Тогда император Нерон назначил полководца Тита Флавия Веспасиана подавлять мятеж. Веспасиан возглавил три римских легиона и разбитые сирийские союзные войска, и уже к концу 67 года овладел Галилеей, оказавшейся неспособной к сопротивлению, все крепости которой сдавались без боя за редким исключением. Областной военачальник Галилеи фарисей Иосиф бен Матитьягу сдался в плен и позднее под именем Иосифа Флавия писал исторические сочинения о войне с римлянами и героической обороне провинции под его руководством.

Войска Веспасиана продвигались на юг к Иерусалиму. Иудеи-христиане, покинувшие город перед осадой, были объявлены изменниками своего народа.

Йохана бен Заккай говорил иудеям:

– Сказано нам в Книге Моисеевой: "Повели сынам Израилевым выслать из стана всех прокаженных, и всех имеющих истечение, и всех осквернившихся от мертвого. И сделали так сыны Израилевы". Так явятся же дела человеческие на сынах погибели!

Позднее, около 80 года, новым Синедрионом, созданном уже фарисеями, в текст главной иудейской молитвы "Восемнадцать благословений" были внесены проклятия отступникам, и тем самым христиане навсегда были отлучены от иудейской общины.

Отряды зелотов со всей Иудеи собрались в столице. Войска Веспасиана подходил к Иерусалиму, окружая город и беря в осаду.

Йохана бен Заккай говорил иудеям:

– Сказано нам в Книге Исаия: "Если нечестивый будет помилован, то не научится он правде - будет злодействовать в земле правых и не будет взирать на величие Господа".

В городе начались ожесточенные раздоры и чистки. Сторонники мирного решения конфликта с Римом были объявлены изменниками, вступившими в сговор с врагом. Зелоты убили Анну бен Сета и других лидеров умеренной партии и влиятельных саддукеев, после чего, призвав в Иерусалим наемников идумеян, устроили террористическое управление городом. Даже в самом конце штурма, когда римские легионеры уже поднимались в Храм, на ступенях его лестницы зелоты спешили убивать своих политических противников, а бедный люд Иерусалима в это время грабил вместе с римскими солдатами, указывая захватчикам дома богатых горожан.

Фарисеи с самого начала восстания осуждали кровопролитие, которое называли "беспричинной враждой", но не винили простых людей. Йоханан Бен Заккай оправдывал действия народа социально-экономическими причинами:

– За три греха состоятельные горожане были преданы в руки римлянам. За то, что занимались ростовщичеством. За то, что на людях обещали давать деньги на благотворительность, но не делали это. За то, что сняли бремя налогов с себя и возложили его на бедняков. Под пяту железную попали дети Иуды! Истинно так.

После того, как зелоты установили контроль над Иерусалимом, Йоханан бен Заккай принял решение покинуть город. Зелоты не выпускали жителей за стены, но один из предводителей восставших, Аба Сикра, был сыном сестры бен Заккая. Элазар незаметно покинул город перед началом осады, а оставшиеся с Бен Заккаем Элиэзер и Иешуа, распустив слух о смерти учителя, вынесли его в гробу, сопровождаемые зелотом - умерших хоронили за пределами городов.

Оказавшись за стенами Иерусалима, бен Заккай сразу прибыл в главный лагерь римлян.

– Мир тебе, царь, рождённый побеждать!
– с поклоном обратился Йоханан на латыни к Веспасиану, вокруг которого в блестящих доспехах и красных плащах стояли легаты и центурионы.

– Ты вдвойне достоин казни, книжник: во-первых, я не являюсь цезарем, и то, что ты назвал меня этим титулом, по закону карается смертью; во-вторых, если я цезарь, то почему ты не явился ко мне раньше?

– Ты царь потому, что Иерусалим покорится тебе, как сказано в Книге пророка Исаии: "И Храм падет перед сильным". Что до второго твоего обвинения, то я не мог прийти потому, что зелоты не выпускали меня.

– Я знаю, что Иерусалим покорится, для этого мне не нужны пророчества из пыльных иудейских книг, - усмехнулся Веспасиан.
– Бунтовщики не спасутся за стенами, и все зелоты до одного умрут. Nobiscum Deus! С нами Бог!

– Карай бунтовщиков, мой царь, добывай славу, но не разрушай город, - просил Йоханан.

Веспасиан сощурил глаза, придав лицу проницательное выражение.

– Скажи мне, книжник, если бы у тебя был горшок с медом, вокруг которого обвилась змея, разве ты не разбил бы горшок из-за змеи?

Йоханан молчал, опустив глаза. До наших дней многие винят рабана за то, что он не нашёл слов и не смог убедить Веспасиана сохранить Иерусалим. Но мудрый священник не ставил целю победить упрямого солдата в споре. Веспасиан имел приказ императора - покарать иудеев за бунт, поэтому легионерам дали право разрушить и разграбить их столицу. Бен Заккай понимал, что получит отказ в главной просьбе, но это давало больше шансов получить одобрение в истинных замыслах.

– Мой царь, тогда дай мне Явне с его мудрецами, - сказал священник. Это означало просьбу открыть в Явне, небольшом городке на западе Иудеи, духовную академию - йешиву, где изучаются тексты Торы.