Во время завоевания Палестины, когда Наполеон сформировал так называемую Сирийскую армию, генерал Иоахим Мюрат оказался в ее рядах. При взятии города Газы три его головных эскадрона были опрокинуты мамлюками, но после сильного удара во фланг конники Ибрагим-бея отступили. Затем генерал Мюрат, имея всего одну тысячу человек, разгромил походный лагерь войска паши Дамаска и захватил город Тиверию. Там нашлись огромные запасы продовольствия, равные шестимесячной потребности французской армии.

Вскоре Мюрат отличился при штурме крепости Сен-Жан-д'Акр и под Абукиром, где был разгромлен турецкий десант. В том сражении он был ранен в лицо (пуля прошла под нижней челюстью) выстрелом из пистолета во время рукопашной схватки с Мустафой-пашой и его телохранителями. Тогда французский генерал лично пленил султанского пашу, командовавшего десантом.

Когда Наполеон Бонапарт покидал Египет, оставляя в этой стране свою Восточную армию, среди его немногочисленной свиты лично преданных людей оказался и дивизионный генерал Иоахим Мюрат. Он возвращался во Францию вместе с будущим императором на корабле "Каррэре", счастливо избежав встречи с английской эскадрой адмирала Горацио Нельсона…

В Париже кавалерийский генерал стал одним из главных действующих лиц государственного переворота, приведшего к власти Наполеона Бонапарта. Когда тот в критические минуты парламентских событий пал духом, именно Мюрат подтолкнул его к решительным действиям. Хотя верным ему войскам не пришлось тогда применять оружие против противников Бонапарта, дивизионный генерал был настроен на самые решительные меры. И это французские парламентарии поняли сразу, не решившись законодательным словом сразиться с военными: генерал Мюрат под гулкий грохот барабанов во главе небольшого отряда гренадеров с ружьями наперевес вступил в зал заседаний Совета пятисот (нижней палаты парламента Франции) и там скомандовал: "Вышвырните-ка мне всю эту свору вон!"

Эти исторические события еще больше сблизили первого консула Наполеона с Иоахимом Мюратом, который стал командующим консульской гвардией. Вскоре они породнились — Мюрат женился на младшей сестре Наполеона Каролине. После этого генерал был назначен губернатором Парижа и почти одновременно стал членом законодательного корпуса.

Готовясь стать императором французов, Наполеон Бонапарт начал завоевывать Европу. Естественно, что здесь не обошлось без Иоахима Мюрата, который в апреле 1800 года назначается командующим кавалерией Резервной армии. Он принимает самое деятельное участие в наполеоновском Итальянском походе: он взял Милан и овладел Пьяченцей, отличился в сражении при Маренго и изгнал неаполитанцев из Папской области.

19 мая 1804 года Мюрат получает звание маршала Франции. В списке 14 генералов, удостоенных тогда этого высшего воинского звания, имя Мюрата стояло вторым (после Л. Бертье). Он был также награжден командорским крестом ордена Почетного Легиона и назначен сенатором. В качестве резиденции император выделил мужу своей сестры Елисейский дворец в Париже. Семейство Мюратов было включено в список принцев императорского дома.

Маршал Иоахим Мюрат становится фактически главнокомандующим многочисленной наполеоновской кавалерией, которую составляли не только французы. Французская кавалерия в начале XIX столетия претерпела значительные изменения. Теперь она организационно и тактически подразделялась на тяжелую и легкую. Тяжелую кавалерию составляли кирасиры и карабинеры, легкую — драгуны, конные егеря (конные стрелки) и гусары. Были созданы не только кавалерийские дивизии, но и целые корпуса. Такой многочисленной и мощной кавалерией кроме Франции в Европе обладала только Российская империя, но большую часть ее конницы составляла легкая, преимущественно казачья.

Кавалерия маршала Мюрата участвовала во всех крупных сражениях военных кампаний 1805, 1806 и 1807 годов, действуя в авангарде главных сил наполеоновской армии против войск Австрии, Пруссии и России. Полководцу от кавалерии не раз удавалось взламывать лобовыми ударами своей конницы боевые порядки противника, совершать фланговые обходы и удачно вести преследование отступавших. Особо он отличился в сражении под Ульмом, в котором австрийская армия оказалась наголову разгромленной.

Затем Мюрат принудил к капитуляции 16-тысячный корпус австрийского генерала Вернека. Развернув стремительное наступление на Вену, он прославился вместе с маршалом Ж. Ланном захватом Таборского моста через Дунай. Это был беспримерный в военной истории подвиг. После этого, перейдя Дунай, французская кавалерия без боя заняла столицу Австрии.

Но были у главнокомандующего наполеоновскими конными войсками и неудачи. Такой неудачей, например, было сражение при Холлабрунне. Там его авангардный 40-тысячный корпус не смог сломить сопротивления русского 7-тысячного арьергарда под командованием генерала П.И. Багратиона, прикрывавшего отход кутузовской армии.

Во время боевых действий против Пруссии маршал Мюрат отличился при взятии ряда неприятельских крепостей. Гарнизон крепости Штеттин капитулировал при виде появившегося перед городом одного-единственного полка французской кавалерии. Получив от маршала такое донесение, Наполеон не без иронии написал Иоахиму Мюрату:

"Так как вы берете крепости кавалерией, мне придется распустить своих инженеров и отдать на переплавку осадную артиллерию".

В сражении при Гейльсберге (29 мая 1807 года) Мюрат был окружен русскими всадниками и рубился с ними наравне с рядовыми кавалеристами. Его тогда спас пробившийся к маршалу генерал Лассаль, которому принадлежали знаменитые слова: "Гусар, который не убит в тридцать лет, — не гусар, а дрянь!" А через несколько минут уже Мюрат спас от гибели в конной схватке Лассаля, вырвав его их рук русских драгун.