Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили некоторые странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах.

Живя отшельником в Кремлевском дворце, он временами покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые со съестными припасами. Скупость, по наблюдению англичан, стала одной, притом не самой последней, из причин его падения.

Многие признаки в поведении Бориса указывали на его преждевременно наступившее одряхление. Принимая посла английского короля Якова I, царь впал в слезливый тон, когда речь зашла об умершей королеве Елизавете I.

Государь тревожился за будущее сына и держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Придворные из числа ученых иноземцев пытались убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако монарх неизменно отклонял такие советы, «говоря, что «один сын — все равно что ни одного сына», и он не может и на миг расстаться с ним».

В конце жизни Годунова томили воспоминания об угличской драме. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, он по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли тому, что Дмитрий жив или что он умер».

Терзаемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете?

Предчувствуя близкий конец, Борис мучительно размышлял над тем, может ли он рассчитывать на спасение в будущей жизни. За разрешением своих сомнений он обращался то к православным богословам, то к ученым иноземцам. Царь просил, чтобы они, невзирая на различие веры, «за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед государь нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».

Под влиянием неудач и тяжелой болезни Годунов все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.

13 апреля 1605 г. царь Борис скончался. Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу его смерти.

Согласно одной версии, Борис будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема.

Осведомленные современники описывали кончину монарха совсем иначе: «…царю Борису вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на него болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, в два часа в той же болезни и скончась». Согласно «Хронографу», Годунов умер после обеда: «по отшествии стола того, маю времени минувшю, царь же в постельной храмине сидящу, и внезапу случися ему смерть». Самодержец умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.

Члены английского посольства описали последние часы Бориса со слов лечивших его медиков. По обыкновению, врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Годунов любил плотно поесть и допускал излишества в еде. Доктора посчитали его хороший аппетит признаком улучшения здоровья и разъехались из дворца. Но через два часа после обеда царь внезапно почувствовал дурноту. Перейдя в спальные хоромы, он лег в постель и велел позвать врачей. Доктора не поспели на вызов. До их приезда у Бориса отнялся язык, и он умер.

Стоявшие подле умирающего бояре спросили, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Царь, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Видимо, Борис Годунов понимал, что без соборного избрания его несовершеннолетний сын не удержит корону на голове.

Близкий к царскому двору Яков Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.

Смерть монарха дала новый импульс гражданской войне в России.

Бояре и духовенство нарекли царевича Федора Борисовича на царство через три дня после кончины Бориса. Записи в книгах Разрядного приказа наводят на мысль о том, что в этом акте участвовали все чины, обычно входившие в состав Земского собора. «Того же месяца апреля, — значится в Разрядах, — патриарх Исв Московский и всеа Русии, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и со всем освященным собором вселенским, да бояре и окольничие, и дворяне и стольники и стряпчие, и князи, и дети боярские, и дьяки и гости, и торговые люди. и все ратные и черные люди всем Московским царством и всеми городами, опричь Чернигова и Путивля, нарекли на Московское государство государем царевича князя Федора Борисовича всеа Русии».

Разрядные записи находят аналогию в епископских посланиях, разосланных по городам сразу после наречения Федора. Отцы церкви подробно описывали, как патриархе Освященным собором, весь царский синклит — Боярская дума, гости и торговые люди и «всенародное множество Российского государства» просили царицу Марию Григорьевну, чтобы она «была на царстве по-прежнему», а сына великого государя царевича князя Федора благословила «быти царем и самодержцем всей Русской земли». Царевич не презрел «слез и моления» чинов и по благословению и приказу отца «производил» быть царем.