В итоге махновцы разогнали совет и вместо него создали повстанческий ревком, а большевики пожаловались в ЦК РКП(б), что махновцы занимаются в городе убийствами и грабежами. Вскоре в Александровске состоялся созванный на скорую руку крестьянский съезд, избравший новый исполком городского Совета рабочих и солдатских депутатов, в который вошли левые эсэры, составившие большинство, анархисты и шесть коммунистов.

26 января на станции Синельниково между Махно и большевиками было подписано соглашение о вхождении частей махновцев в 1-ю Заднепровскую дивизию Красной армии на правах отдельной бригады с автономным устройством. Махновская бригада должна была выступить на юго-восток против белогвардейцев, а «зубковский» участок передать для наступления другим частям Красной армии. Но атаман Зубков не хотел идти в Красную армию и стал организатором махновского движения на западной Мелитопольщине. Отряд Зубкова вернулся в родные села на отдых и переформирование.

Но отдыхать долго не пришлось... В Северной Таврии, от низовья Днепра до Мелитополя, вели наступление части экспедиционного корпуса генерала Тилло Крымско-Азовской Добровольческой армии. Белогвардейцы проводили в селах насильственную мобилизацию, реквизицию продуктов и лошадей, карательные акции против большевиков и повстанцев.

Против белых выступило крупное партизанское объединение «За власть Советов!», преобразованное в 5-й Заднепровский полк РККА 2-й бригады 1-й Заднепровской дивизии. Это соединение претендовало на контроль района, где дислоцировались повстанцы Зубкова. Между красными и «черными» повстанцами начался системный конфликт из-за раздела сфер влияния и трофеев. В феврале 1919 года Ивановский, Шатовский, Агайманский и Зубковский отряды объединились (900 бойцов, три пулемета, одно орудие) для отпора крупной части белых, состоявшей в большинстве из офицеров (700 штыков и сабель, 12 пулеметов). В селе Благодатное повстанцы разгромили белогвардейцев, но после этой победы партизанская «армия» распалась.

После этого Федор Зубков решает наступать на юг, параллельно с красными повстанцами — частями 2-й Заднепровской бригады, и первым занять свои «базовые села» — Петровку и Павловку. Атаману удалось захватить родной район и перевести повстанческий отряд на положение подразделения крестьянской самообороны. Зубков, только формально подчинявшийся штабу 3-й Заднепровской (махновской) бригады, фактически становился полноправным диктатором двух крупных сел, в которых сформировалась «зубковская республика» — самый западный анклав «Махновии».

В Петровке атаманские повстанцы показательно рубили саблями «богатеев» и сторонников белогвардейцев, провинившихся односельчан прилюдно пороли шомполами и налагали контрибуцию, брали заложников из среды зажиточных крестьян. Зубков заявил, что его отряды в Красную армию не вольются, в поход против белых не выступят, оружия не сложат и будут оборонять свободу «своего района».

Современники так описывали Федора Зубкова: «Лет двадцати шести, среднего роста, крепкий, красивый, с косматой головой и большими волосатыми кулаками». Особую симпатию атаман, как бывший артиллерист, выказывал к технике. Он часто передвигался в люльке мотоцикла, мечтал о создании собственной артиллерии.

После определенных успехов Зубков явно переоценил свои возможности, нарушив неписаные правила игры. В марте 1919 года он повел свой отряд в карательную экспедицию против соседнего села Черное, чтобы отомстить его жителям за прошлогоднее нападение. Часть жителей Черного была убита, часть разбежалась, скот был захвачен и забит на мясо.

Деятельность крестьянских отрядов самообороны в украинских селах не устраивала большевистскую власть, мешала проводить продразверстку, коллективизацию, разоружение и установить прямую диктатуру. Опасность крестьянских восстаний в тылу Красной армии усилилась после начала восстания атамана Зеленого. Неожиданно конфликт перерос в силовую форму. Зубков стал враждовать с соседним пробольшевистским отрядом самообороны села Михайловка, причем одно село выступило против другого. Отряд михайловцев развернулся в цепь и стал наступать на зубковцев. До боя, однако, дело не дошло. В. Чоп пишет, что еще накануне «зубковцы договорились между собой, что в случае подобного развития событий они не станут принимать боя в родном селе, а просто уйдут, на некоторое время перебравшись в другие районы Херсонщины... Зубковцы, не посвященные в планы повстанческого актива, никакого сопротивления михайловцам не оказали. Последние оценили такое поведение и забирали лишь найденное оружие, не проводя в селе репрессий».

Основной отряд Зубкова в конце мая 1919 года ушел в Херсонскую губернию, выдавая себя за кочевую артель хлеборобов. Через месяц атаман вернулся в родное село. К этому времени большевики огласили Махно вне закона, переформировали его части, а белогвардейские войска, воспользовавшись неразберихой, захватили Донбасс и Приазовье.

Части Добровольческой армии приближались к Петровке и Павловке, что подстегнуло атамана к быстрому восстановлению деятельности повстанческого отряда (в 400 штыков и сабель), штаба обороны и своей «республики». Петровка и Павловка, пользуясь развалом советской власти в Северной Таврии и паническим бегством Красной армии, снова стали полностью независимыми.

«Армия» Зубкова перехватила в степи отступающие красноармейские отряды и присоединила красноармейцев к воинству атамана, который объявил себя единственным защитником Таврических степей от «белой напасти». Вскоре в зубковскую «республику» влилась дюжина сел и несколько десятков хуторов в районе от Сиваша до Днепра. На западе и севере владения атамана ограничивались Днепром и селами Большая Ивановка, Зеленое, Большая и Малая Лепетиха, где еще стояли красные части, с юга «республику» прикрывал Сивашский залив. Атаман должен был оборонять только восточное направление — фронт против белых.

28 июня 1919 года группа генерала Виноградова (1800 бойцов) заняла Мелитополь, перерезав железную дорогу, и углубилась в Таврические степи, стремясь захватить Чонгарский мост. Зубков несколько раз атаковал белогвардейцев, но даже вобрав в свою «армию» отряды самообороны новых сел и отдельных красноармейцев, его 700–800 бойцов не могли тягаться с группой регулярных войск белых. Несмотря на то что атаман был объявлен большевиками вне закона, он сумел убедить П. Дыбенко — командира Крымской Красной армии — передать орудия и орудийные команды с уничтожаемых бронепоездов под свое начало. Зубков пообещал с помощью артиллерии на время задержать наступление белых и этим позволить Крымской армии выйти из окружения за Днепр.