В середине 1840-х годов, вершины успехов имама Шамиля, драгунам под его командованием довелось участвовать в целом ряде трудных боёв. Они ещё больше прославили решительного и бесстрашного Круковского. Это были бои в Гойтинских и Гехинских лесах, на реке Мартана.

Окончательно стать казаком Феликсу Антоновичу пришлось в 1848 году. В тот год он производится в генерал-майорский чин и назначается наказным атаманом Кавказского линейного казачьего войска, с которым за девять лет войны на Кавказе Круковский сроднился и на поле брани, и в быту.

В те годы Кавказская война по-настоящему бушевала, вызывая огромный накал страстей с обеих сторон. В 1849–1851 года генерал-майор Круковский в качестве начальника конного отряда участвует в боях с «немирными» горцами за Кубанью, на реке Белой и в Чечне (на правом фланге Кавказской укреплённой линии) в экспедициях под общим командованием генералов Завадского и Нестерова.

Казаки-линейцы могли гордиться не только умелым командованием своего наказного атамана, но и его бесстрашием и отвагой. Примером личной храбрости казачьего генерала может служить то, что он объезжал в условиях войны сторожевые пикеты без всякого конвоя, в сопровождении только одного казака-проводника.

Наказной атаман Кавказского линейного казачьего войска Ф. А. Круковский погиб вместе со своим конвоем 18 января 1852 года в бою в чеченском ауле Шаухал. Случилось это в ходе военной экспедиции князя А. В. Барятинского к верховьям реки Гойты.

В тот день авангардная колонна под командованием генерал-майора Круковского подошла к лесным хуторам близ аула Дуба и укрепления Урус-Мартан. Казаки были посланы вперёд. Выбив стрелков-чеченцев, засевших за завалами, атакующие казаки-линейцы ворвались в аул, который уже никто не защищал, и рассыпались по нему.

Опасаясь, что они могут быть разбиты поодиночке или небольшими группами, Круковский в сопровождении конвоя из двадцати казаков-линейцев и майора Полозова, поскакал к только что взятому аулу, в котором ещё не утихла ружейная пальба. Он остановился на площади у мечети, приказав трубачу играть сигнал сбора.

В это время из мечети грянул ружейный залп. Приметный по форме генерал был смертельно ранен несколькими пулями. Конвой пришёл в замешательство. Почти сразу же из близкого оврага выскочили в большом числе горцы, которые ударили в шашки, окружив конвойных казаков. Ординарец Круковского казак Толчанинов попытался было вынести командира с поля боя. Но Круковский только и успел сказать ординарцу:

— Брось меня и спасайся сам.

Толчанинов, однако, не оставил Круковского в беде и в рукопашной схватке был изрублен вместе с генералом. Погиб и почти весь конвой: казаки, встав в круг перед мечетью, дорого продавали свои жизни.

На шум боя в аул прискакали нижегородские драгуны. Там они нашли тело своего командира, раздетого донага и всего изрубленного. Погиб и конвой: лишь несколько смертельно раненных казаков смогли рассказать о случившемся.

Впоследствии царскому наместнику на Кавказе князю А. В. Барятинскому удалось за большие деньги выкупить у имама Шамиля Георгиевский крест и орден Святого Станислава 1-й степени, принадлежавшие генералу и бывшие на его черкеске в день гибели. Шашку же и кинжал Круковского Шамиль не согласился уступить ни за какие деньги.

Генерал-майора и георгиевского кавалера Ф. А. Круковского похоронили со всеми воинскими почестями в станице Екатериноградской. На его могиле был поставлен скромный, но приметный памятник: большой чугунный крест на пьедестале из белого камня, обтёсанного в виде пирамиды. До наших дней этот памятник, естественно, не сохранился.

Кавказский наместник, будущий генерал-фельдмаршал и победитель имама Шамиля светлейший князь Воронцов писал в Санкт-Петербург военному министру по поводу гибели атамана линейного казачества Кубани и Терека следующие слова:

«Если бы выбрать из войска тысячу лучших людей и у каждого из этих людей взять его лучшие достоинства и качества, то и тогда сумма их не перевесила бы тех качеств, которыми обладал покойный атаман, совершенно незаменимый для нашего кавказского казачества…»

…Император Николай II счёл необходимым отметить 50-летие гибели в бою генерал-майора Феликса Антоновича Круковского. В 1902 году его имя, как вечного полкового шефа, было присвоено 1-му Горско-Моздокскому полку Терского казачьего войска.

Этот казачий полк являлся гордостью терского казачества. Он имел Георгиевское знамя с надписью «За военные подвиги против непокорных горцев», восемь Георгиевских серебряных труб «За отличие в Турецкую войну 1877 и 1878 годов». Знаки отличия за Крымскую (или Восточную) войну носили на головных уборах — папахах казаков первой сотни полка.