В октябре 1949 года местными коммунистами была провозглашена Китайская Народная Республика. 18 августа 1950 года епископ Никандр официально вступил на Харбинскую кафедру, но управлять епархией в прежнем режиме, как удавалось его предшественникам, становилось все сложнее из-за серьезного противодействия и недружественной позиции коммунистической администрации страны. Китайские власти затягивали вопрос о правовом статусе экзархата. Все русские школы в Харбине стали работать по советским программам, согласно которым преподавание Закона Божьего было запрещено. В 1954 году начался процесс «китаизации» православной церкви и мероприятия по организации Автокефальной Китайской православной церкви. Русскому духовенству было предложено выехать в СССР. Неотвратимо вставал вопрос выбора — возвратиться в лоно сергианской церкви в СССР, пойдя на сделку с собственной совестью, или, как говорили харбинцы, податься «за речку». Отечество свое российское, несомненно, любили все, но и жизнь в коммунистической России с превалирующим материалистическим сознанием населения, попранием на государственном уровне национальной мысли и свобод русского народа как титульной нации не выглядела для духовенства, как хранителя и созидателя идеи Святой Руси сколь бы то ни было привлекательной. Было ясно и то, что при дальнейшей эмиграции в западные страны клир ожидал переход под юрисдикцию Зарубежного синода, что давало относительные свободы в исповедании веры, но объективно значительно сужало круг паствы и пространства лдя пастырской деятельности. Для себя владыка Никандр твердо решил следовать послушанию и преданности Московской патриархии. 27 февраля 1956 года в переполненном Свято-Николаевском кафедральном соборе преосвященнейший Никандр в последний раз отслужил Божественную литургию. Присутствующие сознавали, что с его отъездом собор этот перестает быть кафедральным, однако отъезд владыки в СССР многими был расценен как предательство истинной церкви. Еще бы, ведь митрополит добровольно отбывал в страну, где волею коммунистического владыки было воссоздано подобие церкви, в моральном отношении не лучше «обновленческой», времен экспериментов ГПУ по расколу православия в 1920-е годы. Эта церковь благословляла советских вождей-богоборцев, объявляла их печали и чаянья своими печалями и чаяньями, словом, поступала в идеологическое услужение к коммунистам — попирателям трона помазанника Божья и гонителям православной веры. Впрочем, и сторонников сосуществования с советской властью в Харбине в ту пору было предостаточно. Владыка отбыл на вокзал, где его ожидала громадная толпа харбинцев — почитателей советской власти, прибывших проводить своего архипастыря «на Родину».

С отъездом правящего архиерея продолжился «великий исход» русского населения из Маньчжурии, и с течением времени была поставлена последняя точка в существовании русской православной общины. В СССР епископ Никандр получил назначение на кафедру Архангельской епархии и Коми АССР, а затем был переведен архиепископом Ростовским и Новочеркасским. 16 августа 1961 года он скончался в Ростове-на-Дону «советским архиереем». Это небольшое, но существенное различие в статусе владык стоит пояснить краткой исторической справкой. В 1928 году харбинские архиереи получили Указ Временного Московского Священного синода от 20 июня того же года, обращенный к карловацкому Священному синоду и митрополиту Евлогию (Георгиевскому), пребывавшему в то время в Париже. Суть его сводилась к требованию выявления позиции по отношению к московской церковной власти: о признании братией «в рассеянии сущей» власти митрополита Антония (Храповицкого) или митрополита Сергия (Страгородского). А кроме этого, говорилось и о том, что всякий клирик, признающий Московский синод, но не спешащий получить в консульском учреждении СССР за границей советское гражданство, отстраняется от несения своего церковного послушания. К слову сказать, в ту пору ни один из архиереев на территории Китая не посчитал возможным для себя принять этот указ в части признания над собой юрисдикции Московского синода, ибо гонения большевиков на веру и православный клир в СССР были хорошо известны за границей. Памятно было и обращение митрополита Антония (Храповицкого) к Генуэзской конференции, состоявшейся в 1922 году. Напомним читателю вкратце важную часть этого обращения, указывавшую участникам на то, что присутствие на конференции большевистских представителей совсем не означало, что их устами будет вещать русский народ. «Среди множества народов, которые