Подобно Сильвестру, Башкин осуждал рабство. Он сообщил духовнику Симеону, что освободил своих холопов и изодрал холопьи грамоты. При следующей встрече Башкин показал Симеону книгу «Апостол», а в ней размеченные воском места, которые вызывали его недоумение. Предложенные им толкования показались духовнику «развратными», и Симеон поспешил за советом к Сильвестру. Тот испугался, что недоносительство на Башкина повредит его репутации. В июне 1553 г. Сильвестр явился в царские покои и в присутствии Алексея Адашева доложил Ивану IV о «новоявившейся ереси».

Иван призвал к себе Башкина и велел ему читать и толковать «Апостол».

Ознакомившись с «развратными» взглядами Матвея, царь приказал посадить его в подклеть на царском дворе до подлинного сыска. Избежав тюрьмы, еретик попал в подвалы дворца. Башкин проповедовал неслыханные идеи: он отрицал официальную церковь, называл баснословием Священное Писание. На допросе Башкин признал, что воспринял ересь от двух поляков — Матиаса, дворцового аптекаря, и Андрея Сутеева. Собеседники Башкина были протестантами.

Получив донос на Башкина, царь после совещания с наставниками велел пригласить в Москву Максима Грека и Артемия Пустынника. Распоряжение доказывало, что Сильвестр намеревался заслушать мнение самых авторитетных богословов России.

Артемий явился в Москву, но не пожелал участвовать в суде над вольнодумцами и без ведома властей тайно покинул столицу. Необдуманный шаг имел роковые последствия. 25 октября 1553 г. Иван Висковатый в присутствии царя и бояр открыто обвинил Сильвестра и Артемия в пособничестве еретику Башкину. В ноябре он составил доклад с перечнем обвинений против Сильвестра. Новые иконы Благовещенского собора, объявил дьяк, результат «злокозньств» еретика Башкина: «Башкин с Ортемьем советова, а Ортемей с Селиверстом».

Резкие нападки на Сильвестра объяснялись тем, что у Висковатого были могущественные покровители. При составлении своего «Писания» Висковатый использовал книги, полученные им от члена Ближней думы боярина Михаила Морозова и его свояка боярина Василия Михайловича Юрьева-Захарьина.

Обвинения встревожили Сильвестра. Он обратил к царю с посланием против «избных» (приказных) людей, впавших в бесстыдство.

Исход столкновения зависел от того, какую позицию займет глава церкви Макарий.

Ответ митрополита Висковатому был кратким и энергичным. «Стал еси на еретики, — заявил митрополит, — а ныне говоришь и мудрствуешь негораздо о святых иконах, не попадись и сам в еретики. Знал бы ты свои дела, которые тебе положены — не розроняй списков» (посольских бумаг). Макарий пригрозил дьяку, что тот может быть изгнан со службы.

Глава церкви четко выразил свое отношение к креатуре Захарьиных — Висковатому. Становится понятным замечание Курбского о том, что Сильвестру удалось отогнать от царя Ивана «ласкателей» после того, как он «присовокупляет себе в помощь архиерея онаго великаго града» Москвы, иначе говоря, митрополита Макария.

Вот причина, почему Грозный ни словом не обмолвился о Макарии в своем отчете о кризисе 1553 г. Смертельная болезнь государя и династический кризис выдвинули фигуру митрополита на первый план. Если монарх в своем отчете о «мятеже» вообще не упомянул имени Макария, то лишь потому, что щадил его память. Он не стал обвинять пастыря церкви в том, в чем обвинял «изменных бояр», а именно во вражде к Захарьиным. Видимо, в 1553 г. Макарий, подобно Сильвестру, старался погасить раздор между Старицкими и Захарьиными, чтобы устранить опасность смуты.

Споры о ереси возродили прежний раздор. Розыск обнаружил, что ересь свила себе гнездо при дворе старицкого удельного князя. Главными сообщниками еретика были объявлены знатные дворяне Иван Тимофеевич Борисов-Бороздин и его брат. Они происходили из очень знатного рода тверских бояр и доводились троюродными братьями Евфросинье Старицкой. Оба служили в удельном княжестве и были видными придворными князя Владимира Андреевича. Враги Старицких не прочь были использовать момент, но Сильвестр и Макарий не дали разжечь пожар.

Следствие по делу Башкина и Борисовых было передано осифлянам. Башкин в конце концов сознался, что называл иконы «идолами окаянными», хулил самого Христа.

Видимо, эти признания были получены под пыткой. У обвиняемого помутился рассудок: он «язык извеся, непотребная и нестройная глаголаша на многи часы, и потом в разум прииде». Матвей Башкин был брошен в тюрьму, Иван Борисов сослан в монастырь на остров Валаам.

Церковные власти использовали суд над Башкиным, чтобы окончательно избавиться от нестяжателей. Отказ старца Артемия от участия в расправе с еретиками власти расценили как доказательство его причастности к ереси. На суде Башкин в расспросе «на старцов заволскых говорил, что его злобы (еретических взглядов) не хулили (старцы) и утверждали его в том». Возражая судьям, Артемий с полным основанием указывал, что ребяческие речи Башкина невозможно подвести ни под одну известную и осужденную святыми соборами ересь.