23 августа 1500 года на рейде Сан Доминго показались две каравеллы, лавировавшие у берега в ожидании лоцмана. К пристани вышел дон Диего Колон, управлявший колонией в отсутствии старших братьев, отправившихся в горы. Дон Диего долго разглядывал парусники, а затем направил к ним портового лоцмана. Подойдя к ставшим на рейде судам, лоцман спросил, с каким грузом они прибыли. Тут появился Бобадилья и сообщил, что прибыл королевский ревизор для расследования беспорядков на острове.

Новость, привезенная лоцманом, вмиг облетела все поселение. Жители Сан Доминго пришли в неописуемое волнение. Сразу же появилось множество недовольных, желавших принести жалобу на адмирала и его братьев. Многие колонисты, не дожидаясь подхода судов к берегу, отплыли в лодках к каравелле Бобадильи и засыпали его своими претензиями.

Когда судно Бобадильи вошло в порт, первое, что бросилось комиссару в глаза, была виселица, на которой раскачивался недавно повешенный испанец. «Кто этот человек, — спросил королевский ревизор, — и за что он повешен?» Ему ответили, что казненный — один из участников недавнего заговора Моксики, последнего мятежа против семейства Колонов. Уже повешено семеро бунтовщиков, а пятерых, приговоренных к смерти и заключенных в Сандомингскую крепость, скоро ждет та же участь.

Бобадилья решил, что жалобы на жестокость адмирала не лишены оснований. Узнав, что Колумба нет в городе, он остался на судне. В течение всего дня к каравелле подплывали на шлюпках жалобщики. Среди них было немало людей, боявшихся наказания и спешивших заранее очернить адмирала, чтобы самим уклониться от ответа.

На завтра Бобадилья спустился на берег и отправился в церковь. Здесь были Диего Колон и все знатные лица колонии. Контролер велел прочесть перед сановниками Сан Доминго и собравшейся на церковной площади толпой королевскую грамоту, гласившую, что Франсиско Бобадилья назначается ревизором острова. После этого он потребовал от Диего передачи в его ведение всех арестованных. Диего отказался выполнить это распоряжение — преступники арестованы по повелению адмирала и без его разрешения он не может ничего предпринять. На это Бобадилья презрительно ответил, что если для дона Диего Колона недостаточно его полномочий королевского ревизора, то он сможет завтра предъявить другие полномочия.

На следующий день, при огромной толпе колонистов, жадно ожидавших дальнейшего течения событий, Бобадилья велел огласить королевскую грамоту, назначавшую его губернатором острова, и потребовал затем передачи ему арестованных. Но и на этот раз он получил тот же ответ — при всем уважении к королевским грамотам Диего Колон не может выполнить требований нового губернатора, так как он лично держит перед адмиралом ответ за всех арестованных.

Видя стойкое сопротивление Диего Колона, толпа стала уже сомневаться в могуществе нового губернатора. Разочарование зрителей не укрылось от Бобадильи. Это вывело из себя спесивого сановника. Он велел огласить королевский указ, повелевавший Колумбу сдать Бобадилье все крепости, корабли и казенное имущество. Когда Диего и на этот раз отказался выполнить его требование, Бобадилья призвал на помощь прибывших с ним моряков и солдат и вместе с толпой колонистов направился к крепости, чтобы завладеть ею силой. Крепостные ворота были сорваны с петель. Бобадилья велел расковать приговоренных к повешению и перевести их в город.

После этого новый губернатор издал ряд распоряжений, которыми рассчитывал привлечь к себе симпатии колонистов. Он приказал уплатить всем, находившимся на службе в колонии, следуемое им жалованье, обязал адмирала уплатить его собственные долги. Через несколько дней он объявил о разрешении всем живущим на острове испанцам добывать и приобретать золото, внося в казну только одиннадцатую долю добытого, вместо трети, установленной Колумбом.

В одном из своих приказов, опьяненный властью и успехом среди колонистов, Бобадилья объявил, что отправит адмирала на цепи в Испанию и что впредь ни сод сам и никто из его семьи не ступит ногою на Эспаньолу.

Когда слухи о действиях Бобадильи достигли Колумба, находившегося в форте Консепсьон, он решил, что все, происшедшее в Сан Доминго, — проделка какого-то развязного проходимца, забравшегося на остров. В последнее время, после того как Фонсека стал широко раздавать патенты на плавание, к Эспаньоле не раз подплывали люди, не внушавшие ни уважения, ни доверия. Вероятно, это один из них. Диего не смог справиться с наглецом только из-за своей мягкости.

Но скоро Колумбу пришлось убедиться, что человек, обещавший посадить его на цепь, был облечен неограниченным доверием королей. По острову разъезжали алкальды, оглашавшие повсюду полномочия Бобадильи.

В жестоком смятении адмирал обратился к королевскому ревизору с письмом. Он приветствовал своего гостя и просил его не принимать поспешных мер. Он сообщал Бобадилье, что собирается отправиться в ближайшее время в Испанию и охотно передаст ему управление островом на время своего отсутствия.

Растерявшийся Колумб искал какого-нибудь не очень унизительного для себя выхода.

Но напрасно ждал адмирал ответа на свое письмо — Бобадилья не удостоил его своим вниманием.

Через несколько дней к Колумбу прибыли из Сан Доминго чиновник и монах, предъявившие ему королевскую грамоту, которая повелевала адмиралу повиноваться во всем Бобадилье. Посланные передали Колумбу также приказ нового губернатора явиться немедленно к нему в Сан Доминго.

Один, без свиты, въехал вице-король в город. Встречавшиеся на пути колонисты отворачивались от него или осыпали его бранью. Колумб надеялся на личное свидание с Бобадильей, но тот не допустил его к себе. Он велел задержать адмирала и заковать его в цепи. Как рассказывал друг Колумба, историк Лас Касас, «его собственный повар, бесстыдный и подлый негодяй, заметив, что никто не решается принять на себя исполнение этой отвратительной обязанности, взял кандалы и набил их своему господину так проворно и с таким довольным видом, как будто бы он стряпал для него какое-нибудь любимое блюдо».