Екатерина II, взойдя на престол, в первый же год своего царствования восстановила Тайную канцелярию под названием Тайной экспедиции. Императрица вникала в процесс ведения следствия, в ее указе Сенату от 15 января 1763 года велено склонять преступников к признанию "милосердием и увещанием", но разрешались и пытки: "Когда при следствии какого дела неминуемо дойдет до пытки, в таком случае поступать с крайней осторожностью и рассмотрением, и паче всего при том наблюдать, дабы иногда с виновными и невинные истязания напрасно претерпеть не могли".

При Екатерине II Тайной экспедицией руководил С.И.Шешковский, о котором А.С.Пушкин записал такой рассказ современника: "Потемкин, встречаясь с Шешковским, обыкновенно говаривал ему: "Что, Степан Иванович, каково кнутобойничаешь?" На что Шешковский отвечал всегда с низким поклоном: "Помаленьку, ваша светлость!"

Дом на Лубянской площади, в котором до этого находилось Рязанское подворье (рязанского архиепископа), в 1774 году по высочайшему повелению заняла комиссия, ведшая следствие "о изменнике Пугачеве", и затем дом был определен под помещение для Московской Тайной экспедиции.

В "Новом путеводителе по Москве", изданном в 1833 году, о нем говорится: "Старожилы московские еще запомнят железные ворота сей Тайной, обращенные к Лубянской площади; караул стоял во внутренности двора. Страшно было, говорят, ходить мимо".

О том же, что в действительности творилось за железными воротами, приходилось довольствоваться лишь слухами и догадками: с тех, кто там побывал и вышел оттуда, брали подписку, что он будет молчать о том, что видел и слышал, о чем его спрашивали и что с ним делали.

В 1792 году в Московскую Тайную экспедицию был взят Н.И.Новиков. Говоря о двуличности Екатерины II, "Тартюфа в юбке и в короне", А.С.Пушкин писал: "Екатерина любила просвещение, а Новиков, распространивший первые лучи его, перешел из рук Шешковского в темницу, где и находился до самой ее смерти".

Павел I повелел выпустить узников, заключенных Екатериной II в тюрьмы Тайной экспедиции. Современник рассказывал об освобождении арестантов из Московской Тайной экспедиции: "Когда их выводили во двор, они и на людей не были похожи: кто кричит, кто неистовствует, кто падает замертво... На дворе с них снимали цепи и развозили кого куда, больше в сумасшедший дом". Александр I в 1801 году, снова, как его дед, уничтожил Тайную экспедицию. Дом на Лубянке перешел к городу, в нем помещались затем разные учреждения.

С годами о застенке на Лубянской площади стали забывать. Неожиданно он напомнил о себе сто лет спустя. В.А.Гиляровский в очерке "Лубянка" рассказывает: "В начале этого столетия возвращаюсь я по Мясницкой с Курского вокзала домой из продолжительной поездки - и вдруг вижу: дома нет, лишь груда камня и мусора. Работают каменщики, разрушают фундамент. Я соскочил с извозчика и прямо к ним. Оказывается - новый дом строить хотят.

– Теперь подземную тюрьму начали ломать, - пояснил мне десятник.

– А я ее видел, - говорю.

– Нет, вы видели подвальную, ее мы уже сломали, а под ней еще была, самая страшная: в одном ее отделении картошка и дрова лежали, а другая половина была наглухо замурована... Мы и сами не знали, что там помещение есть. Пролом сделали и наткнулись мы на дубовую, железом кованную дверь. Насилу сломали, а за дверью - скелет человеческий... Как сорвали дверь как загремит, как цепи звякнули... Кости похоронили. Полиция приходила, а пристав и цепи унес куда-то.

Мы пролезли в пролом, спустились на четыре ступеньки вниз, на каменный пол; здесь подземный мрак еще боролся со светом из проломанного потолка в другом конце подземелья. Дышалось тяжело... Проводник мой вынул из кармана огарок свечи и зажег... Своды... кольца... крючья...

Дальше было светлее, свечку погасили.

– А вот здесь скелет на цепях был.

Обитая ржавым железом, почерневшая дубовая дверь, вся в плесени, с окошечком, а за ней низенький каменный мешок... При дальнейшем осмотре в стенах оказались еще какие-то ниши, тоже, должно быть, каменные мешки".

На месте бывшей Тайной экспедиции было построено здание для Духовной консистории - синодской канцелярии.

После пожара 1812 года к Лубянской площади были присоединены "три обывательских владения, - как сказано в решении Комиссии для строений в Москве, ведавшей восстановлением города, - без строений ныне остающиеся" видимо, выморочные участки; были снесены петровские укрепления, засыпан ров, стены и башни Китай-города приведены "в их вид, соответствующий древности", другие же участки по периметру образовавшейся площади проданы частным лицам под застройку.