Победитель приказал Кобаякаве Хидэаки и другим «тайсё», перебежавшим к нему из стана Исиды Мицунари, преследовать их спасшегося бегством бывшего сюзерена и взять его замок Саваяму. Замок был взят (безуспешно оборонявшие его родичи Мицунари совершили над собой обряд «сэппуку»), но сам Исида Мицунари снова ускользнул и целую неделю скрывался от преследователей в густой лесной чаще на горе Ибуки.

6 ноября 1600 года злополучный Мицунари Кацусигэ Исида был схвачен преследователями в селении Игути, доставлен в Киото и обезглавлен, как государственный преступник, недостойный почетной смерти от собственной руки, вместе с Кониси Юкинагой, Экэем Анкокудзи, фаворитом Тэрумото Мори, который сражался при Сэкигахаре, — монахом Анкокудзу, а также другими «тайсё» потерпевшей поражение «Западной армии». Юкинаге Кониси, из уважения к его доблести, было предложено совершить над собой обряд «сэппуку», но тот, будучи ревностным христианином, даже под угрозой «утраты самурайской чести» наотрез отказался совершить грех самоубийства, и потому был обезглавлен наравне с другими осужденными.

Успех Токугавы в кровопролитной битве при Сэкигахаре еще больше укрепил его авторитет. Он щедро раздавал своим сторонникам новые земли и с подчеркнутым пиететом относился к особе Божественного Тэнно, однако реальную власть, разумеется, оставил за собой. По его приказу были пересмотрены границы прежних провинций и округов. В 1614 году Иэясу Токугава, идя по стопам Хидэёси Тоётоми, но действуя более мягкими методами, издал несколько указов, направленных против христиан, всячески ограничивая и осложняя их присутствие и жизнь в Стране восходящего солнца. Только в 1603 году, через три года после грандиозной битве при Сэкига-харе, Иэясу Токугава официально получил от Божественного императора Японии Го-Ёдзэя титул «сёгуна», положив тем самым начало сёгунату Токугава (1603–1667). Своей резиденцией и местопребыванием своего «бакуфу» он избрал город Эдо (известный ныне под названием Токио). Поэтому период правления «сёгунов» клана Токугава именуется в японской исторической традиции еще и «периодом Эдо».

Формально передав титул «сёгуна» сыну, Иэясу Токугава организовал составление «Уложения о самурайских родах» («Букэ сё хатто»), определявшего нормы поведения японских «боевых холопов» как на военной и гражданской службе, так и в личной жизни. В «Уложении о самурайских родах» были в сжатой форме кодифицированы традиции военно-феодального сословия Японии («бусидо»), дотоле передававшиеся в устной форме.

В области внешней политики Иэясу Токугава, в отличие от своего бывшего сюзерена Нобунаги Оды, сделавшего, как известно, ставку на «латинян»-португальцев и союз с папой римским, главой католической церкви, предпочитал сотрудничать с голландскими торговцами — протестантами и заклятыми врагами католиков.

Английский моряк Уильям Адамс, прибывший в Японию на голландском судне в 1600 году, стал советником Токугавы по некоторым вопросам европейской политики. Его история послужила основой для сюжета книги и известного художественного фильма «Сёгун».

При Иэясу Токугаве голландцы получили монополию на торговлю с Японией.

Два года спустя после получения от Тэнно титула «сёгуна» Иэясу Токугава отрекся от сёгунского титула в пользу своего сына Хидэтады Токугавы (главной целью данного шага было желание обеспечить наследование этого высочайшего, после императорского, титула по линии собственной семьи).

Однако в действительности он продолжал зорко следить за политической жизнью, хотя формально удалился в Сумпу (Сидзуока), где посвятил свой досуг занятиям изящной словесностью.

Так в Стране восходящего солнца началась эпоха правления очередной династии «сегунов», на этот раз — из «военного дома» Токугава, даровавшая стране мир на протяжении двух с половиной столетий. Лишь однажды, в начале XVII века, этот мир был ненадолго нарушен, когда Иэясу хитростью и силой оружия устранил достигшего к тому времени совершеннолетия Хидэёри Тоётоми — сына усопшего «тайко» Тоётоми Хидэёси, не пожелавшего отказаться от титула «сёгуна», завещанного ему отцом на смертном одре. Сын Тоётоми Хидэёси и его сторонники обосновались в городе Осака, остававшимся центром оппозиции власти Токугавы на протяжении пятнадцати последующих лет.

В 1611 году Иэясу Токугава встретился с Хиэёри Тоётоми, с которым помолвил свою внучку Сэн-химэ (дочь своего сына-«сёгуна» Хидэтады Токугавы). Однако Хидэёри, все еще пользовавшийся, как сын великого Хидэёси Тоётоми, немалым общественным авторитетом, продолжал рассматривать Токугаву как узурпатора.

Отношения между ними стали накаляться все больше, пока дело не дошло до открытого разрыва.

Встав во главе пятидесятитысячного самурайского войска, Иэясу Токугава подступил к Осаке, удерживаемой верными Хидэёри Тоётоми «тайсе», собравшими под своими знаменами многочисленные отряды «боевых холопов». В мае 1615 года в сражении под Осакой (последней из великих битв с участием самурайских армий на столь щедро политой человеческой кровью и засеянной человеческими костями японской земле) «буси» Хидэёри были разбиты и сам город взят войсками Токугавы. Городская цитадель загорелась во время штурма. Хидэёри Тоётоми вместе со своей супругой — внучкой Иэясу Токугавы и дочерью правящего «сёгуна» — сгорел в огне пожара.

Возвратившись в Сумпу, Иэясу вскоре тяжело заболел и в мае 1616 года скончался на семьдесят пятом году жизни. Он был погребен в Никко Тосёгу. В честь него был возведен величественный храм.

При нем было окончательно сломлено сопротивление вольных и непокорных «даймё». Центростремительные (объединительные) тенденции в истории Японии окончательно возобладали над центробежными (разъединительными).

Еще в 1614 году под влиянием Иэясу Токугавы его сын-«сёгун» издал закон о запрете на проживание в Японии чужеземцев (что весьма осложнило проповедь христианской религии и дело обращения японцев в христианство). Таким образом, была сделана попытка избежать опасности поддержки зарубежными силами, выступавшими под прикрытием проповеди христианской религии, сил внутри Японии, враждебных дому Токугава (чтобы не появился «новый Нобунага Ода»),

Впоследствии, в 1636 году, под страхом смертной казни японцам было запрещено покидать территорию своей страны, а также строить корабли, способные на дальние плавания. Так было положено начало эпохи самоизоляции Страны восходящего солнца от внешнего мира.

Период, начавшийся с правления Иэясу Токугавы, стал самым мирным периодом за всю историю Страны восходящего солнца: как это ни парадоксально, но воинственный клан Токугава, пришедший к власти через реки крови, обеспечил многострадальной Японии полное отсутствие вооруженных конфликтов на ее территории на протяжении всего периода владычества своего «военного дома».