получили право голоса на Генуэзской конференции, не будет только представительствован двухсотмиллионный народ русский; потому что невозможно же назвать его представителями, и притом единственными, его же поработителей, как нельзя было в средние века признать гуннов представителями франкских и германских племен Европы; хотя среди всех гуннских вождей, конечно, успевали втереться несколько процентов предателей из народов европейских, как и среди наших коммунистов — евреев, латышей, китайцев — втерся известный процент русских, и то преимущественно не на первых ролях. Впрочем, если бы вожди большевиков и не были инородцами и иноверцами, то и тогда какая же логика может признать право народного представительства за теми, кто поставил себе целью совершенно уничтожить народную культуру?… Завоеватели-большевики казнили сотнями тысяч русских людей, а теперь миллионами морят их голодом и холодом. Где было слышно, чтобы интересы овечьего стада представляли его истребители — волки. Если бы спросить еще не растерзанных волками овец, что бы они желали для своего благополучия, то в ответ послышался бы один дружный вопль: уберите от нас волков. Так было бы, если бы овцы могли говорить; так оно и есть с русским народом, который до того забит и терроризирован, что не может поднять голоса, и лишен физической возможности дать себя услышать просвещенной Европе и всему миру…» [4]

В ту пору среди харбинского духовенства лишь только один преосвященный Нестор (Анисимов) колебался какое-то время, сомневаясь, какое решение для него лично будет наиболее верным, и первоначально заявил о признании митрополита Сергия и Московского синода. Впрочем, вскоре и он, поразмыслив и покаявшись перед братией в содеянной поспешности, пересмотрел сделанное заявление. Сомнения архиерея были обусловлены общей атмосферой уныния и духовного упадка, которая охватила Харбинскую епархию в конце 1920-х годов, в особенности в сопоставлении с тем, какой бурной и насыщенной вспоминалась духовная жизнь времени первых лет харбинской жизни.

В годы Великой войны и революции, а затем и позже, во время прихода на КВЖД советской администрации, жизнь харбинских приходов претерпела изменения. Рабочие и мастеровые харбинских депо, ранее составлявшие большинство прихожан, в большинстве своем поддались советской атеистической пропаганде, и, кто тихо, а кто и демонстративно, вышли из приходов, устремившись «в революцию» и новые духовные искания. Традиционная вера, не без наущений большевиков, была объявлена рудиментом старой и ограниченной жизни, а поиск нового смысла жизни приветствовался советской властью повсеместно, в том числе и за пределами СССР. В первые годы управления дорогой советской администрацией, дабы не прослыть ретроградом среди служащих дороги, считалось дурным тоном обнаруживать приверженность православной традиции, посещать храм и отмечать церковные праздники. В городе стало процветать сектантство, хотя, справедливости ради, стоит заметить, что таковое положение дел наблюдалось еще в 1907 году по причине отторжения приходов Маньчжурии от Православной миссии в Пекине и подчинения их Владивостокской епархии. В 1920-е годы ситуация с паствой настолько ухудшилась, что из 250 домов в той части Харбина, которая называется Затон, на Рождество Христово в 1922 году лишь 6 семей пожелали принять у себя священника, обходившего район с крестным ходом. Доходило до того, что, будучи извещен присными о харбинском охлаждении православной паствы к церковной жизни, папа римский в 1928 году направил в Харбин некоего униатского епископа, отличавшегося большим красноречием и подлинного мастера риторики, для «проповеди» среди населения города и обращения как можно большего числа харбинцев в католичество. Успеха эта миссия, впрочем, не имела, ибо и католическое вероисповедание в равной степени отторгалось большевистской властью, а большинство харбинских обывателей, невзирая на перемены в духовной жизни, втайне предпочитали держаться традиционно православных устоев веры и быта. Впоследствии это печальное положение, конечно же, изменилось, главным образом потому, что в Харбине нашли прибежище многие замечательные русские клирики — монашествующие, диаконы, священники и архиереи. Были в Харбине и те, кто во все времена пользовался непререкаемым авторитетом у паствы и своих духовных детей, такие, как протоиерей о. Константин Коронин, ставший духовным наставником юного харбинского студента, ставшего впоследствии первоиерархом Русской зарубежной церкви — митрополитом Филаретом.

