У Машеньки и Сержа один ребенок – Шурочка, слабый и болезненный.

Надя Златовратская вышла замуж за ссыльного народовольца Ипполита Коронина. Она продолжает заниматься народной и прочей медициной, закончила акушерские курсы. Ее муж фактически возглавляет некую подпольную организацию ссыльных революционеров, занимающуюся издательской и прочей деятельностью, а также устраивающую побеги политических заключенных из сибирских тюрем и с каторги. Аглая служит в училище. Она сошлась с трактирщиком Ильей, но уже несколько лет скрывает эту связь. Любочка тайком от всех переписывается с Николашей Полушкиным.

Пески на приисках истощились и вот-вот нужно принимать какое-то, касающееся их решение. Но кто будет его принимать? Рабочие волнуются, тоже гадая о будущем, в их среде циркулируют всякие слухи, еще более усиливающиеся от провокаций с разных сторон.

Полицейская, жандармская и военная (казаки) власти уезда, по прямому указанию сверху, планируют совместную, не лишенную изящества операцию. В результате ее будет уничтожена банда Черного Атамана, нелегальная сеть явок и доверенных лиц, наброшенная ссыльными революционерами едва ли не на всю Западную Сибирь, а также будут показательно выявлены и изолированы политически распропагандированные и склонные к бунту элементы на приисках. Интерес хозяев приисков: под шумок операции выработанные прииски будут закрыты без всяких волнений и материальных претензий со стороны рабочих. Им будет попросту не до того. Для успешного осуществления операции в банду и в среду политических по полицейскому и жандармскому обыкновению внедряются агенты и провокаторы.

Во всех затруднительных случаях своей жизни многие жители Егорьевска пишут письма в Петербург, Софи Домогатской. Она не отвечает никому, кроме простодушной попадьи Фани Боголюбской, которая запуталась в своей запретной любви к местному уряднику Карпу Платоновичу Загоруеву.

Вот в такую-то «тихую гавань» и приезжает инженер Измайлов. И сразу же попадает как кур в ощип.

Разбойники Дубравина зачем-то отбивают арестованных во время волнений рабочих, убивая при этом сопровождающих их казаков. Следующий вместе с конвоем Измайлов тяжело ранен, но ему удается сбить преследователей со следа и уползти в тайгу. Там его находит собирающая травы и корешки Надя Златовратская. Используя свои медицинские навыки, она выхаживает раненного в зимовье. Между выздоравливающим Измайловым и Надей возникает любовная связь, причем с самого начала проговорено, что Коронина Надя никогда не оставит.

После прибытия Измайлова в Егорьевск, местные ссыльные Коронин, Давыдов и Веревкин пытаются привлечь его к революционной деятельности, а потом, наоборот, считают провокатором. Провокатор должен быть, это известно доподлинно, но кто же он? Измайлов, вроде бы, больше всех подходит на эту роль.

Машенька Гордеева-Опалинская пытается найти в Измайлове друга и соратника. Серж Дубравин по понятным причинам сторонится нового инженера. Черный Атаман вступает с ним в переписку, возвращает документы и советует вернуться в Россию, от греха подальше.

Измайлов тяготится всем этим, включая связь с Надей, но не знает, что предпринять. Он избегает егорьевское общество, дружит с рабочими, Васей Полушкиным, Иваном Притыковым, и «дикими» детьми Пети и Элайджи, причем единственный принимает их всерьез, и в каком-то смысле инициирует их умственное и эмоциональное развитие.

Тем временем настоящий отец Сони, пьяница и бездельник, тайком от Веры шантажирует девочку, требуя у нее вещи и деньги и угрожая отдать разбойникам брата Матвея. Соня открывается брату. Матвей обещает все уладить и попутно знакомится с Волчонком, Лисенком и Зайчонком. Дети организуют некую совместную игру-приключение, целью которой является слежка за разбойниками и выяснение их привычек (Нужны ли им маленькие мальчики, или Сонин отец все врет?).

Приблизительно в это время в Егорьевск приезжает Гликерия Ильинична, мать настоящего Дмитрия Опалинского (все эти годы Серж от имени Опалинского посылал ей деньги, но, по понятным причинам, не прислал ни одного письма). Узнав в дороге о том, что сын жив-здоров, она с нетерпением ждет встречи с ним. Увидев же вместо сына Сержа Дубравина, кричит: «Куда вы его подевали?!» – и теряет сознание.

Вера, узнав всю эту историю от Сони (которой, в свою очередь, рассказал ее очевидец-Волчонок), проникается сочувствием к несчастной старушке и сообщает дочери, что на самом деле сын старой женщины жив, и он – никто иной, как Черный Атаман. Сильный в логике Матвей-младший более-менее правильно просчитывает ситуацию, и дети принимают решение: они тайком уводят старушку из трактира и переправляют ее на заимку к Черному Атаману. Там и происходит встреча матери и сына.

Накануне начала описанных выше событий с каторги бежит Никанор, бывший камердинер Сержа Дубравина, который все эти годы любит Веру и хранит в душе ее образ. Никанор присоединяется к банде Черного Атамана, встречается с Верой и убеждает ее в том, что он не убивал инженера Печиногу. В обмен на неделю ее любви Никанор предлагает Вере и Алеше место и план разработки новых золотых приисков, разведанных в тайге талантливым на золото старателем Коськой-Хорьком. Интерес к делу Черного Атамана в процентах от выручки и применении его собственных инженерных навыков. Вера, подумав, соглашается на сделку.

Открыв новый прииск «Счастливый Хорек», Вера переманивает туда самых активных и непьющих рабочих, которые уходят в тайгу, разрывая контракт с Опалинскими-Гордеевыми. Пытается Вера переманить к себе и Измайлова, но он отказывается. Маша должна либо подавать в суд на рабочих, либо смириться с Вериным и Алешиным мародерством.

Тем временем полицейско-жандармская операция подходит к своему завершающему этапу. Гавриил Давыдов (который и является настоящим провокатором) сдает полиции егорьевских революционеров и ловко подставляет Измайлова, в результате чего ни у кого не остается и тени сомнения в том, что предатель именно он. Арестованный, в кандалах Коронин плюет Измайлову в лицо.