Композиторские дела Густава также продвигались вполне успешно. В 1898 году Гвидо Адлер благодаря своему влиянию добился издания Богемским институтом по развитию искусства И науки Первой и Третьей симфоний Малера. Незадолго до этого, осенью 1897 года, Малер подписал контракт с венским издателем Йозефом Вайнбергером о публикации вокального цикла «Песни странствующего подмастерья». Его произведения начали активно публиковаться, что свидетельствовало о композиторской востребованности.

Вена быстро разносила сплетни о новом директоре — о его диктаторском характере и мелких театральных стычках. Одним из первых появился слух о конфронтации Малера с композитором Руджеро Леонкавалло.

На самом деле 19 февраля на репетиции венской премьеры «Богемы», состоявшейся на пять лет раньше прославленной одноименной оперы Джакомо Пуччини, итальянец настаивал на включении в состав исполнителей певца Эрнеста Ван Дейка. Густав считал, что он совершенно не вписывается в спектакль. Получив отказ директора, Леонкавалло пошел на открытый конфликт, а позднее прислал письмо с угрозой отозвать свою работу, если Ван Дейк не будет петь в его опере. Малер, ответственный за качество постановки, не сдавался, и тогда итальянец посвятил в подробности их противостояния прессу. Тем не менее премьера прошла без серьезных инцидентов и автор остался доволен результатом, на чем его разногласия с директором завершились. При этом авторитет самого Малера продолжал укрепляться.

Оркестр под его управлением, инстинктивно отвечая каждому импульсу, исходившему от дирижера, постепенно приходил к пониманию особенной малеровской манеры. Человеку со стороны уследить за движениями Густава представлялось весьма трудно. Он всегда подчеркивал мелодическую линию, а не метрику, из-за чего тем, кто не привык к его «почерку», казалось, будто мелодия начиналась с любой доли. Тем не менее стиль дирижирования Малера, судя по результатам, никогда не вызывал вопросов. Он добивался легкого, воздушного звука, все переходы осуществлялись живее и проще, благодаря чему происходил обманный эффект: сольное пение на фоне такого оркестрового тембра становилось широким и внушительным. В результате вагнеровские оперы впервые стали даваться без сокращений, причем их полный вариант был на полчаса короче, чем предыдущие, «урезанные» версии.

Первый сезон оказался весьма тяжелым для Густава: помимо организационной работы он был вынужден часто заменять других дирижеров, пытавшихся спихнуть с себя ответственность за спектакли под видом болезни. Как и следовало ожидать, и без того хилое здоровье Малера не выдержало. 5 июня композитор попросил отпуск, чтобы пройти вторую операцию по удалению геморроя в венской клинике «Rudolphinerhaus».

Лето он как обычно проводил с сестрами Юстиной и Эммой. Вскоре Эмма вышла замуж за Эдуарда Розе и уехала с ним в американский Бостон, а затем — в немецкий Веймар. Непристроенной оставалась лишь Юстина, но для Густава она являлась незаменимой в доме хозяйкой.

К новому оперному сезону 1898 года Малер готовил «Кольцо нибелунга» своего любимого Вагнера. Однако премьеру омрачило трагическое событие — 10 сентября в Женеве была убита итальянским анархистом императрица Елизавета Баварская, супруга Франца Иосифа. Из-за траура эта малеровская постановка увидела свет лишь в конце месяца.

