Тогда целью русских войск стала сильная в фортификационном отношении крепость Карс, находившаяся на пересечении важных путей в кавказском приграничье Российской империи. Под личным командованием Якова Петровича корпусная кавалерия перекрывает не только дороги, но и тропы, по которым осаждённый султанский гарнизон получал и продовольствие, и подкрепления, и связь со Стамбулом. Такое «стеснение» повлияло на осаждённых в Карсе турок самым деморализующим образом.

За участие в осаде и штурме Карской крепости, в полном успехе её взятия Бакланов в 1856 году награждается орденом Святой Анны высшей, 1-й степени…

После Крымской войны он возвращается из Закавказья на Кавказскую укреплённую линию. По императорскому повелению Александра II Яков Петрович в феврале 1857 года был назначен походным атаманом Донских казачьих полков, находившихся в «поочерёдных командировках» на Кавказе. В этой должности он состоял до 1860 года.

2 апреля 1860 года за «кавказские труды» Бакланов производится в генерал-лейтенанты. После этого он оставляет Кавказ и не участвует в завершении Кавказской войны. С 1861 по 1863 год он является начальником (генералом) Второго округа Войска Донского.

…Во время очередного «возмущения» в Польше, с июня 1863 года по 1867 год генерал-лейтенант Бакланов находился в «служебной командировке» в городе Вильно (ныне Вильнюс, Литва). Во время Польского восстания он начальствовал над Донскими казачьими войсками в Виленском военном округе, быстро сломив здесь сопротивление «мятежной шляхты».

В этой должности и ситуации Бакланов показал себя суровым, но справедливым начальником. Невзирая на строгие предписания, он не конфисковывал имения польских повстанцев, старался учредить опеку над малолетними детьми убитых в боях или высланных из России конфедератов, чтобы сохранить за ними имущество. На докладе командующему Виленским военным округом Яков Петрович заявил:

«Вы можете меня и под суд отдать, и без прошения уволить, но я скажу одно: отделом я управлял от вашего имени, которое всегда чтил и уважал, целью моею было так поступать, чтобы на имя это не легло никакого пятна, и совесть мне говорит, что я добился успеха…

Я моему Государю, России и вам, моему прямому начальнику, был и буду верен, но в помыслах моих было ослабить слухи о русской свирепости».

За «командировку» в Царство Польское казачий военачальник был награждён орденом Святого Владимира 2-й степени с мечами.

После Вильно генерал-лейтенант Я. П. Бакланов до самой своей смерти 18 октября 1873 года «состоял при войске налицо». Умер он в Санкт-Петербурге, где и был похоронен.

В военной биографии Бакланова поражает, что, участвуя во многих кровавых переделках, он был ранен только дважды: в 1848 году пулей в ключицу левого плеча, и в 1850 году опять же пулей в бедро правой ноги.

О безмерной храбрости и лихости Бакланова ходили легенды. Он лично водил казачьи полки и сотни в атаки, участвовал в засадах и перестрелках, приступах, строительстве укреплений, мостов и дорог. Обладая огромной физической силой, неизменно выходил победителем из рукопашных схваток, в которых ему также доводилось бывать часто.

Яков Бакланов был одним из самых популярных героев эпохи Кавказских войн. Получив под командование полк донцов, бывший в крайне плохом состоянии, он своей энергией быстро привёл его в образцовое состояние, а от робкой линейной обороны своих предшественников перешёл к самым решительным наступательным действиям «за линией». И уже вскоре сделался грозой «немирных» горцев, считавших «Баклю» сродни самому дьяволу и звавших его «Даджал», то есть сатана.

Зная об этом, Бакланов всячески поддерживал противников в убеждении, что ему помогает нечистая сила. Когда в марте 1850 года он был ранен и горцы, узнав об этом, решили сделать набег большим отрядом, генерал, превозмогая боль, ночью лично повёл казаков на врагов, которые, увидев перед собой «Даджала», разбежались в страхе перед его неуязвимостью.

В другой раз во время внезапного нападения мюридов имама Шамиля на стан русских войск, Бакланов, не успевший одеться, появился перед казачьим полком в одной бурке, накинутой на голое тело, и с шашкой в руке, чем и навёл на нападавших горцев панику.

Наконец, во время рубки просеки через Качкалыковский хребет, Бакланов, знавший, что знаменитый горский стрелок Джанем обещал Шамилю убить его, когда он станет на обычное место на холме, всё-таки в обычное время поднялся на высоту. И, когда дважды промахнувшийся Джанем выглянул из-за скалы, пулей из штуцера сразил его наповал, чем вызвал восторг даже среди горцев, наблюдавшим за этим огневым поединком.

Многими своими подобными поступками в боевых ситуациях Бакланов сделал своё имя грозным по всему Кавказу, чему история знает много примеров и подтверждений…

Один из признанных историков Кавказских войн с турками, персами, горцами и местными мятежниками, В. А. Потто в биографическом очерке о легендарном казачьем предводителе писал так:

«Кто не знает, с каким чувством вспоминается имя знаменитого кавказского героя на Дону, где даже дети в играх своих стараются во многом и теперь подражать Бакланову!