Главной особенностью так называемого периода упадка в церковной жизни Харбина стала удаленность и, как следствие, оторванность Православной миссии в Пекине и Харбинской епархии от России, что стало причиной перехода их в управление Зарубежным синодом. Но именно тогда русская диаспора Маньчжурии дала множество примеров подвижничества и духовного братства, ревностных и просвещенных пастырей нашей Православной церкви, буквально с пеленок прививавших прихожанам любовь к далекому Отечеству и сознание того, что они — дети великого русского народа. Сама обстановка в православных общинах и дух проповедей воспитывали чувство любви к России, вот почему на протяжении десятилетий выходцы из Харбина помнили и любили этот город, сознательно или подсознательно помня сказанные А. С. Пушкиным слова: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости». В 1920-е годы временное вынужденное ослабление православной миссионерской деятельности среди местного населения стало использоваться противниками находившегося в Пекине митрополита Иннокентия, считая это в качестве повода для реформирования церковного управления в Китае и возбуждения недовольства среди китайцев — священников и мирян. Ведь к тому же начальник миссии не был сторонником каких-либо демократических реформ в вопросах церковного управления. Его действия далеко не всегда были согласованы даже с Архиерейским синодом: фактически Пекинская епархия была самоуправляемой и мало обращала свои взоры на деятельность Харбинской епархии, что и явилось причиной нестроений, которые, однако, благодаря хорошим «администраторским» качествам начальника миссии проявились только в одном инциденте. 7 декабря 1928 года протоиерей Александр Пиняев, ушедший за штат Пекинской епархии, живописал церковные нестроения в Пекинской православной миссии (оплоте и центре русской духовной жизни во всем Китае) в частном письме в Париж к одному из виднейших иерархов русского зарубежья, митрополиту Евлогию (Георгиевскому). Жалуясь на своего правящего архиерея, он писал: «…судебные тяжбы архиепископа Иннокентия со многими русскими резидентами в Пекине, Шанхае и других городах Китая, особенно за последние 8 лет, довели Российскую Духовную Миссию в Пекине до полного разорения и нищеты. Пекинская Миссия — это фикция. Никаких просветительных и благотворительных учреждений здесь не имеется, здания полуразрушены, вид печальный». В конце этого письма автор просил благословения владыки Евлогия на образование отдельного прихода, который непосредственно подчинялся бы последнему. Митрополит Евлогий по этому поводу советовал обратиться в Москву к митрополиту Сергию (Страгородскому), начав с ним переписку. Но даже несмотря на внутренние разногласия клира, в пределах Харбинской епархии — основной территории, где проживали старые харбинцы-железнодорожники и селились новые — политические, военные эмигранты и просто беженцы, — отдельными подвижниками открывались храмы, строились учебные заведения, в том числе и семинария, печатались православные книги, и развивалась благотворительность.

