У российских военных сил не было ни выбора, ни плана, кроме как отступать перед численно превосходящим противником; французы вошли в Вильну 28 июня, в Витебск — 26 июля и были у ворот Смоленска к середине августа. Отступление, казалось, в общем было одобрено царем, хотя Багратион взывал к нему: «Я молю Вас начать наступление… Никто не должен так запросто шутить с этой страной… Бегство — не для русских… Мы стали хуже пруссаков… Это позорно» [121] . Тем временем, французская армия сама уже ослаблялась дезертирством, болезнями и потерей снаряжения, пока преследовала отступающих русских по плохим дорогам в тяжелых климатических условиях.

Наполеон был разочарован, когда решительная битва, на которую он надеялся, не состоялась ни в Вильне, ни в Витебске, но он верил, что русские не оставят «святого города» Смоленска без борьбы. Французские силы под Смоленском превосходили русских в отношении 185 000 к 116 000. После двухдневной осады французами 16–17 августа Барклай-де-Толли приказал русским войскам отступать и оставить город (обе стороны потеряли около 10 000), и 18 августа французы «побежали как мыши сквозь каждую брешь в стене» [122] . Потеря Смоленска была встречена протестом остальных генералов Александра и его советников, которые, как Аракчеев, были в безопасности вдали от поля битвы; но для Наполеона отступление русских было весьма разочаровывающим и окончательно, решительно вредоносным. Он не планировал двигаться дальше Смоленска и надеялся, что взятие этого исторического города вынудит Александра заключить соглашение. Французские армии вступили в Россию снабженные лучше, чем для любой другой кампании. Провиант был складирован в Данциге для снабжения 400 000 солдат и 50 000 лошадей в течение 50 дней, а Великая армия пересекла границу России со снаряжением на 24 дня. Это означало необходимость устройства в Смоленске зимних квартир, пока будет подвезено остальное снаряжение. Но город был намеренно сожжен русскими, а большинство населения бежало, и ни подходящего убежища, ни дополнительного продовольствия было не найти. Во все время присутствия французских войск в Смоленске (с 18 августа до 14 ноября) было невозможно эффективно управлять городом и обеспечить достаточное снабжение из окружающих деревень. На деле, Наполеон провел там только 6 дней перед тем, как двинуться дальше на восток в надежде вынудить русских отважиться на решительную битву. Лейтенант Вослер рассказывает:

Трения между Барклаем-де-Толли и Багратионом заставили Александра назначить другого главнокомандующего. Тактика отступления Барклая повсюду в армии была встречена негодованием, и Александр приготовился, уже не в первый раз, стать жертвой обвинений в предательстве России. Единогласный выбор его советников пал на Кутузова. Александр не любил Кутузова, чье присутствие вызывало у него слишком болезненные воспоминания о собственном поражении в битве при Аустерлице, но он был слишком напуган опасным положением России, чтобы рисковать отвергнуть народный выбор. «Публика хочет его назначения, я его назначаю; что до меня, я умываю руки», — говорил он генерал-адъютанту Комаровскому [124] . Аракчеев и сестра Александра Екатерина убедили его не принимать самому командование («Вы должны играть роль не только капитана, но и правителя», — писала Екатерина в июне. «Ради Господа не беритесь командовать самолично», — более резко в августе) [125] . Более того, они считали, что царь должен во время войны руководить всей страной и объединить нацию. Вообще-то, у Александра не было последовательного плана защиты России и он был рад оставить стратегию своим генералам, хотя и боялся возможной общественной реакции на вторжение неприятеля. Услышав о переправе через Неман, он немедленно набросал манифест общего характера, в котором обещал не покладать рук до тех пор, «пока хоть один вражеский солдат остается в моей империи» [126] , а его обращение к войскам призывало Божий гнев на голову Наполеона: «Я буду с вами, и Бог будет против агрессора» [127] . Он также отправил Наполеону последнее послание, выражая свое согласие подписать с ним мир, если тот уберегся немедленно, и угрожая, что война будет длиться до тех пор, пока «на земле России будет оставаться хоть один вражеский солдат» [128] . Александр посылал свое предложение в несомненной уверенности, что оно будет проигнорировано, но зато продемонстрирует остальным европейским странам виновность Наполеона в войне.

Александра восторженно приветствовали в Москве, куда он прибыл в июле, он писал оттуда Екатерине, что настроение людей превосходно. Пожертвования в сумме трех и восьми миллионов рублей были сделаны соответственно московским дворянством и купечеством. Патриотическая реакция в России на нашествие не подлежит сомнению. 6 % правительственной казны займы составили в апреле, но пожертвования все еще были существенны для того, чтобы снабжать армию; все сословия, имеющие некоторый достаток, — дворяне, купцы, мещане и духовенство, — поставляли в больших количествах деньги и товары. Например, одиннадцать городских дум в Калужской губернии пожертвовали от себя 239 652 рубля, духовенство — 9204 рубля и 10 фунтов серебряных… По стране в целом более 82 миллионов рублей было собрано в 1812–1815 годах. Но все же в период отступления Александру трудно было поддерживать свою личную популярность. Он писал сестре из Санкт-Петербурга, куда прибыл 3 августа: «Здесь я обнаружил подъем духа гораздо меньший, чем в Москве» [129] .

Кутузов продолжал проводить тактику отступления, и к 3 сентября русские стояли уже под Бородино, в 72 милях западнее Москвы. Здесь Кутузов решил дать бой; к тому времени французы уже были ослаблены, большая часть снаряжения брошена. Бородинская битва состоялась 7 сентября. В тактическом отношении французы победили, потеряв, правда, 40 000 человек (включая 14 генерал-лейтенантов, 33 генерал-майора, 37 полковников — командиров частей). Русские потеряли около 50 000 человек, большинство составили пассивные потери от французской артиллерии. Сегюр, участник битвы, пишет:

Несмотря на это, русские войска оказались способными отступить, сохраняя боевые порядки. Вопреки мнению большинства своих генералов, Кутузов решил отступать дальше и оставить Москву. Первая новость, достигшая Петербурга 11 сентября, была о том, что русские одержали великую победу при Бородино; на следующий день начались толки, что это не совсем так. Французы вошли в Москву 14 сентября, но обнаружили, что большинство населения бежало. Пожары пылали пять дней, возможно, начатые графом Федором Васильевичем Ростопчиным, генерал-губернатором Москвы, так что французы нашли город опустошенным.

Новость о том, что Москва взята, достигла Петербурга 21 сентября, хотя формально о несчастье было объявлено только 29 сентября. Отправиться в Казанский собор Петербурга 27 сентября, чтобы отметить одиннадцатую годовщину своей коронации, Александр решил в закрытой карете, так как опасался гнева населения. Император и его свита вошли в собор перед молчащей толпой. Екатерина, узнав плохие новости, информировала брата из Ярославля: