Относительно спокойное казачье житье в Трехречье продолжалось до лета 1929 года, пока не возник так называемый «советско-китайский вооруженный конфликт» на КВЖД. В суматохе, вызванной вооруженным противостоянием сторон, 28 сентября 1929 года кавалерийская часть ГПУ численностью в 200 сабель перешла пограничную реку Аргунь и атаковала китайский пограничный отряд, попытавшийся оказать сопротивление вторжению около русского поселка под названием Домасово. В атаке конников ГПУ начальник китайского пограничного отряда и 6 его солдат были убиты, остальные бежали, преследуемые красными кавалеристами. Преследование бежавших китайских пограничников продолжилось в близлежащих казачьих селеньях. Чины отряда ГПУ врывались в казачьи хаты, обрушивая смертоносный огонь на мирных жителей, настигая их в разных уголках поселений и не оставляя в живых никого. Дым взметнулся к небу в казачьем поселке Комары, где советский отряд стал поджигать подряд все дома. Запалив поселок, конники ГПУ вернулись в Домасово, где расправе подверглось все его население без исключения пола и возраста. Рассредоточенные вдоль берега Аргуни чины отряда следили за тем, чтобы никто из жителей не мог спастись, и стреляли в тех, кто, преодолев реку, пытался выбраться на противоположный берег в поисках помощи и спасения. За первым отрядом в тот же день Аргунь перешел и второй, отправившийся на 150 верст к востоку от мест первой расправы. Подойдя утром 1 октября 1929 года к поселкам Тынахэ и Цанкыр, окружил их, предложив всему проживавшему в них мужскому населению явиться к командиру отряда для установления личности в связи с якобы имевшими ранее набегами неких белых «банд» на территорию СССР.

Явившихся лиц расстреляли, используя для большей скорости станковые пулеметы. Из всех мужчин, проживавших в поселках, расправы красных избежали лишь трое, посчитавших для себя опасным делом ведение любых переговоров с «советчиками» и скрывшихся. Напоследок, 4 октября 1929 года, 2-й кавалерийский отряд красных снова вернулся в поселок Тынахэ и, выбрав там наиболее привлекательных женщин и хороших лошадей, с этими «трофеями» в духе Средневековья устремился назад к советской границе. Согласно сообщениями очевидцев погромов в Трехречье, жертвами набегов красной конницы стали 150 человек. [5]

Те немногие из некогда 30-тысячного забайкальского казачества, рассеянного по России и Китаю, кому удалось избежать гибели во время большевистских расправ в Трехречье, потянулись со скарбом, скотом и семьями подальше от советской границы, в единственное известное им убежище для православных — Харбин. В благотворительных городских учреждениях все прибывшие получили кров, пищу, внимательное отношение к себе в «Доме-убежище» и, передохнув от пережитого, к 1930 году снова стали возвращаться к брошенным станицам в Трехречье. В период пребывания казачьих беженцев в Харбине городская Богородице-Владимирская женская обитель приняла самое живое участие в их судьбе. В силу того что среди бежавших от большевиков оказалось много детей, потерявших своих родителей во время налета советских войск на казачьи поселения, при обители усилиями подвижников был создан приют для девочек во имя святой Равноапостольной княгини Ольги.