В части подготовки молодой смены харбинскому духовенству на заседаниях архиереев неоднократно ставился вопрос о необходимости открытия в Харбине духовной семинарии. Окончательным импульсом к ее основанию послужила подготовка в 1937 году правительством Маньчжоу-го реформы русских школ. Согласно новым правилам, реальное училище при церкви в честь святителя Алексия, митрополита Московского в Модягоу было поставлено перед необходимостью закрытия. С целью предотвратить развал педагогического коллектива Алексеевского реального училища было решено преобразовать училище в народную и повышенную школу при церкви. После того как японские власти отклонили ходатайство, собрание администрации училища, правления и представителей духовенства во главе с владыкой Мелетием приняло решение обратиться от имени правящего архиерея Харбинской епархии к министру народного благополучия в столицу Маньчжоу-го Синьцзян (ныне Чанчунь) о преобразовании училища в семинарию. В 1938 году, в день памяти небесного покровителя Китая, святителя Иннокентия Иркутского, архиепископ Мелетий получил разрешение на открытие частной Харбинской духовной семинарии на следующих условиях. Срок обучения должен был составлять 4 года, а в число учащихся могли принимать лишь лица, окончившие народную повышенную школу. Общее количество учащихся не должно было превышать 60 человек, а учебным помещением должно служить церковно-общественное здание. С этого момента 1-й класс духовной семинарии существовал при Свято-Алексеевском реальном училище. В первый подготовительный класс семинарии принимались православные мальчики в возрасте от 11 до 13 лет. Семинария разместилась в старой деревянной церкви прихода, прихожане которого к тому времени отстроили новый каменный храм. К концу 1938 года японские оккупационные власти стали настоятельно требовать закрыть Свято-Алексеевское реальное училище. Для того чтобы сделать возможным самостоятельное существование духовной семинарии, указом архиепископа Мелетия 23 декабря 1938 года ректором Свято-Алексеевской семинарии был назначен протоиерей Аристарх Пономарев, которому было поручено заняться устроением семинарии. Вскоре от властей было получено официальное разрешение открыть еще два подготовительных класса и увеличить число учащихся. Первоначально семинария, не имея достаточных материальных средств, вынуждена была опираться на силы временных преподавателей, однако в скором времени, благодаря поддержке настоятелей харбинских приходов и общественных деятелей, появилась возможность формирования постоянного преподавательского состава. Средства семинарии помимо пожертвований составлялись из платы за обучение, ежегодных отчислений епархиальных собраний, из доходов печатных изданий, проведения лекций и концертов и церковных кружечных сборов. Так как семинария была создана на основе реального училища, в ее учебной программе, наряду с богословскими дисциплинами, оставалось много предметов общеобразовательного профиля. Из богословских предметов преподавались догматическое, нравственное, пастырское богословие, катехизис, история христианской Церкви, Священное Писание Ветхого и Нового Заветов, гомилетика, церковный устав, греческий, латинский и церковно-славянский языки. Свято-Алексеевская духовная семинария предоставляла возможность выпускникам поступать как во все высшие светские, так и духовные учебные заведения, и без сдачи вступительных экзаменов поступать на богословский факультет Института Святого Владимира.

После поражения Японии во Второй мировой войне в 1945 году и крушения марионеточного государства Маньчжоу-Го Маньчжурия была занята советскими войсками, а Православная церковь региона перешла в подчинение Московского патриархата. Был создан Восточноазиатский экзархат Русской православной церкви, во главе которого стал митрополит Нестор (Анисимов). Владыка Нестор намеревался реорганизовать Харбинскую семинарию, для того чтобы придать ей более четкий духовный характер и уменьшить долю светских предметов. Осуществлять реорганизацию семинарии экзарх поручил новому ректору, сменившему о. Аристарха — энергичному священнику, выпускнику и преподавателю харбинского богословского факультета Института Св. Владимира о. Симеону Новосильцеву. Впрочем, реформе семинарии не суждено было осуществиться — вскоре под давлением китайских властей она была закрыта. Правда, в короткий период, с 1946 по 1951 год в Харбине существовал Лицей Св. Александра Невского, стремившийся восполнить вакуум, образовавшийся после закрытия семинарии. В этот лицей перешли многие из бывших учеников семинарии, сочетавшие это с пастырской работой. Если говорить о повседневностях этой работы, стоит упоминания деятельность клириков, проявленная в заботах о страждущих. На земельном участке Спасо-Преображенской церкви Корпусного городка в Харбине протоиерей о. М. Филологов лично участвовал в создании «Дома-убежища митрополита Мефодия», предназначенного для вдов, сирот и престарелых лиц духовного звания. Средства на постройку дома собирались им за счет организации благотворительных концертов, лотерей и сбора пожертвований, поступавших от имущих харбинцев. Отчасти хлопоты по сбору дополнительных к тому средств ложились на представительниц дамского Комитета при приюте.

