25 августа царь приехал в Москву и вручил Филарету манифест, подписанный им 16-го числа, в запечатанном конверте, с собственноручной надписью: "Хранить в Успенском соборе с государственными актами до востребования моего, а в случае моей кончины открыть московскому епархиальному архиерею и московскому генерал-губернатору в Успенском соборе прежде всякого другого действия". Аракчеев затем особо известил митрополита, что государю не угодна ни малейшая огласка в этом деле. С величайшими предосторожностями манифест поместили в ковчег, где хранились прочие важные государственные бумаги.

Впоследствии оказалось, что никто, даже московский генерал-губернатор князь Д. В. Голицын, не знал о существовании этого акта. В Петербурге, куда послали копии акта с той же надписью Александра, о нем знали всего два лица: князь А. Н. Голицын и Аракчеев. Наиболее удивительным обстоятельством было то, что сам наследник, великий князь Николай Павлович, знал о завещании Александра в его пользу лишь со слов матери, однажды вскользь упомянувшей о чем-то подобном.

В последние годы жизни Александра чрезвычайно заботило, чтобы революционные волнения на Западе не перекинулись на Россию. Поэтому политика народного просвещения приобрела в его глазах величайшее значение, наряду с полицией умов — цензурой. Чтобы устранить опасность революционного движения в России, царь принял ряд мер, призванных дать должное направление школе и литературе. Не в первый и не в последний раз на Руси пытались создать официальную науку, официальную добродетель и официальное благочестие.

В эти годы главным лицом в министерстве народного просвещения стал Михаил Леонтьевич Магницкий. В свое время он не без успеха кончил курс в Московском университете, затем служил в гвардейском Преображенском полку, а перед Отечественной войной сделался довольно бойким сотрудником Сперанского. В 1812 году он разделил судьбу своего начальника, однако быстро раскаялся в своих грехах, занял должность симбирского губернатора и показал на этой должности большую ревность в преследовании либеральных идей. Впрочем, эта ревность при отсутствии большого ума привела к увольнению Магницкого от должности губернатора. Тогда он поступил на службу в министерство просвещения. Дух времени произвел в нем последнюю метаморфозу вольнодумца: Магницкий превратился в елейного ханжу и вскоре стал пользоваться полным доверием со стороны князя А. Н. Голицына. Магницкого видели ежеминутно возводящим очи горе и твердящим кстати и некстати о милосердии Божием, посте и искуплении грехов; принципы Священного союза не сходили с его языка. Чтобы убедить Голицына в том, что он полностью сменил прежние взгляды, Магницкий усердно посещал по воскресеньям и праздникам домовую церковь князя, где земными поклонами старался заявить о вдруг нахлынувшей на него набожности. Он внушал Голицыну, что его не оставляет мысль "основать народное просвещение на благочестии, согласно с актом Священного союза".

В 1819 году он был назначен попечителем Казанского учебного округа. Магницкий налетел на Казанский университет, как коршун на добычу. Все внимание он сосредоточил не на том, чему учили и как учились, а на том, как профессора и студенты мыслили и чувствовали. Главный порок, замеченный Магницким в преподавании, был "дух вольнодумства и лжемудрия". Он подлежал немедленному и полному искоренению. Пробыв шесть дней в Казани, Магницкий по возвращении в Петербург доложил, что университет по всей справедливости и строгости законов подлежит уничтожению, причем в виде его публичного разрушения. Александр наложил на докладе примиряющую резолюцию: "Зачем разрушать, можно исправить".

Магницкий, нимало не медля, принялся за исправление. Просматривая списки почетных членов Казанского университета, он с ужасом встретил имя аббата Грегуара, который был членом Конвента и подал голос за казнь Людовика XVI. Магницкий выставил этот факт как главное доказательство овладевшего университетом якобинства. Он издал инструкцию, призванную направить юношество на правильную дорогу.

Инструкция подробно определяла направление преподавания каждого предмета, а также быт студентов. Философия, например, должна была руководствоваться посланиями апостола Павла; политические науки — черпать свои доводы из книг Моисея, Давида и Соломона и, в случае крайней нужды, из сочинений Платона и Аристотеля; преподаватель всеобщей истории, говоря о первобытном обществе, должен был показать, как из одной пары произошло все человечество, и т. д. Определен был точный порядок жизни студентов, большинство которых жило при университете. Студенческое общежитие превратилось в подобие монашеского ордена, в котором господствовали столь строгие нравы, что по сравнению с ними тогдашние институты благородных девиц могли показаться школой распущенности. Студенты распределялись не по курсам, а по уровню личной нравственности; каждый разряд жил отдельно от другого, дабы избежать опасности заражения пороками. Провинившийся студент должен был пройти курс нравственного исправления, причем проказника называли не виновным, а грешным. Одетого в крестьянский армяк и обутого в лапти, его сажали в "комнату уединения" (попросту карцер), над входом в которую красовалась надпись из Священного Писания; в самой комнате на одной стене висело распятие, на другой — картина Страшного суда, на которой грешнику предлагалось самому отметить свое будущее место в пекле. Пребывание в "комнате уединения" продолжалось до полного нравственного исправления; все это время товарищи грешника обязаны были молиться за него. Само собой, взаимные доносы студентов и преподавателей вменялись в обязанность каждому честному христианину.

У Магницкого нашлись ревностные помощники. Так, ректор университета Никольский, преподававший математику, на своих лекциях доказывал студентам полное согласие законов "чистой математики" с истинами христианской религии. По его словам, "математику обвиняют в том, что она, требуя на все точных доказательств, располагает дух человеческий к пытливости, отчего преданные ей люди ищут во всем — и даже тогда, когда дело идет о вере, очевидных убеждений и, не находя их, делаются материалистами". В доказательство полной правоверности математики Никольский приводил следующие примеры: как без единицы не может быть числа, так и мир не может быть без единого творца; прямоугольный треугольник является символом Троицы, а гипотенуза в этой фигуре есть не что иное, как символ соединения земного с божественным.

Не все преподаватели, однако, согласились профанировать свою науку. По требованию Магницкого из университета были уволены 11 профессоров.

Охранительное неистовство Магницкого в духе просвещенческой деятельности известных градоправителей Салтыкова-Щедрина нашло подражателей и в других университетах, сделавшись, таким образом, целым направлением в истории русского просвещения. Попечитель Петербургского учебного округа Дмитрий Павлович Рунич применил инструкцию Магницкого к Петербургскому университету и выгнал из него четырех профессоров. Из Харьковского университета выгнали двух преподавателей, из Дерптского — трех, из Виленского — четырех. Это сумасшествие прекратилось только в 1826 году, когда Магницкого уволили от должности и сослали в Ревель.