И все это было найдено уральскими археологами под Екатеринбургом недалеко от основного места захоронения семьи последнего российского императора. Теоретически двух мнений быть не могло: перед исследователями находились останки членов императорской семьи Романовых царевича Алексея и его сестры княжны Марии, сокрытые большевиками в 1918 году. На останках детей Николая II были обнаружены следы от пуль и разрубания. Все это полностью соответствовало воспоминаниям Юровского и других членов расстрельной команды. Тем не менее, не всех устроили даже подобные доказательства…

24 августа 2007 года Генеральная прокуратура России возобновила расследование по уголовному делу о расстреле царской семьи в связи с обнаружением под Екатеринбургом останков царевича Алексея и великой княжны Марии Романовых.

Как вспоминают участники экспедиции, второпях не захватив с собой бумаги, они принялись писать отчет на оборотной стороне одной из ксерокопий, выполненных с подлинных документов о расстреле и захоронении Романовых. На лицевой стороне оказались слова комиссара Войкова: «Мир никогда не узнает, что мы с ними сделали…»

Можно сказать, что последнюю точку в споре, кто из сестер найден в захоронении на Поросенковом логу, поставила реконструкция черепов из основного захоронения, выполненная по методу профессора Герасимова.

Антропологическая экспертиза подтвердила, что найденные останки принадлежат подростку 12–14 лет и девушке 17–19, баллистическая – идентичность пуль, найденных здесь же, с пулями из основного захоронения, товароведческая – идентичность осколков сосудов с серной кислотой, использовавшейся в двух местах. Стоматологическая экспертиза – наличие серебряных пломб, идентичных тем, что были найдены в основном захоронении.

Генетическая экспертиза выполнялась в 2008 году трижды – в институте им. Вавилова (Москва), Инсбруке (Австрия) и в лаборатории Пентагона (США). Все подтвердили, что найденные тела принадлежат детям Николая II и Александры Федоровны. Кровь для сличения вновь брали у принца Филиппа, супруга английской королевы Елизаветы II.

В июле 2008 года эту информацию официально подтвердил Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации, заявив, что экспертиза останков, найденных в 2007 году на старой Коптяковской дороге, установила: обнаруженные останки, безусловно, принадлежат великой княгине Марии и цесаревичу Алексею, являвшимися наследниками императора.

В 1990—2000-е годы перед различными инстанциями ставился вопрос о юридической реабилитации Романовых. В сентябре 2007 года Генеральная прокуратура Российской Федерации отказалась касаться данной темы, так как не обнаружила по факту расстрела Романовых «обвинений и соответствующих решений судебных и несудебных органов, наделявшихся судебными функциями». Расстрел семьи императора, по их мнению, был «умышленным убийством, пускай и имеющим политическую окраску, совершенным лицами, не наделенными соответствующими судебными и административными полномочиями».

В то же время адвокат семьи Романовых отмечал, что «как известно, большевики передали всю власть советам, в том числе и судебную власть, поэтому решение Уральского областного совета приравнивается к судебному решению».

Верховный Суд Российской Федерации 8 ноября 2007 года признал решение прокуратуры законным, считая, что расстрел должен рассматриваться исключительно в рамках уголовного дела. К материалам, предоставленным стороной реабилитируемых в органы Прокуратуры РФ, было приобщено решение Уральского областного совета от 17 июля 1918 года о проведении казни. Данный документ был представлен адвокатами Романовых как аргумент, подтверждающий политический характер убийства, что было отмечено и представителями прокуратуры, однако согласно российскому законодательству о реабилитации для установления факта репрессий требуется решение органов, наделенных судебными функциями, каковым Уральский областной совет не являлся.

Поскольку дело было рассмотрено судом высшей инстанции, представители дома Романовых имели намерения оспорить решение российского суда в Европейском суде. Однако 1 октября 2008 года Президиум Верховного Суда РФ признал Николая и его семью жертвами политических репрессий и посмертно реабилитировал их.

Для чего необходимо было реабилитировать семью расстрелянного императора? В первую очередь для того, чтобы показать Европе и всему миру, что Россия – цивилизованное государство, полностью отказавшееся от своего советского прошлого.

Согласно заявлению судей, Президиум Верховного Суда Российской Федерации постановил признать необоснованными репрессии и реабилитировать Романова Николая Александровича, Романову Александру Федоровну, Романову Ольгу Николаевну, Романову Татьяну Николаевну, Романову Марию Николаевну, Романову Анастасию Николаевну и Романова Алексея Николаевича.

В соответствии с процессуальными нормами российского законодательства, решение Президиума Верховного Суда Российской Федерации окончательно и пересмотру (обжалованию) не подлежит. 15 января 2009 года дело об убийстве царской семьи было закрыто.