Михаил Шеин в эти дни немало отдал времени тому, чтобы вместе с Горчаковым и своими дьяками разместить женщин и детей на постой по городским домам, а всех способных держать оружие мужчин отправил в крепостные башни в помощь бывалым ратным людям.

На третий день — девятнадцатого сентября — король Сигизмунд послал в Смоленск воеводе Шеину «Универсал» — грамоту, в которой напоминал о многих ужасных бедствиях, постигших Русь. Ещё Сигизмунд ссылался на призывы русских людей прийти к ним на помощь.

— Не иначе те люди из стана Тушинского вора, — заметил князь Матвей Горчаков.

— Ты, княже, послушай дальше, что пишет Сигизмунд. Он ждёт от смолян покорности и встречи его хлебом-солью. А в противном случае он грозит кулаком: мол, вам, смолянам, никому не будет пощады.

В тот же день Шеин и Горчаков отправились в Мономахов храм, и там архиепископ Сергий прочитал с амвона послание Сигизмунда смолянам. Горожан в храме было полно. Когда Сергий закончил читать, к амвону вышел старейший боярин Смоленска Афанасий Щегол и сказал:

— Мы в храме Богоматери дали обет не изменять ни Святой Руси, ни государю нашему Василию Ивановичу, а польскому королю не поклоняться. Стойте же до предела, смоляне!

И было написано польскому королю ответное послание, в котором смоляне просили его уйти от стен города подобру-поздорову, чтобы голову не потерять. Отправив грамоту с пожилым горожанином, добровольно вызвавшимся идти в стан поляков, Шеин сказал смолянам:

— Отныне всем ратникам, сотским, тысяцким, доброхотам и простым горожанам быть настороже.

Началось противостояние. Со стен крепости было видно, как королевское войско отрядами располагалось вокруг города на расстоянии, недоступном для поражения из пищалей и даже пушек. Главные силы поляков начали строить укреплённый лагерь с северной стороны Смоленска за Днепром. Через несколько дней лазутчики Шеина донесли ему, что сам король Сигизмунд, гетман Жолкевский и канцлер Сапега со всеми придворными расположились в ближнем католическом монастыре. Нефёд Шило сказал по этому поводу:

— Вот как мы посады сожгли, так и королевский двор в монастыре надо под красного петуха пустить.

— Придёт время, так и сделаем, — ответил Нефёду Михаил.

Наступил день, когда загремели пушки. Первыми открыли стрельбу поляки, выдвинув орудия и защитив их турами. Они били по стенам, но их ядра не приносили угрозы смолянам. Пушкари и стрельцы Смоленска не оставались в долгу. В стан врага тоже полетели ядра, и они наносили полякам урон. На восьмой день противостояния лазутчики Шеина принесли весть, которая его насторожила.

— Вчера поздним вечером мы вышли через Копытецкие ворота, — рассказывал Павел Можай, — проползли две или три сотни сажен, услышали чужую, но не польскую речь. Потом Пётр сказал, что это немцы гогочут. Так эти немцы копали ход к нам. Мы проползли вдоль этого хода. Всё сводится к тому, что немцы хотят вплотную приблизиться к Копытецким воротам.

— Выходит, готовятся к приступу, — отметил Шеин.

Но в течение дня в стане врагов не было заметно в этом месте никакого движения. Зато с восточной стороны за рекой Чурилнею было замечено большое скопление войска. Там же воины возводили туры. Полякам удалось отвлечь внимание от Копытецких и Аврамьевских ворот. Подкоп у поляков получился, и они взорвали с помощью петард «медных болванов с зельем» — Копытецкие и Аврамьевские ворота. Следом за взрывами больше сотни польских воинов ворвались в крепость.

В эту ночь Шеин не спал. С сотней воинов он ждал у подножия Соборной горы возвращения лазутчиков. Но, когда прогремели взрывы, он повёл сотню к Копытецким и Аврамьевским воротам и подоспел вовремя. Поляки и наёмные немцы ещё только ломились через проломы, но их тут же встретил Михаил со своими ратниками. Он сам повёл их в сечу. И началась рубка, но она длилась недолго. Не получив поддержки, поляки и немцы вскоре обратились в бегство, оставляя в крепости раненых и убитых.

Отбив первый приступ и не потеряв ни одного ратника убитым — лишь раненые, — Михаил, однако, задумался. С его стороны было явной ошибкой то, что он не принял в расчёт жажду противника овладеть крепостью любой ценой и в самое короткое время. Прогнав врага, Михаил Шеин велел немедленно заделывать проломы, образовавшиеся на месте взрывов.

— Несите сюда камни, брёвна, песок! — командовал он.

Кто-то догадался зажечь факелы, и сотни ратников и горожан взялись закрывать дыры в стене и взорванных воротах. К утру проломы были заделаны. Но Шеин не остановил на этом работ. Он велел князю Горчакову собрать плотников и поставить перед завалами палисады из брёвен.

— Так будет надёжнее, — заверил он князя.

В конце сентября и в начале октября поляки дважды пытались овладеть крепостью приступами. Но каждый раз защитники Смоленска разгадывали замыслы противника, собирали к местам приступов большие силы и давали отпор. Идти на приступы по всей шестивёрстной длине стен у поляков тоже не хватало сил, да и высота стен казалась им непреодолимой. Всё это устраивало Шеина. Однако гетманы Сигизмунда ещё не раз пытались разрушить стены крепости взрывами и делали подкопы в самых неожиданных местах. Шеин велел Горчакову подобрать зорких и тонких на слух воинов. Они следили за польскими воинами день и ночь. Под стенами были прокопаны искусные ходы «послухи», и, как только обнаруживался подкоп, его взрывали далеко от стены вместе с теми, кто вёл в нём работы. Вскоре поляки отказались от бесцельных подкопов, которые лишь уносили жизни их воинов.