В конце февраля 1918 года Божко — старшина Запорожского казацкого полка армии УНР — участвовал в наступлении на Дубны и Полтаву, а в середине апреля вместе с Гордиенковским полком — в походе украинской армии на Крым, в штурме Симферополя и Бахчисарая. Однако славы и чинов в многочисленных походах он не сыскал, а потому был обижен и гетманской властью, которая смогла предложить ему лишь незначительный пост начальника охранной сотни железной дороги Екатеринослав–Синельниково.

В то же время Божко уверовал, что именно ему суждено стать гетманом Украины, «новым Хмельницким», возродить славу казачества. Он буквально носился с идеей возрождения Запорожской Сечи как независимой военно-территориальной структуры с верховной властью кошевого атамана. От директора Исторического музея Екатеринослава, известного историка и собирателя казацких древностей Дмитрия Яворницкого, он потребовал для создания новой Сечи прислать запорожские реликвии и старое казацкое Евангелие.

В ноябре 1918 года Ефим Божко собрал несколько десятков единомышленников, которые провозгласили его кошевым атаманом «Новой Запорожской Сечи» — самозванным правителем Запорожья (территории с неопределенными границами) и кошевым атаманом Запорожского казацкого войска. Тогда же Божко поднял восстание против гетмана Скоропадского на Екатеринославщине.

Вольница Божко обосновалась на острове Хортица на Днепре, где в XVI веке князь Байда-Вишневецкий построил первую Запорожскую Сечь. Хортица занимала выгодное стратегическое положение у Александровска, и Божко мог контролировать не только передвижения по Днепру, но и часть Александровского уезда. Захватив арсенал с оружием, принадлежавший охране железных дорог, Божко вооружил до двух тысяч повстанцев (среди них был и офицер гетманской армии князь П. Оболенский). Для Сечи Божко «находит» бесхозный арсенал: 11 пулеметов, 6 пушек и бронепоезд.

В декабре 1918 года Ефим Божко принял участие в боях петлюровцев против 8-го гетманского корпуса, а затем и против батьки Махно, который тогда стал главнокомандующим советской революционной армией Екатеринославского района. Божко «политически определился»: решил поддержать Директорию и Петлюру. 1 января 1919 года казаки Божко совместно с подразделениями атаманов Гулого-Гуленко и Самокиша выбили махновцев из Екатеринослава и восстановили в городе власть Директории. В том же январе Божко решил пробиваться на защиту осажденного советскими войсками Киева. На станции Знаменка эшелоны атамана были остановлены восставшим против Директории атаманом Вирко. Но Божко удалось прорваться к Кременчугу, где еще оставались верные Директории части Запорожского корпуса атамана Волоха.

Но Волох почему-то арестовал Божко — то ли усмотрев в нем конкурента в борьбе за власть, то ли посчитал «красным», то ли просто желая присоединить его отряд к своему корпусу. Однако Божко был предусмотрительным человеком и, зная норов Волоха, приказал своей артиллерии начать обстрел его штаба из всех 11 пушек в случае, если он — Божко — не вернется вовремя из штаба Волоха. После того как заговорила артиллерия, Божко был освобожден.

Вернувшись к своим казакам, атаман решил не выступать на фронт против красных, а уйти в спокойный район — в глубь Украины, в тыловой район Балты, где можно было создавать «запорожское общество». Он мотивировал бегство с фронта необходимостью пополнить свой отряд, закончить формирование «Сечи», но действительной причиной было его разочарование в политике Петлюры и в боеспособности его армии. Божко был взбешен известием об аресте полковника П. Болбочана, в котором он видел лидера военного украинского движения.

Существование «Сечи» в уездном местечке Балта в феврале–апреле 1919 года напоминало съемки фильма, действие которого происходило в XVII столетии. Быт «Сечи» воспроизводил эпоху Хмельнитчины: Божко писал приказы гусиным пером, казаки брили головы, отращивали оселедцы и длинные усы. Атаман ввел единую форму: высокая меховая шапка со шлыком, жупан со стоячим воротником и большими пуговицами, широкие шаровары и широкий пояс. В то же время Божко запретил в «Сечи» играть в карты, пьянствовать, грабить, ввел телесные наказания канчуками (плетками).

Генерал армии УНР Н. Капустянский в книге «Похід української армії на Київ–Одесу в 1919 р.» так описал Божко: «Интересная личность, типичный атаманчик высокой марки, к тому же не вполне нормальный, мечтал о гетманстве, естественно, что во главе с собой... За Божко носили булаву (он ее взял из музея имени Поля в Екатеринославе), и он совершил множество разных чудачеств... Его окружал целый отряд авантюристов».

Из Балты Божко стремился контролировать местечки Брацлавщины и Одесской губернии: Саврань, Кодыму, Ананьев, Бирзулу — обширный и отдаленный от крупных городских центров сельскохозяйственный район. Атаман в ту пору не признавал никакой власти и говорил, что «...стал атаманщиком первой категории, как Петлюра!» Создав «Балтскую Сечь» — независимую от Петлюры «республику», Божко вступил в затяжной конфликт с местным крестьянским «атаманом Савранских лесов» Заболотным. Последний во главе отряда в полторы тысячи повстанцев начал войну против Божко. Несколько дней длился штурм Балты, но «Сечи» удалось выстоять, хотя местное население было от этого не в восторге: крестьянам надоели реквизиции на содержание нового «Запорожья».

В апреле 1919 года Ефиму Божко пришлось столкнуться с более сильным противником — атаманом Херсонщины Григорьевым, который тогда, как мы уже говорили, был комбригом Красной армии. Григорьевцы выдавили казаков «Сечи» из Украины в Румынию. Перейдя Днестр, бойцы Божко сдались румынским властям, попросив дать им возможность перебраться в район Каменца-Подольского, где еще сопротивлялась армия Петлюры. Частям атамана удалось перейти из Бендер в Черновцы, а далее на Волынь в распоряжение Петлюры.

Петлюра, простив Божко бегство с фронта, назначил его командиром 2-й регулярной пехотной дивизии Запорожского корпуса. Эта дивизия была воссоздана из 500 казаков «Сечи». Она по численности недотягивала до полка, но Петлюра понимал, что для удовлетворения амбиций Божко его необходимо сделать генералом. Дивизия Божко в составе армии УНР принимала участие во взятии Проскурова и Жмеринки. Но вскоре атаман начал проявлять свою независимость, и Петлюра был вынужден заменить его новым комдивом. Божко, проигнорировав все вызовы в ставку Петлюры, отказался покинуть пост комдива и снова стал анархиствующим повстанческим вождем.