Наведя в горах относительный порядок, Шамиль принялся за укрепление государственных органов управления и введение единой правовой системы.

В полную силу заработал обновленный Государственный совет (Диван-хана), состоявший из известных ученых, военачальников и других выдающихся личностей. Возглавлял Госсовет сам имам Шамиль. Здесь решались дела государственной важности, обсуждались необходимые реформы, территориальные вопросы, выносились судебные решения по самым сложным делам. Деятельность Госсовета и права его членов регулировались особым уложением. Для решения вопросов общегосударственного масштаба созывались специальные съезды наибов, ученых и других влиятельных людей.

В целях эффективного управления государством Шамиль разделил его на наибства — территории, границы которых соответствовали расселению народов и обществ, а не произволу прежних владетелей. Для решения этого вопроса было созвано специальное совещание в селе Анди. Учитывая сложность этого мероприятия, Шамиль приглашал наибов, ученых и законоведов "посоветоваться относительно того, что для нас лучше всего в этой жизни и в будущей".

Всего было учреждено более 50 наибств, которые, в свою очередь, делились на участки. Наибами (губернаторами) были люди, известные умом и отвагой, проявившие административные способности и заслужившие уважение народа.

Наибов назначал сам Шамиль исходя из соображений государственной пользы и учитывая пожелания населения. Зачастую жители отдельных районов сами просили Шамиля назначить к ним наиба по своему усмотрению."…Мы поставили над вами нашего брата, алима и адиба Гебека, — сообщал Шамиль жителям Салатавии. — Так слушайте же его и повинуйтесь ему. Кто повинуется ему, тот повинуется мне, а кто не подчиняется ему, тот не подчиняется мне. И мир".

Среди самых известных наибов тогда и позже были Магомед Ахвердилав, Кебед-Магома, Шугаиб, Байсунгур, Дуба, Талгик, Инкав-Хаджи (Глухой Хаджи), Бук-Магомед, Геха, Ташов-Гаджи, Инквачилав, Айдемир, Нур-Магомед, Эски, Уллубий, Муртазали, Абакар-Хаджи, Газияв, Идиль, Батуко, Магомед-Амин, Магомед-Кади, Абдурахман-Дибир, Галбац, Хаджи-Мурад, Даниял-бек, Гази-Магомед (сын Шамиля), Гамзат, Сааду, Хаджияв.

Наделенные большими правами, наибы не могли только вводить новые законы и начинать большие военные кампании, это было делом имама и Государственного совета.

Наибы заведовали военными и гражданскими делами, творили суд и расправу. Шамиль доверял своим наибам, в которых видел искренних своих сподвижников и преданных сыновей народа. Тем же, кто приходил к Шамилю жаловаться на действия наибов, он отвечал: "Твой наиб потому сделан наибом, что он умный, честный и ученый человек; к тому же он разбирал твое дело и знает его лучше меня. Стало быть, оно решено по справедливости. Ступай себе с Богом". Наибу Баширу, ставшему жертвой клеветы, Шамиль писал: "О благородный брат, никогда не думай, что я помышляю относительно тебя, поверив словам доносчиков, клевещущих на тебя. Я испытал на себе деяния людей с давних пор и понял, что многие из них поступают как собаки, волки, лисы и дьявол-искуситель. Приободрись. Распоряжайся в своем вилайате, руководствуясь высокочтимым шариатом. Запрещай им неприличные дурные поступки и распутство. Избавь себя и семью свою от того, что ненавистно твоему Господу — и люди будут довольны тобой".

Не уставал имам наставлять своих помощников и стихами из Корана: "И помогайте одни другим в благочестии и богобоязненности, но не помогайте в грехе и вражде…" (5:2), "Будьте справедливыми — это ближе всего к богобоязненности" (5:11).

Поначалу наибы выносили и смертные приговоры, но так как имущество казненного поступало в распоряжение наиба и это могло привести к корыстной подоплеке приговора, Шамиль принял утверждение таких приговоров на себя.

Наибы также заботились о безопасности территории и благосостоянии населения, набирали войска, которыми сами же и командовали, заготавливали продовольствие, собирали налоги, строили дороги и крепости, содержали школы и нуждающихся горцев. Они же выдавали специальные пропуска для проезда из одного наибства в другое.

Судебные уголовные дела были поручены муфтиям — высшим духовным лицам наибств и их помощникам кадиям — ученым, знавшим шариат и свой народ. Назначая кадия в село Корода, Шамиль напутствовал его так: "…Направляй их на благо двух миров, распространяя среди них свет сути шариата — всенепременно"

Приговоры утверждал наиб, а исполняли их мюриды. Но бывали случаи, когда за дело брался сам Шамиль.

Однажды представители общества, попавшего под власть царского командования и не имевшего сил к сопротивлению, попросили мать Шамиля убедить его, чтобы тот или защитил их, или разрешил им сделаться «мирными». Разгневанный имам объявил, что по шариату предательство карается па меньшей мере сотней палочных ударов и что исключений не будет ни для кого. Потрясенное население с ужасом ожидало исполнения приговора над старой женщиной. Экзекутор не посмел сильно бить старую женщину, но и после пяти его ударов та лишилась чувств. Тогда Шамиль взял остальные удары на себя и объявил экзекуторам, что отрубит им руки, если они будут бить его не в полную силу. Виновники столь впечатляющего события уже прощались с собственной жизнью, но Шамиль отпустил их, велев передать всем то, что они увидели и услышали.

После этого случая никто уже и не помышлял о решении своих проблем подобными способами.

Наказания были самые разные. Некоторые из них совмещали в себе назидание и развлечение для горцев. За курение табака в носу виновного проделывали дырку и продевали в нее веревку, на которую нанизывали трубку или табачные листья, пьяниц окунали в чан с вином, пока они не начинали захлебываться, при этом остальные осыпали грешников грязью и коровьим пометом. Были и более позорные наказания, об одном из которых свидетельствует письмо Шамиля: "…Провези ее по всему селению, посадив верхом на осла и вымазав ей лицо сажей, прикажи бить ее без пощады ногами, а затем прогони из села как подлую собаку — без всякого снисхождения".

При наибах состояли дибиры, управлявшие отдельными участками наибства. Им подчинялись выборные старшины сел, руководившие, в свою очередь, делами джамаатов (сельских общин).

В ведении дибиров находились и татели, следившие за общественной нравственностью, точным исполнением предписаний религии и недопущением действий, вредных для безопасности государства.

Стать наибом мог любой горец, независимо от происхождения, национальности или имущественного состояния. Все зависело от его человеческих качеств и преданности общему делу. Такая демократичность поддерживала в народе уважение к власти и ее учреждениям.