли, столкнулся с самолетом, совершавшим рулежку. Кожедуб и курсант Клочков получили травмы, на неделю угодили в госпиталь.В октябре школу эвакуируют в Узбекистан, в Манкент. Здесь, в сложных климатических условиях, наш герой продолжил инструкторскую работу. Была она, по воспоминаниям Кожедуба, непростой:

«Условия, в которых мы работали, были нелегкие. Вокруг аэродрома расстилались хлопковые плантации, журчали арыки, зеленели сады. Но нас очень разочаровал сам аэродром: гравий с землей, а сверху слой пыли. После взлета пыль на аэродроме поднималась столбом и долго не оседала.

…Моторы сильно нагревались от зноя. Пыль проникала всюду и вызывала преждевременный износ узлов, деталей. Приходилось с особенной тщательностью рассматривать и готовить к полетам материальную часть».

Большую помощь Кожедубу как аналитику воздушного боя оказал преподаватель тактики ВВС майор Владимир Максимович Гуринович. Гуринович собрал альбом по тактике ВВС — «отличное наглядное пособие», куда вклеивал вырезки из газет с описаниями воздушных боев, схемы боев, проведенных знакомыми боевыми летчиками. В условиях 1941 года такой «тактический альбом» был бесценен.

В начале ноября 1942 года инструкторы Чугуевской военной авиационной школы командиры звеньев И.Н. Кожедуб и П.М. Кучеренко, после неоднократных устных и письменных просьб, получили направление на пункт сбора летно-технического состава. Оттуда дорога была одна — на фронт.

Начальник школы майор Н.И. Богослов напутствовал их словами:

— Направляетесь в Москву, на пункт сбора летно-технического состава. Там и определится ваша служба. Надеюсь, скоро услышим о ваших боевых делах.

К началу своей боевой работы Кожедуб лично имел более 500 часов налета, из них около 50 часов на истребителях И-16 и Ла-5. Это была отличная летная подготовка.

Всю войну Кожедуб воевал на истребителях Лавочкина — Ла-5Ф, Ла-5ФН и Ла-7. Это был удивительный самолет, самый грозный истребитель советских ВВС с 1943 года и до конца войны. В этом полудеревянном самолете слились терпение, усилия и талант авиаконструкторов Лавочкина и Алексеева, Поликарпова и Гуревича, двигателистов Швецова и Валединского, Эвича и Бутусова, летчиков-испытателей Мищенко и Никашина, Якимова и Кубышкина. Он был создан на базе планера ЛаГГ-3 с использованием винтомоторной группы с несчастливого И-185, при скрытном противодействии заместителя наркома А.С. Яковлева, пытавшегося наладить на горьковском заводе № 21 производство Як-7. Трудно представить себе трудоемкость конструкторских и технологических работ, когда требовалось поставить по сути дела на тот же планер мотор в полтора раза шире и выше, на 40 процентов более тяжелый, чем предыдущий, да еще в условиях 1942 года.

Появление этой машины загадочно и удивительно. Но даже и сотня самых точных эпитетов не отразит всей сложности рождения лучшей боевой машины в тяжелейший боевой год, ее испытаний, постановки на серию. Заметим, идея установки на ЛаГГ-3 двигателя воздушного охлаждения М-82 была не нова. С тех самых пор как самолет недодавал то в скорости, то в дальности, необходимость увеличения мощности мотора стала очевидной и установка «свободного» мотора М-82 конструкции А.Д. Швецова воистину «носилась в воздухе».

Первым этот мотор установил на ЛаГГ-3 талантливый и честолюбивый авиаинженер куратор НКАП аккуратист и красавец Михаил Иванович Гудков — один из триумвирата создателей «лагга». Именно Гудков, оставленный в Химках главным конструктором ОКБ-31 и занятый проектированием «советской аэрокобры» — самолета Гу-1, по схеме близкого «аэрокобре» (двигатель за кабиной летчика, вблизи центра тяжести, носовое колесо), установил на ЛаГГ-3 мотор М-82, попросту отрубив нос «лагга» и пристыковав вместо него носовую часть Су-2. Самолет был назван Гу-82, и летчик-испытатель А.И. Никашин совершил на нем несколько успешных испытательных полетов. Внешняя аляповатость машины не снискала ей ни любви, ни счастья. Испытания прервались ввиду эвакуации КБ 16 октября 1941 года и больше не возобновлялись. Прекрасный летчик-испытатель А.И. Никашин погиб в первом же испытательном полете на Гу-1.

В декабре 1941 года, во многом благодаря стараниям А.С. Яковлева — авиаконструктора и заместителя наркома НКАП, фактически был решен вопрос о замене сборки ЛаГГ-3 на заводе № 21 в Горьком (основной завод по производству «лаггов» и, впоследствии, «лавочкиных») сборкой Як-7. По воспоминаниям С.М. Алексеева — первого заместителя главного конструктора и начальника ОКБ Лавочкина, Яковлев даже распорядился снять тенденциозную кинохронику сборки. В ней «лагги» собирают невзрачного вида рабочие с кувалдами в засаленных телогрейках и рваных ушанках, а «яки» — интеллигентные люди, через одного в очках, с отвертками и штангенциркулями, у ковровой дорожки, постеленной вдоль цеха, в белых халатах.

Лавочкин, «до потери знамени» имевший в запасе не более полутора-двух месяцев, надеялся на доводку нового, более мощного двигателя В.Я. Климова М-107, который предполагал установить на новом «лагге».

Вот как вспоминает этот момент С.М. Алексеев:

«Вернулся Лавочкин в Горький, собрал своих ближайших помощников, объяснил ситуацию и высказал свое мнение: мотор М-82 по ряду очевидных причин не удастся поставить на ЛаГГ-3 без больших доработок самолета. Надо устанавливать мотор М-107. Так и решили. Вся надежда была на то, что Климов сумеет довести мотор и мы сможем устранить недостатки, проявившиеся на первой машине ЛаГГ-3 М-107.