Деникин стал православным не только по требованию закона, но и по велению души, определившись уже в подростковом возрасте. «С 9 лет я стал церковником, – вспоминал он много лет спустя. – С большой охотой прислуживал в алтаре, бил в колокол, пел на клиросе, а впоследствии читал Шестопсалмие и Апостола». Позднее Деникин прошел «все стадии» религиозных «колебаний и сомнений». Он очень подробно описывает в мемуарах, как они с одноклассниками обсуждали проблемы бытия Бога – ни больше ни меньше. В седьмом классе училища Антон

В 1895 году Деникин поступил в Академию Генерального штаба. Это было очень непросто. Возможности были равные, но конкурс огромный. Первичные экзамены при штабах военных округов сдавали 1500 офицеров. К Генеральному штабу в итоге причислялись 50 человек, половина академического выпуска – 3,3 процента от исходного числа претендентов. Деникин поступил с первого раза. Однако после первого курса сдал экзамены не очень хорошо и был исключен. Тогда он снова сдал экзамены и вновь поступил! На этот раз окончил курс с хорошими отметками, был произведен в капитаны и причислен к Генеральному штабу. Однако новый начальник Академии генерал Николай Сухотин (друг военного министра А. Н. Куропаткина) пересмотрел правила подсчета баллов, и Деникин вместе с еще тремя офицерами в «причисленные» не попал.

Тогда Деникин подал жалобу на Высочайшее имя. Это был колоссальный скандал. Чтобы замять дело, Куропаткин согласился предоставить всем четверым вакансии по Генеральному штабу – с условием, что они напишут прошение, а Деникин отзовет жалобу. Деникин на это не пошел. Трое остальных написали и были причислены. Деникину пришлось выдержать серьезное давление. На представлении (которое было задержано из-за деникинской жалобы) выпускников всех военных академий императору во дворце академическое начальство опасалось, что Деникин пожалуется непосредственно царю. Когда император в сопровождении Куропаткина подошел к Деникину и спросил: «Ну, а вы как думаете устроиться?» – то получил ответ: «Не знаю. Жду решения Вашего Императорского Величества». Куропаткин доложил: «Этот офицер… не причислен к Генеральному штабу за характер». Деникин ничего не сказал… Николай II «нервно обдернул аксельбант», задал два малозначащих вопроса и пошел дальше. Характер в самом деле у Деникина имелся.

Деникин вернулся в свою бригаду. Прошло года два, страсти улеглись, и он вдруг решил написать личное письмо Куропаткину с объяснением всей этой истории, и написал не по уставу, а как частному лицу, обращаясь к нему по имени-отчеству: «Алексей Николаевич». Страсти к тому времени поостыли, Куропаткин прочел письмо, направил запрос в Академию (генерал Сухотин уже не был ее начальником), верно ли то, о чем написал Деникин; там подтвердили, что Деникин написал правду. И Куропаткин на первой же аудиенции у государя, «выразив сожаление, что поступил несправедливо», испросил повеление причислить Деникина к Генеральному штабу. У военного министра тоже был характер.

Вскоре капитана Деникина перевели в штаб 2-й пехотной дивизии как причисленного к Генеральному штабу.

Политические воззрения Деникина, которые он сохранил по крайней мере до революции 1917 года, сложились в годы учебы в Академии Генерального штаба. Как признавался позднее будущий вождь Белого движения, он «приял российский либерализм в его идеологической сущности, без какого-либо партийного догматизма». «В широком обобщении» это приятие привело Деникина «к трем положениям: 1) Конституционная монархия, 2) Радикальные реформы и 3) Мирные пути обновления страны».

Как мы знаем, хуже всего обстояло дело с мирным обновлением.

Деникин прошел все ступени военной лестницы: командовал ротой, батальоном, полком, служил на штабных должностях. Служил в Варшаве, откуда «отпросился» на Русско-японскую войну, где себя блестяще проявил. Участвовал в Мукденском сражении. Особенно отличился в должности начальника штаба Урало-Забайкальской дивизии генерала П. И. Мищенко, которая специализировалась на конных рейдах в тыл противника. Деникин закончил войну в чине полковника, был награжден орденами Святого Станислава 3-й степени с мечами и бантами и Святой Анны 2-й степени с мечами.

В 1907–1910 годах служил в Казанском военном округе в должности начальника штаба 57-й пехотной резервной бригады в Саратове. В 1910–1914 годах командовал Архангелогородским пехотным полком, базировавшимся в Житомире. Деникин был идеальным служакой. Но не только. Склонность к литературе никуда не делась. В 1898 году в военном и литературном журнале «Разведчик» был напечатан его первый рассказ. Впоследствии Деникин под псевдонимами И. Ночин и Иван Ночин опубликовал десятки статей и очерков в «Варшавском дневнике», «Офицерской жизни», «Военном сборнике», «Русском инвалиде». Но чаще всего он печатался в «Разведчике», в разделе «Армейские заметки».

Деникин выступал за улучшение системы отбора и подготовки командного состава, против бюрократизма, подавления инициативы, грубости и произвола по отношению к солдатам; ряд статей он посвятил анализу сражений Русско-японской войны, в которых участвовал лично. Указывал на германскую и австрийскую угрозу, считал необходимым проведение скорейших реформ в армии; в 1910-м предлагал созвать съезд офицеров Генштаба для обсуждения проблем армии; писал о необходимости развития автотранспорта и военной авиации.