В 1680 году царь Федор Алексеевич, старший брат Петра I, отличавшийся любовью к благолепию, повелел Неглиненские ворота отремонтировать, перестроить и украсить. Были расширены "светлицы" над проездами и возведены над ними две шатровые башенки. Над проездами, как это было принято на всех московских крепостных башнях, установили новые, писанные "добрым письмом" иконы: Воскресения Христова, преподобного Сергия, великомученика Георгия, святого Феодора Стратилата и московских святителей Петра и Алексея. Тогда же царь Федор Алексеевич издал указ о названии ворот по установленной на них иконе: "По Китаю городу проезжие двое ворота, которые делают вновь, что наперед того писаны прозванием Неглиненские, писать впредь Воскресенскими вороты, а Неглиненскими не писать".

Новое название привилось не сразу. Еще в середине ХVIII века их продолжали называть и Неглиненскими, и Курятными, только в начале XIX века, когда Неглинная была заключена в трубу, название Воскресенские ворота укрепилось окончательно.

В конце ХVII - первой половине ХVIII века по правой и левой сторонам Воскресенских ворот Китайгородская стена была разобрана, и на ее месте вплотную к воротам были построены административные здания, и таким образом визуально ворота перестали восприниматься как часть городской оборонительной стены.

В первой половине ХVIII века в "светлицах" Воскресенских ворот помещалась пробирная лаборатория Монетного двора. А когда в 1755 году в Москве в здании бывшего Земского приказа, находившегося на месте Исторического музея, был открыт Московский университет, в Воскресенских воротах разместилась университетская типография и при ней открыта книжная лавка.

В мемуарах известного ученого-просветителя А.Т.Болотова имеется описание этой книжной лавки. Осенью 1762 года он, будучи тогда офицером, возвращался после окончания Семилетней войны в свое имение через Москву и собирался приобрести в столице некоторое количество нужных ему книг для библиотеки. Надо сказать, что он был опытным библиофилом и вез с собою подводу книг, купленных за границей.

"Но сколь же удовольствие мое было велико, когда при распроведывании о том, нет ли в Москве книжной и такой лавки, где б продавались не одни русские, но вкупе и иностранные книги, услышал я, что есть точно такая подле Воскресенских ворот, - рассказывает в своих мемуарах Болотов.
– С превеликою поспешностью побежал я в оную. Но сколь радость и удовольствие мое увеличилось еще больше, когда нашел я ту лавку, подобную почти во всем такой, какую видел я в Пруссии и Кенигсберге, и в которой продавалось великое множество всякого рода немецких и французских книг в переплете и без переплета. Я спросил каталог, и как мне его подали, то спешил отыскивать в нем и потом пересматривать все экономические; и как по счастию случилось со мною тогда довольное число оставшихся денег, то накупил я несколько десятков оных, и как вообще экономических, так в особливости и садовых, и повез их с собою, как бы новое какое сокровище, в деревню".

В 1779 году типографию в Воскресенских воротах арендовал Н.И.Новиков, начиная свою книгоиздательскую деятельность в Москве.

С царствования Петра I, когда вошли в обычай торжественные шествия по улицам по случаю важных государственных событий - военных побед, коронаций и других, - на улицах Москвы по пути шествия воздвигались временные триумфальные арки. Воскресенские ворота в эти дни украшались теми же элементами, что и триумфальные арки: аллегорическими фигурами, эмблемами, живописными панно и соответствующими надписями. Известна гравюра М.И.Махаева, изображающая Воскресенские ворота, оформленные в виде триумфальных к коронации Екатерины II.

В XIX веке в Воскресенских воротах хранился архив Губернского правления. Накануне революции царь Николай II подписал указ о передаче Воскресенских ворот Историческому музею, но ввиду революционных событий передача тогда не состоялась.

Но самым значительным эпизодом в истории Воскресенских ворот стало сначала установление на них в середине XVII века чудотворной иконы Иверской Божией Матери, а затем постройка у ворот часовни для нее. Отчего в народе ворота называют также Иверскими.

Предание рассказывает, что эта икона Божией Матери в IX веке принадлежала некоей благочестивой вдове, жившей в окрестностях старинного византийского города Никеи, и была ею очень чтима. В это время Византией правил император Феофил-иконоборец. Исполняя приказ императора, его воины повсюду разыскивали и уничтожали иконы. Один из них явился к сей вдове, увидел икону, ударил мечом по лику Богоматери - и из нанесенной им раны по ее щеке потекла кровь. Воин испугался, пал перед образом на колени с покаянной молитвой и отрекся от иконоборческой ереси. Он сказал вдове, что к ней еще не раз придут с обыском императорские сыщики, и посоветовал спрятать образ, чтобы его не смогли найти. Вдова так и поступила.

Но слух о чудесном образе Богоматери и о том, что вдова где-то скрывает его, дошел до императорских сыщиков, они стали требовать, чтобы она отдала икону, и, если не отдаст, грозили жестокими карами.

Тогда вдова, чтобы спасти образ от поругания, с молитвой пустила икону в море. И тут она увидела, что икона не легла на воду, но стоймя уплыла от берега.

Сын вдовы, которому также грозили гонениями, ушел из Никеи и в одном из монастырей на Афоне постригся в монахи. Он рассказывал братии о чудесах, явленных находившейся в их доме иконой Божией Матери, и этот рассказ передавался на Афоне от поколения к поколению.