Зимой 1935 года Швейцер снова отправился в свою больницу, однако на этот раз пробыл в Африке недолго - он вернулся в Европу уже летом того же года. И опять началась нескончаемая череда концертов, лекций, докладов... Теперь слава Швейцера уже докатилась и до Американского материка. Так продолжалось до весны 1937 года, когда Швейцер снова вернулся в Ламбарене.

Обстановка с мире в эти годы была уже очень неспокойной, в Германии пышным цветом расцветал фашизм, чувствовалось приближение новой мировой войны. Два последующих года Швейцер провёл в Ламбарене, как всегда, в самом напряжённом труде. Теперь больница была целым городком и функционировала, можно сказать, почти идеально - ежедневно она обслуживала уже триста пациентов! Нередко персоналу больницы приходилось не только кормить, но даже и одевать пациентов, которые приходили сюда просто в лохмотьях. При больнице были свои сад и огород, что позволяло намного улучшить рацион пациентов.

Международная обстановке тем временем накалялась всё больше и больше, что очень тревожило Швейцера. Ведь он не забыл того, что довелось ему испытать когда-то во время первой мировой войны! В самом начале 1939 года Швейцер в глубоком волнении за судьбы мира снова отплывает в Европу, где пробыл всего один месяц, употребив всё свое время лишь на закупку лекарств и оборудования. То, что он увидел в Европе, убедило его в неизбежности грядущих трагических событий, а также и в том, что даже далёкие африканские страны не смогут избежать общей участи и в ближайшие, может быть, очень долгие годы, персоналу больницы придётся надеяться только на себя, а, возможно даже, и буквально сражаться за свою больницу.

Уже в 1939 году больница в Ламбарене ощутила на себе военные действия: последняя партия медикаментов, закупленная Швейцером во время его последнего столь короткого визита в Европу, так и не дошла до больницы никогда - судно, перевозившее груз, было потоплено германской подводной лодкой. Теперь больнице приходилось всеми силами экономить лекарства и перевязочные материалы, отказывать в приёме не самым тяжёлым больным, отсылать их домой и переводить на амбулаторное лечение. Теперь больница не могла лечить одновременно более сорока человек. Ведь не было никакой надежды на дальнейшее пополнение медицинских припасов. И в то же время всех постоянно угнетала одна и та же мысль: "Как же так, здесь в Ламбарене мы, отказывая себе во всём, несмотря ни на какие трудности, днём и даже ночью лечим людей, боремся за каждую человеческую жизнь, а в это же время в мире ежедневно тысячи людей гибнут под бомбами, становятся калеками. Есть ли смысл в нашей работе?" Война дошла даже и до Ламбарене, где осенью 1940 года шли военные действия между войсками генерала де Голля и правительства Виши.

Больнице остро нехватало медикаментов, а ведь в таких условиях врачебная деятельность почти что теряла весь свой смысл. Ниоткуда не приходило никакой помощи. Весь персонал изнемогал от переутомления и отчаяния, вызванного международными событиями, особенно известием об атомных бомбардировках Хиросимы и Нагасаки, в которых погибло сто сорок тысяч человек, не считая, конечно, жертв, вызванных последствиями радиации в последующие годы.

В это время в своём "Африканском дневнике с 1938 по 1945 год" Швейцер писал:

"В 1944 году мы сами уже понимаем, до какой степени мы устали. Причина этой усталости - как слишком длительное пребывание в жарком, влажном африканском климате, так и постоянное переутомление, вызванное непомерной нагрузкой. Приходится напрягать последние силы, чтобы справиться с работой, которой ежедневно требует от нас наше дело. Только бы не заболеть, только бы быть в состоянии его продолжать - вот чем мы повседневно озабочены. Ни одному из нас сейчас уже нельзя оставить работу, и все мы это понимаем. Ни одного из нас ещё долго никто не сменит... И мы не сдаемся".

И всё же больница выдержала, она работала всю войну и её персонал дождался окончания войны.

Послевоенная Европа лежала в руинах, население голодало, буквально всё было дефицитом, цены выросли в десятки и сотни раз, разве можно было в таких условиях надеяться хоть на какую-нибудь помощь больнице в Ламбарене? Однако постепенно жизнь в мире всё-таки налаживалась, начали поступать первые небольшие средства и партии медикаментов, некоторые врачи дождались своей замены другими добровольцами и смогли вернуться в Европу. Только сам Швейцер бессменно оставался в Ламбарене, однако он настоял на том, чтобы в 1946 году Елена уехала на родину. Постепенно жизнь налаживалась и в больнице, и вскоре она вновь, как и прежде, смогла принимать до двухсот больных в день. Лишь в 1948 году, после десяти лет неотлучной жизни в Африке, Швейцер смог вернуться в Европу. Он не видел жену уже два года, а свою дочь - более десяти лет! Внуков же своих он и вообще ещё не видел никогда.

На этот раз семья Швейцеров посетила Соединенные Штаты Америки. Пресса подняла вокруг них немыслимую шумиху, сочинялись невероятные истории про больницу и про самого Швейцера. Тем не менее публика везде встречала лекции Швейцера с неизменным шумным восторгом, к чему он сначала никак не мог привыкнуть. После короткого турне в Америку, Швейцеры закупают в Европе всё необходимое для больницы и в 1949 году возвращаются в Ламбарене, где в 1950 году Швейцер отметил своё семидесятипятилетие. Его засыпали поздравительными телеграммами со всех концов света, почётными титулами разных университетов мира. Альберт Эйнштейн назвал его "самым великим человеком нашего века".

Однако тревога не покидала Швейцера. Несмотря на окончание войны и успешную деятельность больницы, на самом деле это были грустные годы - ведь мир вступил в длительную и беспросветную полосу "холодной войны". И Швейцер прекрасно понимал это. Он совсем не чувствовал удовлетворения от того, что мечта его жизни осуществлена. Мир был чудовищен, ужасен и он ничего не мог с этим поделать! В 1953 году Альберту Швейцеру присудили Нобелевскую премию мира за 1952год, но мир от этого нисколько не стал лучше... Благодаря денежной части Нобелевской премии - 220 тысяч марок - недалеко от Ламбарене удалось построить деревушку для прокажённых на 150 мест. Сама же больница уже могла принимать ежедневно до пятисот пациентов.