1920-е годы прошлого века стали для городской жизни Харбина временем новых испытаний, притока новых беженцев и дальнейшего возрастания трудностей, связанных с размещением и заботой о вновь прибывших беженцах. В 1929 году два советских отряда на Дальнем Востоке вторглись в пределы Китая в Трехречье, напав на русских беженцев из Сибири из числа так называемых «белогвардейцев» — вооруженных казаков, отстаивающих свою собственность и честь, как и подобало казачеству во все времена, с оружием в руках. Относительно зверств большевиков в Трехречье извещенный об этом от харбинских архиереев митрополит Антоний отозвался обращением ко всем народам мира: «Душу раздирающие сведения идут с Дальнего Востока. Красные отряды вторглись в пределы Китая и со всей своей жестокостью обрушились на русских беженцев — выходцев из России, нашедших в гостеприимной китайской стране прибежище от красного зверя. Уничтожаются целые поселки русских, истребляется все мужское население, насилуются и убиваются дети, женщины. Нет пощады ни возрасту, ни полу, ни слабым, ни больным. Все русское население, безоружное, на китайской территории Трехречья умерщвляется, расстреливается с ужасающей жестокостью и с безумными пытками». Напомним читателю, что в послании преосвященного речь шла о населении 800 русских земледельческих хозяйств, рассредоточенных по речным долинам Барги, численность которых к 1929 году составляла 5000 человек, и более двадцати русских селений с 375 хозяйствами, сосредоточенных в районе Трехречья. Проживая рядом с русским Забайкальем, практически в равных географо-климатических условиях, но под разными политическими режимами, казаки-трехреченцы находились в многократно более выгодном положении. Пока население казачьих станиц в Забайкалье, как и по всей России, страдало от изымания продовольствия уполномоченными советскими представителями и постоянно находилось под угрозой большевистского террора за отказ отдать последнее «продовольственным отрядам», их соседи-казаки, проживающие в Северо-Восточном Китае, упорным трудом смогли наладить свой быт. Обосновавшись, они обеспечили себе достаточное количество продовольствия и даже существенно улучшили собственное материальное положение за счет продажи излишков сельскохозяйственной продукции маньчжурским потребителям. Этот пример успешного хозяйствования по другую сторону границы не давал покоя идеологам коммунистического устройства жизни, обеспокоенных постоянной утечкой отдельных казачьих семей через границу за лучшей долей. Таким образом, поступления в коммунистическую казну понемногу снижались, а требуемые от губернских советских властей показатели отъема сельскохозяйственных продуктов не снижались, а продолжали неуклонно расти. Забайкальские советские деятели были озадачены. На многочасовых совещаниях партийного и хозяйственного актива звучали самые фантастические предложения, как обеспечить прежний уровень сборов, но в конце концов их участники сошлись на мысли уничтожить заграничные поселения забайкальских казаков. Безосновательное нападение на мирных граждан, да еще с нарушением территориальной целостности соседнего государства, представлялось большевикам сомнительным предприятием. И тогда во весь голос заговорила советская пресса, усилиями пропагандистов начавшая создавать зловещий образ «белобандитов», обитающих по другую сторону границы, готовящих нападение на мирных советских подданных и свержение их самого гуманного на планете строя. В действительности обитатели Трехречья и не мечтали о большем, чем как, укрепившись на собственных земельных наделах, продолжать заниматься традиционными для казаков видами хозяйствования, продажей урожая, закупкой сельскохозяйственного оборудования и материалов для строительства многолетней мирной жизни. Практически никто из взрослого населения Трехречья не состоял в связях с повстанческими группами, руководимыми или формируемыми в Харбине сторонниками непрекращающейся вооруженной борьбы с большевиками. Условия жизни и повседневный нелегкий труд не оставляли ни малейшего времени для политиканства, и тем более многонедельных отлучек для партизанских рейдов в глубь советской территории. Нельзя сказать, чтобы трехреченские казаки испытывали большое уважение к согнавшей их с мест власти комиссаров, однако, огульно записывая всех трехреченцев в «бандиты», советская власть, как водится, изрядно кривила душой.