С работой над «Кольцом» связано еще одно театральное нововведение Густава. Перед первым представлением «Валькирии» — второй оперы тетралогии — он потратил много времени на одной из утренних репетиций, чтобы объяснить литавристу особенности его партии в последнем акте. Вечером во время спектакля в нужный момент Малер уверенно дал необходимый сигнал вступления оркестранту, но вместо отрепетированного звукового залпа ухо дирижера услышало лишь слабое постукивание. Сердито посмотрев на виновника, Густав, к своему удивлению, обнаружил, что на месте литавриста сидит другой человек. После того как опустился финальный занавес, Малер потребовал объяснений и узнал, что практика уходить до завершения спектакля, особенно когда представление заканчивалось поздно, была привычной для музыкантов, живущих в пригороде. Малер тотчас послал телеграмму литавристу с требованием прибыть к нему рано утром и из разговора с ним узнал, что оркестранты испытывали немалые трудности от изнурительной работы на повседневных репетициях и выступлениях. Директор видел, что музыкант отчасти был прав. При этом Густаву донесли, что зачастую такие замены являлись следствием частых и внезапных подработок, приносивших оркестрантам неплохие деньги на стороне. Понимая, что строгая дисциплина — залог четкого функционирования всего учреждения, Малер категорически запретил посылать музыкантам вместо себя кого-либо на спектакли или репетиции. А в качестве компенсации за запрет «левых заработков» он добился небольшого увеличения их зарплат, чем те остались вполне довольны.

Хотя в процессе работы Малер и проявлял крайнюю строгость, доходящую до тирании, к сослуживцам он относился как к равным себе и не упускал возможности выразить свою признательность за их преданность искусству. В 1903 году во время срочной подготовки театром постановки «Луизы» Шарпантье кларнетист Франц Бартоломеи показал небывалый образец самопожертвования — будучи абсолютно незаменимым в оркестре, он работал на репетиции и премьере, хотя его ребенок был смертельно болен и вскоре умер. Малер случайно узнал об этой трагедии и тотчас отправил кларнетисту соболезнования со следующим текстом: «От всего сердца благодарю Вас за то, что Вы принесли нам такую большую жертву и приняли участие в репетиции, несмотря на Ваше огромное горе… Я никогда этого не забуду!»

При всей своей крайней требовательности Малер своим человеческим отношением заслужил особую признательность коллег. Оркестр Придворного театра, состоявший из превосходных музыкантов, к 40-м годам XIX века сформировал внутри себя небольшую автономию, известную как филармонический оркестр. По сей день этот коллектив считается одним из лучших оркестров мира, а желающим в него попасть, по установившимся правилам, необходимо проработать в оркестре Венской оперы минимум три года. Этот коллектив уникален тем, что его музыканты сами выбирают себе дирижера на ежегодном голосовании, участвуют в решении финансовых и прочих вопросов. Благодаря Гансу Рихтеру, на протяжении более чем двадцати лет работавшему с этим коллективом, ежегодная серия концертов этого оркестра в Европе к концу века стала истинной вершиной исполнительского мастерства. Престижность работы в коллективе означала мировое признание.

Двадцать третьего сентября произошло весьма важное событие: Рихтер заявил о своей отставке с поста директора Венской филармонии, мотивируя это решение состоянием здоровья. В тот же день оркестр, нуждавшийся в руководителе на текущий сезон, попросил Малера возложить на себя эти обязанности, и тот незамедлительно согласился. Днем позже совет Венской филармонии официально объявил Густава дирижером филармонических концертов на основании единодушного одобрения коллектива.

Хотя флегматичный и добродушный Рихтер считался любимцем музыкантов, а тиранический характер Малера не вызывал у них подобных настроений, в течение короткого времени всё поменялось: восхищенный трепет, который внушил Густав оркестрантам, компенсировал его недостатки. 6 ноября состоялся первый концерт, программу которого Малер составил весьма продуманно: помимо увертюры «Кориолан» Бетховена и Сороковой симфонии Моцарта была заявлена бетховенская Третья — сочинение, которым Рихтер прощался с венской публикой. Тем самым новый дирижер показал свою преемственность. Критик Теодор Хельм писал о том вечере, что при появлении Густава в зале стояла тревожная тишина, однако с каждым новым сочинением реакция аудитории менялась и от скупых аплодисментов дошла до полного восхищения. 4 декабря прозвучала поэма Антонина Дворжака «Героическая песня», а 26 февраля следующего года Малер впервые исполнил Шестую симфонию своего друга Брукнера. Реакция публики была традиционно восторженной.