Большой труд по обустройству домов призрения и приему всех нуждающихся был проделан стараниями многих православных клириков, проживающих на тот момент в Северо-Восточном Китае. Так, второй викарий Пекинской епархии, епископ Иона (Покровский), с 19 октября 1922 года живший на станции Маньчжурия, стал одним из усердных участников благотворительной и просветительской деятельности в Харбине. Епископ Мелетий так отзывался о нем: «Население города Маньчжурии, как пришлое из разных мест России, в религиозном отношении не было воспитано надлежащим образом. Новый обширный и благолепный храм Миссии был посещаем богомольцами в малом количестве, церковная проповедь была в очень слабом виде…» Прибывший владыка Иона своей образованностью, духовной настроенностью, благотворительной и общественной деятельностью снискал всеобщую любовь паствы и соединил всех воедино. Святитель Иона, принимая прямое участие в жизни и воспитании детей, основал приют на станции Маньчжурия. Там же были созданы низшее и высшее начальные училища с бесплатным обучением, бесплатные столовая, амбулатория и библиотека для духовного просвещения местного населения. В качестве просветителя преосвященный Иона издавал листки духовно-нравственного содержания и читал курс лекций на Харбинских богословских курсах, давших хорошую академическую подготовку многим своим слушателям, часть из которых стала священниками. 13 сентября 1996 года Зарубежный синод определил святителя Иону считать угодником Божьим в лике святых, в земле Российской просиявших. В Акте о канонизации святителя Ионы Ханькоусского отмечалось: «Все 3-летнее служение епископа Ионы оказалось таким исполнением главной заповеди Христовой о милосердии, что для исполнения подобного, другому, хотя бы и доброму труженику, понадобились бы десятилетия. Размеры и силы этого служения запомнились в Маньчжурии, как православными, так и язычниками. Точно подводит итог деятельности святителя Преосвященный Мелетий, тогда еще епископ Забайкальский, писавший о святителе Ионе, что он, исполняя главную заповедь Христову: голодного накормил, жаждущего напоил, странствующего принял, убогого одел, больного посетил… Исполнение этой заповеди, подготовленной всежизненным подвигом, было содержанием всей жизни епископа Ионы — тем добрым делом, которого епископу заповедано желать… Теперь уже более 60 лет сознание церковное почитает святителя Иону как угодника Божья, стяжавшего благодать молиться за призывающих имя Его».

Хорошо налаженной в Харбине в 1930-е годы оказалась церковная издательская деятельность. Монастырской типографией Казанско-Богородицкой обители в харбинском районе под названием Новый Модягоу издавался популярный среди православного населения Харбина духовный журнал под названием «Хлеб небесный». У священника Николая Кикловича была даже собственная типография, в которой печатались духовные книги, брошюрки и листовки, а также журнал «Путь Христов». В дополнение к нему в типографии печатались приложения и отдельные познавательные материалы агиографического и исторического свойства, знакомящие как давно и сознательно пришедших к вере, так и новообращенных с догматикой православного вероучения, различными богословскими вопросами, жизнеописаниями православных святых: «Путь православного христианина в Царство Небесное», «Христианская жизнь по Добротолюбию», «Жития святых», «Детское чтение», «Церковный энциклопедический словарь», сборник «Рождественский благовест», сборник «Надежда», а также «Краткий очерк возникновения, устроения и жизни Обители». Широко переиздавались отрывки «Аскетических опытов» святителя Игнатия Брянчанинова, духовные работы Феофана Затворника и других величайших духовных подвижников России, интерес к мыслям и деяниям которых стал возрастать по мере того, как материалистическое сознание нового поколения харбинской молодежи, выработавшееся не без помощи советских «друзей и наставников» по совместной работе на железной дороге, пошатнулось после знакомства с глубокими и содержательными трудами, позволявшими читателям по-новому взглянуть на окружающий мир. Это вело, в свою очередь, к интересу к православной традиции и службам, посещению харбинских храмов, которые, к счастью, не могли закрыть или взорвать, как это повсеместно происходило в России.

Сама история храмостроительства в Харбине уходит своими корнями во времена возникновения первоначальной городской инфраструктуры на рубеже веков. Тогда, в ответ на многочисленные просьбы жителей Пристани, а также рабочих и служащих Главных механических мастерских КВЖД, «главный строитель» города князь С. Н. Хилков начал хлопотать перед начальством дороги об отводе участка для строительства храма. В результате его обращений и полученных благосклонных разрешений Правления дороги, в 1902 году в Харбине построен был деревянный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1918 году храм сгорел, и на его пепелище чудом сохранился образ Благовещения Пресвятой Богородицы. На месте сгоревшего храма при самом деятельном финансовом участии прихожан вскоре был отстроен новый. Так как возведенный храм был сравнительно небольшим и на престольные праздники не мог вмещать всех желающих, в конце 1920-х годов, на волне подъема православной жизни, после пережитого спада, по инициативе Высокопреосвященного митрополита Мелетия решено было строить новый просторный храм. Используя чертежи и проект инженера Бориса Мариановича Тустановского, эмигрировавшего в Харбин из Благовещенска в 1921 году, автора популярного впоследствии «Справочника по железобетону для инженеров и техников» и знаменитого проектировщика ряда железнодорожных станций на КВЖД, к строительству приступили лишь осенью 1930 года. Этот новый храм возводился долго и был завершен лишь к началу 1940 года. Еще один год был потрачен на внутреннюю отделку стен и купола. Их роспись произвели местные художники братья Василий Степанович и Николай Степанович Задорожные, выпускники 3-годичных городских курсов знаменитого харбинского иконописца Николая Александровича Вьюнова. Построенная церковь была освящена в 1941 году. Сам Благовещенский храм в Харбине на Пристани поражал своей грандиозностью и притягивающей взоры декоративностью, удивительной гармонией форм. По воспоминаниям его прихожан, внутреннее убранство храма, выполненное в небесно-голубых тонах, было великолепным. Залитое солнечными лучами, проникающими через узкие окна под куполом, огромное пространство храма вселяло всякому, кто находился внутри, светлое молитвенное настроение. Современники утверждали, что здание это можно было назвать красивейшим из созданных русскими людьми в Харбине и одним из лучших архитектурных украшений города. Первоначально храм находился в каноническом ведении Пекинской духовной миссии, однако в силу ряда политических обстоятельств в 1942 году был передан стараниями японской оккупационной администрации Харбинской епархии. К сожалению, грядущие политические события готовили ему печальную судьбу, как, впрочем, и прочим православным храмам Харбина. После отъезда последнего его настоятеля архимандрита Поликарпа при деятельном участии китайских властей был найден новый кандидат на вакантное место — молодой китаец, священник из Пекинской епархии отец Василий. Во время «культурной революции» несчастного казнили соплеменники-хунвейбины за отказ предать свои религиозные убеждения. Сам же храм вскоре был снесен воинствующими атеистами не без тайного одобрения местной партийной власти.

Времена китайской «культурной революции» заметно проредили ряды православных строений в городе, хотя уничтожить все православные храмы хунвейбинам оказалось не под силу. Ведь только за тринадцать лет большого духовного подъема, с 1918 по1931 год, невзирая на периодические упадки интереса населения к православной жизни, в городе были возведены многие новые храмы, и среди них Казанско-Богородицкой мужской монастырь в части города, именуемой Гондатьевкой. В самом начале 1930-х годов в Харбине началось строительство еще одного, весьма величественного храма — Софийского, подлинного украшения городской духовной архитектуры. Наступала эпоха энергичного строительства храмов. Так, в Корпусном городке построили Спасо-Преображенский храм; Свято-Петропавловский возник в Сунгарийском городке; при городской тюрьме был выстроен Свято-Николаевский храм; возникла Иоанно-Предтеченская церковь при Московских казармах; создано Камчатское подворье, возведена Богородицко-Владимирская женская обитель, основанная в 1924 году подвижницей игуменьей Руфиной. При этой обители существовал пещерный храм в память великомученика Димитрия Солунского, а кроме того построена Борисоглебская церковь в Цинхэ, Свято-Николаевская церковь в Частном Затоне, Иоанно-Богословская при приюте-училище «Русский дом», Пророко-Ильинская на Пристани, Покровская на Старом кладбище.

Строились храмы и на железнодорожной линии — Свято-Николаевский на станции Эхо, Спасо-Преображенский на станции Лаошагоу, Свято-Георгиевский на станции Хайлин, Свято-Троицкий на станции Шитоухэцзы и Свято-Владимирский на станции Яомынь. В 1922 году, по благословению архиепископа Харбинского Мефодия, архимандрит Ювеналий (последовательно епископ Синьцзянский и Ци-цикарский) стал у истоков основания мужского монастыря на Крестовом острове Харбина. Монастырь на острове не был возведен в силу того, что его главный куратор архимандрит Ювеналий в том же году уехал в Сербию. Во время его отъезда монастырь был перенесен в район Новый Модягоу. Вернувшись через два года в Харбин, архимандрит Ювеналий с благословения владыки вновь был назначен строителем Казанско-Богородицкой обители. Его трудами и был воздвигнут трехпрестольный храм в честь Казанской иконы Божьей Матери с приделами великомученика Пантелеймона и архистратига Михаила. Монастырь славился и своими подвижниками. Наиболее известные из них — схимонах Михаил и иеросхимонах Игнатий, принявшие от Бога дары прозорливости и непрестанной молитвы.