Вслед за серийным производством Ту-104 на Харьковском авиационном заводе серия была развернута на заводе № 166 в Омске. С 1957 года оба завода перешли на 70-местную модификацию Ту-104А. В 1958 году к серийному производству Ту-104 подключился завод № 22 в Казани, который освоил 100-местный Ту-104Б. Всего до прекращения выпуска в 1960 году три завода построили 201 машину. Шесть самолетов Ту-104А были поставлены в ЧССР.

За создание самолета Ту-104 в 1957 году генеральный конструктор (должность введена решением Совмина в декабре 1956 года) А. Н. Туполев, ряд его заместителей и ведущих специалистов ОКБ: А. А. Архангельский, Н. И. Базенков, Д. С. Марков, С. М. Егер, А. Р. Бонин, А. Э. Стерлин, Л. Л. Кербер, К. В. Минкнер, А. М. Черемухин — были удостоены Ленинской премии. Более четырехсот работников ОКБ и опытного завода были награждены орденами и медалями, практически в полном составе премированы материально.

П. С. Дейнекин летал на многих туполевских машинах: на Ту-16 и Ту-104, Ту-95 и Ту-22М2. Специально для настоящей книги он поделился своими воспоминаниями о полетах на Ту-104 первых серий:

«Молодым командиром корабля, в составе специальной группы летчиков Дальней авиации, я был направлен в „Аэрофлот“ для полетов на Ту-104, с целью приобретения налета в сжатые сроки. В армии налет на один Ту-16 составлял около 250 часов в год, тогда как в „Аэрофлоте“, на Ту-104, налетывали такое же количество часов за месяц.

Первому советскому пассажирскому лайнеру был организован мощный „пиар“, а слово реактивный в народе ассоциировалось с понятием революционный. Ту-104, по сравнению с Ту-16, был более сложной машиной, она имела слабенькую дальность (около 2000 км), небольшую продолжительность полета (2 часа 40 минут). Для парирования турбулентности на больших высотах ей не хватало расхода рулей, и некоторые экипажи Ту-104 валились с эшелона до встречи с землей вместе с пассажирами! На посадке командир сидел за штурвалом как „на лезвии ножа“. Воздушный лайнер имел солидный посадочный вес, слабую механизацию крыла, большую посадочную скорость и неэффективные тормоза колес. Очень „боялся“ мокрой (или заснеженной) ВПП, если экипаж чуть промедлил с выпуском тормозного парашюта, выкатывание на грунт, за пределы бетонной полосы, ему было гарантировано. На Ту-104 отбирали лучших командиров кораблей с поршневых самолетов, но немногим довелось стать капитанами на реактивном Ту-104.

Вместе с тем, первым реактивным лайнером гордилась вся страна, а командиры этих кораблей по популярности уступали разве только космонавтам».

В ходе серийного производства самолет Ту-104 неоднократно модифицировался и модернизировался: выдающиеся для своего времени двигатели АМ-3 были заменены на более мощные и надежные РД-3, позднее РД-3М и РД-3М-500; в серии и эксплуатации были подготовлены модификации с увеличенным количеством пассажирских мест; постоянно обновлялось оборудование, в основном пилотажно-навигационное, радиотехническое и радиосвязное. Все это позволяло поддерживать парк самолетов Ту-104 на современном уровне в течение всего жизненного цикла самолета.

В период с 1957 по 1960 год на Ту-104 было установлено 26 мировых рекордов скорости и грузоподъемности, больше чем на любом другом пассажирском самолете данного класса в мире. Рекорды устанавливались экипажами летчиков-испытателей Ю. Т. Алашеева и В. Ф. Ковалева.

Андрей Николаевич всегда гордился этой машиной, считая ее одной из лучших, «счастливой» на своем творческом пути.

Когда в 1960 году было принято решение о необходимости тренировки космонавтов в условиях невесомости, долго не могли выбрать самолет, где удалось бы смоделировать эту самую невесомость. Сергей Павлович Королев, несмотря на чрезвычайную занятость, сам приехал к Туполеву в ОКБ, в «Дом на набережной № 2», посоветоваться:

Вот как пишет об этих событиях Л. Л. Кербер:

«Поговорили, затем Старик, как бы забыв об окружающих, отключился от действительности. Внезапно он „вернулся“ в свое кресло и, обращаясь к Королеву, сказал:

— Сергей (так А. Н. звал его еще студентом), если невесомость нужна не слишком надолго, мы тебе, пожалуй, поможем. Возьмем Ту-104 и поднимем тысяч на шесть — восемь. На этой высоте вместо горизонтального полета заставим „Ту“ двигаться по пологой синусоиде. При таком полете в кабине на некоторое время будут возникать отрицательные перегрузки, то есть невесомость.

— Андрей Николаевич, это так. Но нам для экспериментов нужны время и большой объем. Космонавты должны научиться передвигаться, плавать в воздухе, работать с аппаратурой — и все это должно кинематографироваться.

— Ну, это дело простое. Вытащим из кабины все кресла, снимем перегородки, обобьем пол, стены и потолок поролоном… Насчет времени… — Он вытащил логарифмическую линейку и несколько осторожно произнес: — На этой высоте и скорости, я думаю, что-то около минуты получить можно. Но кто тебе мешает с такими горками летать хоть до Омска?

Так и сделали, а когда космонавты испробовали Ту-104 в полете, АНТ попросил Сергея Павловича подослать кого-либо из готовящихся к полету.

Приехал совсем юный Гагарин в сопровождении доктора Яздовского. Как на грех, Туполев в генеральской форме принимал у себя в кабинете одного из важных посетителей.

Гагарина провели к Архангельскому. На столе разложили чертежи самолета, и мы вслушивались в более детальные пожелания космонавтов и врачей. Внезапно открылась дверь и вошел Андрей Николаевич. Молодой лейтенант смутился, вскочил, вытянулся по стойке „смирно“ и начал рапортовать. Старик обнял его и усадил рядом. Когда все вопросы обговорили, стали прощаться, Туполев пытливо взглянул на юношу: