В тот же день советские войска пересекли границу и вступили в Западную Украину и Западную Белоруссию и к концу сентября заняли эти земли. Ян Гросс в своем исследовании «Революция из-за границы», подготовленном на основе записей поляков, покинувших СССР вместе с армией Андерса в 1943 году, признавал: «Следует отметить и сказать это недвусмысленно: по всей Западной Украине и Западной Белоруссии, на хуторах, деревнях, в городах Красную армию приветствовали малые или большие, но в любом случае заметные, дружественно настроенные толпы… Люди сооружали триумфальные арки и вывешивали красные знамена (достаточно было оторвать белую полосу от польского флага, чтобы он стал красным)… Войска засыпали цветами, солдат обнимали и целовали, целовали даже танки… Иногда их встречали хлебом и солью». Изъявления радости по поводу прихода армии, освобождавшей их от режима национальной дискриминации, сопровождались взрывом ненависти по отношению к свергнутому строю.

Как отмечал Я. Гросс, «части польской армии, перемещавшиеся через восточного воеводства, – их всего было несколько сот тысяч солдат – во многих случаях наталкивались на недружественное местное население. Свои последние бои польская армия на своей территории вела против украинцев, белорусов, евреев». Так как восставшее население обращалось за помощью к советским войскам, в эти стычки втягивалась и Красная армия. Этим объясняются потери Красной Армии, которую сначала все население, включая поляков, встретило так радостно. «Гражданское население (главным образом поляки), – отмечал Я. Гросс, – присоединилось к разрозненным частям польской армии и активно сражалось вместе с ними против советских войск. Было немало примеров такого рода, и в дальнейшем это способствовало отношению советских властей к гражданскому населению как к противозаконным элементам».

28 сентября 1939 года в Москве был подписан договор о дружбе и границе между СССР и Германией. Прилагавшийся к нему секретный протокол устанавливал новую линию раздела между сферами влияния СССР и Германии. Теперь часть польских земель (Люблинское воеводство и часть Варшавского воеводства) переходило в сферу влияния Германии, а Литва передавалась в сферу влияния СССР. Созданные в октябре 1939 года Народные собрания Западной Украины и Западной Белоруссии приняли решение о присоединении к Украинской ССР и Белорусской ССР. Теперь советско-германская граница проходила на 150-250 километров к западу от бывшей польско-советской границы.

В это же время были подписаны договоры СССР о взаимной помощи с Эстонией, Латвией и Литвой. До этого фашистские режимы этих прибалтийских стран стремились укрепить связи с Германией, а не с СССР. Однако отказ Германии от вмешательства в советскую «сферу влияния» в соответствии с протоколами 1939 года, не позволял им теперь рассчитывать на помощь Гитлера. Пока шли советско-эстонские переговоры о договоре, Гитлер в своем письме эстонскому президенту Пятсу просил его «потерпеть» до осени 1940 года. Видимо к этому времени Гитлер рассчитывал начать поход против СССР.

Договоры СССР с Эстонией, Латвией и Литвой позволили Советскому Союзу получить там военные, военно-морские и военно-воздушные базы. В то же время передвижения советских войск за пределами баз строго регламентировалось соответствующими соглашениями, и подписанные договоры не привели к изменению государственного строя в трех прибалтийских странах. У власти остались те же фашистские правительства, а коммунистические партии в этих странах оставались под запретом. Когда же советский посол в Эстонии Никитин сообщил Молотову о намеченных мероприятиях по пропаганде дружбы между СССР и Эстонией, Молотов резко осудил его за попытки «советизировать» Эстонию.

Характер отношений между СССР и прибалтийскими странами и внутриполитическая жизнь в этих странах не менялись до середины июня 1940 года. К этому времени германская армия в апреле за несколько дней оккупировала Данию и Норвегию, а затем за несколько недель, с 10 мая по 16 июня, разгромила англо-французские войска и заняла Голландию, Бельгию, Люксембург и Францию. Тогда возникла опасность, что вермахт повторит блицкриг (молниеносную войну) на Востоке.

Пребывание в «советской сфере влияния» не мешало фашистским режимам Прибалтики развивать связи с гитлеровской Германией. 70 % товарооборота этих стран приходилось на Германию. Прибалтийские армии закупали вооружение в Германии, а их руководство проводило постоянные консультации с представителями германских вооруженных сил. В мае 1940 года в Эстонию прибыл один из видных руководителей германской разведки Клее. Он сообщил министру внутренних дел Эстонии, что скоро Германия нападет на СССР.

К тому времени в Прибалтике активизировали свою деятельность фашистские организации. Из Прибалтики поступили сведения о том, что под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта» 15 июня фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Трудно сказать, насколько была реальной угроза путча или провокационного фарса, который бы помог правителям Прибалтики обратиться за помощью к Гитлеру, не дожидаясь осени 1940 года, но, вероятно, советские руководители расценивали эти сообщения в контексте международной обстановки.

В день, когда немецкие войска вступили в Париж, и за день до предполагавшегося фашистского путча в Прибалтике 14 июня 1940 года Советское правительство предъявило правительству Литвы ультиматум, требуя немедленного сформирования нового правительства, которое было бы способно «обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора». СССР требовал немедленного обеспечения свободного пропуска «на территорию Литвы советских воинских частей для размещения в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».