В 1912 году Альберт Швейцер сочетался браком с Еленой Бреслау, дочерью преподавателя истории Страсбургского университета. Мужу в то время было тридцать семь лет, жене - тридцать три. Она тоже имела специальность - была преподавательницей в гимназии, а, кроме того, занималась музыкой, руководила детским церковным хором, опекала страсбургских сирот. Впоследствии, несмотря на слабое здоровье, Елена в течение многих десятилетий оставалась верной помощницей и единомышленницей Альберта и это стало основой их счастливого брака.

В 1913 году супруги наконец-то отправились в Африку. На пассажирский пароход загрузили 70 ящиков, предназначенных для будущего госпиталя. Надо сказать, что все-таки Швейцеру так и не удалось собрать необходимую сумму денег и часть оборудования и лекарств была закуплена на деньги, взятые им в долг у друзей. Впоследствии в течение многих лет этот долг висел на нём тяжким грузом и ему, ограничивая себя и свою семью во всём, приходилось изыскивать деньги и постепенно расплачиваться, а последние долги были ликвидированы уже только после первой мировой войны.

Это своё долгое путешествие Швейцер затем описал в книге "Между водой и девственным лесом (переживания и наблюдения врача в девственном лесу Экваториальной Африки)", написанной прекрасным, живым языком и вышедшей в 1921 году. Когда же пароход прибыл в Габон, то Швейцерам ещё пришлось ...заплатить колониальным таможенникам громадную пошлину за ввозимые грузы, ведь никого из колониальной администрации абсолютно не волновало, что это была благотворительная помощь местному населению. В конце-концов супруги и их груз добрались до глухого селения Ламбарене, где и предполагалось построить госпиталь, который впоследствии стал для всего мира символом деятельного гуманизма. За девять лет, прошедших с того дня, когда Швейцер прочитал призыв в миссионерском журнале, он оказался ... первым и единственным, кто откликнулся на него!

Построить больницу даже в европейском городе достаточно сложно. Ну а построить больницу в девственном тропическом лесу, наверное, просто невозможно. Но Швейцеры сумели сделать это. Сначала под приёмный покой они кое-как переоборудовали ...старый курятник. В глухой африканской деревне невозможно было найти никаких строительных рабочих, да и африканцы стремились работать на лесозаготовках (колонизаторы скупали для нужд Европы драгоценную тропическую древесину и им нужны были кули) и отнюдь не горели желанием бесплатно или почти бесплатно работать на каких-то белых чудаков.

Африканское население страдало самыми разными, причем крайне запущенными болезнями, не говоря уж о постоянных травмах и несчастных случаях на охоте и рыбалке или же на лесоповале, где, разумеется, не было никакой охраны труда. К тому же, все болезни были осложнены скудным питанием, а нередко и голодом, и просто невежеством населения. Вот как писал об этом сам Швейцер:

"Главным образом мне приходилось иметь дело с малярией, проказой, сонной болезнью, дизентерией, фрамбезией и опухолями. Поразило меня обилие случаев пневмонии и болезней сердца. Много и урологических больных. Из области хирургии встречаются прежде всего грыжи и слоновая болезнь".

Если сначала местное население отнеслось к врачебной деятельности Швейцеров насторожённо - ведь это было неслыханно, чтобы белый человек приехал откуда-то специально для того, чтобы лечить чернокожих - то со временем слухи о белом докторе стали достигать самых отдалённых селений и поток больных стал увеличиваться с каждым днём. Больных привозили на лодках, приносили на носилках. Постепенно удалось найти нескольких рабочих и построить под здание больницы барак с крышей из рифлёного железа, а затем ещё и несколько хижин из неструганых досок, крытых пальмовыми листьями. В этом бараке, где и думать было невозможно ни о какой стерильности, приходилось проводить операции и это было всё же лучше, чем оперировать под открытым небом. Несмотря на напряжённейшую работу врача, Швейцеру приходилось самому не только руководить, но и участвовать в строительных работах. И это при том, что у Швейцеров практически не было даже переводчика! Тем не менее, к концу 1913 года всё-таки уже можно было сказать, что в Ламбарене, действительно, существует настоящая больница.

Невероятное напряжение и трудности работы в больнице Ламбарене иногда вдруг прерывалось чудесными сюрпризами. Так, друзья и поклонники Швейцера-органиста сделали ему царский подарок: они прислали специальное пианино-орган, изготовленное в тропическом варианте, то есть не боящееся жары и сырости. И с тех пор девственный лес в течение нескольких десятилетий время от времени оглашался по ночам небесными звуками органа, игра на котором приносила Швейцеру огромное наслаждение.

Работать Швейцерам приходилось не только днём, но нередко и ночью, когда приносили и привозили "срочных" больных, которых нужно было оперировать немедленно. В довершение всего, у самого Швейцера вдруг обнаружилась опухоль, вызывавшая сильные боли, и его пришлось оперировать в далёком селении, куда для этого супруги выехали на несколько недель. К счастью, операция прошла успешно, Швейцер быстро поправился и снова, едва поднявшись на ноги, приступил к своей работе в больнице Ламбарене.

В 1917 году, в разгар первой мировой войны (1914-1918 гг.) французские колониальные власти отдали приказ всем гражданам враждебной Германии, в том числе и Швейцерам, немедленно покинуть Ламбарене и под конвоем отправиться в Европу, в лагерь для интернированных германцев. В пересылочном лагере в Бордо, где заключённые самых разных национальностей и гражданства (немцы, венгры, турки, арабы и другие) жили в кошмарных условиях, Швейцер заразился дизентерией. Затем заключённых перевели в Гарезон, в неотапливаемое здание бывшего монастыря, где Швейцер по мере возможности также занимался лечением больных до тех пор, пока лагерное начальство категорически не запретило его практику. И это при том, что многие заключенные страдали от истощения, холода, хронических болезней, депрессии! Число больных увеличивалось с каждым днём, и в конце-концов начальник лагеря всё-таки был вынужден разрешить Швейцеру заниматься врачебной деятельностью и даже выделил ему комнату для приёма больных. И в заключении Швейцер продолжал писать свои книги или же садился за стол и ... упражнялся в игре на воображаемом органе. Между тем здоровье самого Швейцера и его жены очень быстро ухудшалось и скоро они не смогли даже ходить на разрешённые охранниками прогулки. В середине 1918 года часть заключённых, в том числе и Швейцеров, обменяли на французских пленных и они, с совершенно расшатанным здоровьем, смогли вернуться в свой любимый Страсбург, где Альберт вновь стал проповедником в той же самой церкви, где работал когда-то до отъезда в Африку.