В Москве принимаются необходимые экстренные меры: открываются новые карантинные дома, за городской чертой учреждаются специализированные больницы, ужесточается карантинный режим. Московскому полицмейстеру даётся указание использовать в целях пресечения распространения эпидемии все наличные силы полиции.

Шафонский, как учёный, изучающий эпидемиологию, сделал открытие, которое открывало новый путь борьбы с чумой. По его настоянию в лечебных учреждениях стали разделяться тяжелобольные и выздоравливающие люди. Эта мера резко снизила число повторных заболеваний.

По настоянию консилиума врачей заражённое имущество, прежде всего предметы одежды, свозилось на специальные охраняемые склады. Там оно подвергалось уничтожению (сожжению).

К борьбе с эпидемией чумы были подключены все без исключения московские медики. За это они получали двойное жалованье. Правда, в начале эпидемии их приходилось охранять от «народных бунтов», когда простолюдины стали обвинять врачей в «попустительстве мору». Дело тогда закончилось арестом зачинщиков беспорядков и казнью некоторых из них.

Императрица Екатерина II много содействовала борьбе с чумой, эпидемия которой вспыхнула в Москве. По её указу лечение и содержание в городских карантинах осуществлялось «от казны», независимо от принадлежности заболевшего к тому или иному сословию. То есть неимущих и бедняков лечили за государственный счёт.

Деятельное участие в борьбе с эпидемией чумы, этого безжалостного бича средневековой Европы, дало Афанасию Филимоновичу Шафонскому богатейший исследовательский материал. Он составил «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 годы, с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений». Этот научный труд был напечатан в Москве в 1775 году. «Описание» имело большой успех не только в России, но и за её пределами. Имя автора стало пользоваться большой известностью в медицинских кругах, прежде всего среди тех, кому приходилось бороться с самыми различными эпидемиями. Касалось это и военной медицины.

С 1782 года А. Ф. Шафонский служил в Уголовной палате Черниговского наместничества. Здесь ему пригодились те правовые знания, которые он ещё в молодости получил в стенах университета немецкого города Галле.

В последние годы своей жизни он составил топографическое описание родных краёв — Черниговского наместничества. Оно увидело свет уже после его смерти, в 1851 году в Киеве. Труд был издан под названием «Черниговского наместничества топографическое описание с кратким географическим и историческим описанием Малой России».

Сын сотника Черниговского казачьего полка в екатерининскую эпоху был заметной фигурой в отечественном научном мире. Заслуги Афанасия Филимоновича Шафонского, в том числе и в ликвидации эпидемии чумы в Москве, были высоко оценены: в 1798 году он стал действительным тайным советником. По петровскому табелю о рангах 1722 года этот статский чин равнялся воинским чинам генерала кавалерии (генерала от инфантерии), генерал-фельдцейхмейстера и адмирала прочих флагов. Равнялся он также высшему придворному чину обер-маршала.

Известность в истории российского казачества сын малороссийского старшины Антон Андреевич Головатый получил благодаря своему уму, административным способностям и подвигам на поле брани. В юности, наслушавшись рассказов о рыцарской службе запорожцев, бежал в 1757 году из отцовского дома в Запорожскую Сечь. Сечевики приняли 14-летнего волонтёра в свой товарищеский круг, и Головатый на всю оставшуюся жизнь стал казаком.

Но перед тем как бежать на днепровский остров Хортицу, Антон Головатый учился в Киевской академии, где традиционно воспитывались дети знатных малороссиян. Недоучившийся «бурсак» бежал на Сечь не один, а с несколькими такими же, как он, воспитанниками академии, искавших воли и воинской славы среди запорожцев.

Способности, а также образованность Антона Головатого, записавшегося в Кущёвский курень, позволили ему, несмотря на молодость, быстро выдвинуться. Сперва он стал выборным куренным атаманом, потом в 1764 году получил должность войскового писаря и звание полкового старшины. То есть, говоря иначе, в 21 год (!) Головатый стал начальником штаба Запорожского казачьего войска.

…Кошевой атаман Фёдоров, отправляясь с делегацией запорожского казачества на торжества по случаю коронации императрицы Екатерины II, взял с собой в Санкт-Петербург и войскового писаря.

Головатый был и в составе последней делегации Запорожской Сечи к всероссийской самодержавной государыне в 1774 году с просьбой о восстановлении прав и привилегий Войска Запорожского. В этой поездке он познакомился с Г. А. Потёмкиным, что сыграло в его последующей судьбе большую роль.

При «разорении» Сечи Антона Головатого не коснулись «царские кары», павшие на часть казачьей старшины. Он остался на какое-то время человеком, свободным от военной службы.