Утверждения В. Шуйского разогрели народ. Толпа ворвалась в Кремль. Царь Федор с матерью и сестрой были изгнаны из Кремля. Их доставили в прежний боярский дом Годуновых. На этом толпа не остановилась. Она стала грабить иностранцев, оправдывая себя тем, что «иностранцы» были «приятелями» Бориса Годунова. Через некоторое время от самозванца в Москву прибыли новые послы — князь Голицын и Масальский. Их задача была весьма деликатной — «покончить» с Годуновым. С этой задачей, которую им поставил самозванец Григорий Отрепьев, уважаемые московские авторитеты с правились достойно. Федор Борисович и его мать были убиты. Родню Бориса Годунова подвергли ссылке и заточению. Патриарха всея Руси Иова также не оставили в покое. Его сослали в Старицу.

История была несправедлива к Борису Годунову. Вначале его старались замарать бояре. Они убили его семью. Пришедшие к власти Романовы официально поддержали версию, что Борис Годунов был злодеем и цареубийцей. На эту наживку клюнули Карамзин, Пушкин и многие другие. Да и в наше время выступают по телевидению ученые-публицисты и перепевают навязанную нам ложь и клевету на Бориса Годунова. Самое поразительное во всем этом то, что все документы, все факты свидетельствуют о том, что Борис Годунов не был виноват в убийстве царевича Дмитрия.

Так кем же был Борис Годунов на самом деле? Историк С.Ф. Платонов в своих лекциях по русской истории писал: «Борис в глазах русского общества имел определенную репутацию хорошего правителя, потому что его любили московские люди, знали при царе Федоре Ивановиче его праведное и крепкое правление, «разум его и правосудие», как выражаются летописцы. Борис был вообще популярен, и ценим народом». В XVII веке писатели относились объективно к Борису Годунову, несмотря на то что Романовы официально объявили его цареубийцей. Умные люди понимали, зачем это было нужно Романовым. Так, князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский в первой половине XVII века написал по своим личным воспоминаниям сочинение о Смуте. Он объективно относится к Борису Годунову и пишет о нем следующее: «Муж зело чуден, в рассуждении ума доволен и сладкоречив, весьма благоверен и пищелюбив и строителен зело, и державе своей много попечения имел и многое зивное о себе творяще».

Знаменитый деятель и писатель Авраамий Палицын, который дружил с Василием Шуйским, писал о Борисе Годунове так: «Царь же Борис о всяком благочестии и о исправлении всех нужных царству вещей зело печатеся, о бедных и нищих промышляше и милость таковым великая от него бываше, злых же людей моте изгубляше и таковых ради строений всенародных всем любезен бысть». Иван Тимофеев признает в Борисе Годунове высокие достоинства человека и общественного деятеля. В одной из летописей говорится, что «Борис от клеветников изветы на невинных в ярости суетно принимал и поэтому навлек на себя негодование чиноначальников всей русской земли; отсюда много наностных зол на него восстали и доброцветущуго царства его красоту внезапно низложили».

Авторитетнейший историк С.Ф. Платонов так писал о Борисе Годунове: «Если внимательно разобрать первоначальные отзывы писателей о Борисе, то окажется, что хорошие мнения о нем в литературе положительно преобладали. Более раннее потомство ценило Бориса, пожалуй, более, чем мы. Оно опиралось на свежую еще память о счастливом управлении Бориса, о его привлекательной личности. Современники же Бориса, конечно, живее его потомков чувствовали обаяние этого человека, и собор 1598 года выбирал его вполне сознательно и лучше нас, разумеется, знал, за что выбирает… Историческая роль Бориса чрезвычайно симпатична: судьбы страны очутились в его руках тотчас же после смерти его отца».

Во время правления царя Федора Ивановича на Руси настала тишина и сравнительное благополучие. Об этом свидетельствует очевидец, который писал следующее: «Умилосердися Господь Бог на люди своя и возвеличи царя и люди и повели ему державствовати тихо и безмятежно… и дарова всяко изобилие и немятежное на земле русской пребывание и возросташе велиего славою; начальницы же Московского государства, князе и бояре и воеводы и все православное христианство начаша от скорби бывшия утешатися и тихо и безмятежно жити».

Автор «Московской хроники» писал, что народ «был изумлен правлением Бориса и прочил его в цари». Голландец Исаак Масса, проживавший в России восемь лет (1601–1609) и встречавшийся с Борисом Годуновым и Лжедмитрием I, о времени царя Федора Ивановича писал так: «Состояние всего Московского государства улучшалось и народонаселение увеличилось. Московия, совершенно опустошенная и разоренная вследствие страшной тирании покойного великого Ивана и его чиновников… теперь, благодаря преимущественно доброте и крепости князя Федора, а также благодаря необыкновенным способностям Годунова, снова начала оправляться и богатеть».

Английский дипломат Джайлс Флетчер писал о периоде правления Федора Ивановича и Бориса Годунова в своей книге «О государстве Русском». Он был очевидцем описываемых событий. Флетчер приводит данные о том, что при Иване IV продажа излишка податей, доставляемых натурой, приносила Приказу (Большого Дворца) не более 60 тысяч рублей ежегодно. При Федоре этот доход достиг 230 тыс. рублей. Это же говорил и упоминавшийся выше Палицын. Он свидетельствовал, что Борис «о исправлении всех нужных царству вещей зело печетеся… и таковых ради строений всенародных всем любезен бысть». Борис Годунов вел очень мудрую внешнюю политику. Страна была не в состоянии вести широкомасштабные военные кампании на западе. Поэтому усилия Бориса Годунова были направлены на укрепление страны.