Вступив в должность министра внутренних дел, Берия 4 апреля издает приказ о запрещении пыток и фальсификации дел по политическим обвинениям. Именно Берия опубликовал сообщение МВД о фальсификации «дела врачей». Тогда же членов и кандидатов в члены ЦК начинают знакомить с документами, в которых содержались свидетельства о роли Сталина в репрессиях. Считается, что инициатива этого принадлежала Берии. Судя по воспоминаниям генерала Судоплатова, 2 апреля на пленуме ЦК партии Берия обнародовал факты, подтверждающие, что «дело врачей» было сфабриковано Сталиным и Игнатьевым. Материалы этого пленума содержали многие из тех сенсационных обвинений, которые изложил Хрущев в докладе о культе личности Сталина на XX съезде КПСС.

Многое из того, что предлагал Берия, шло вразрез со сложившейся практикой и привычными политико-идеологическими стереотипами. Он предложил забрать тюрьмы и лагеря у Министерства внутренних дел и передать их в ведение Министерства юстиции, провести широкую амнистию политзаключенных, выступил за примирение с Тито и за объединение Германии.

Прозорливый политик, Берия отчетливо видел, насколько взрывоопасна проводимая Москвой национальная политика русификации и подавления прав национальных меньшинств.

Весной 1953 года Берия обратился в Президиум ЦК с тремя записками по национальному вопросу — «Вопросы Литовской ССР», «Вопросы Западных областей Украинской ССР» и «Вопросы Белорусской ССР». В них он предлагал отказаться от насильственной русификации и способствовать выдвижению на руководящие посты национальных кадров. Причем, действовал он в рамках своих полномочий, и предложения его касались прежде всего смены руководящего состава органов внутренних дел и госбезопасности.

По докладу Берии ЦК КПСС 26 марта принимает постановление, содержащее острую критику национальной политики ЦК Компартии Украины. В начале июня возглавлявший парторганизацию Украины Л. Мельников был заменен А. Кириченко. Пленум ЦК компартии Украины отметил, что Мельников и другие руководители компартии Украины «исказили ленинско-сталинскую политику в национальном вопросе; это выразилось в выдвижении на руководящие должности в партийных и советских органах на территории Западной Украины выходцев из других регионов и областей Украинской ССР, а также в преподавании в высших учебных заведениях Западной Украины на русском языке». Этот поворот в политике московского партийного руководства был с воодушевлением встречен на местах.

По инициативе Берии 12 июня 1953 года Президиум ЦК КПСС принимает постановление с требованием «покончить с извращениями советской национальной политики в республиках». Предлагалось выдвигать на руководящую работу людей местных национальностей, освобождающихся номенклатурных работников, не знающих местного языка, отозвать в распоряжение ЦК КПСС. Отныне делопроизводство в национальных республиках необходимо было вести на местном языке. Тогда же приступили к ликвидации в республиках института вторых секретарей, созданного при Сталине. Однако 26 июня Берия был арестован; и в национальной политике особых изменений так и не произошло.

Берия также выступил с серьезными предложениями по вопросу о Германии. Он заявил о необходимости отказа от построения социализма в Восточной Германии. Однако против этого сразу же выступил Молотов. Обратимся к мемуарам Хрущева.

«Берия и Маленков внесли предложения отменить принятое при Сталине решение о строительстве социализма в Германской Демократической Республике. Они зачитали соответствующий документ, но не дали его нам в руки, хотя у Берии имелся письменный текст. Он и зачитал его от себя и от имени Маленкова. Первым взял слово Молотов. Он решительно выступил против такого предложения и хорошо аргументировал свои возражения. Я радовался, что Молотов выступает так смело и обоснованно, он говорил, что мы не можем пойти на это, что тут будет сдача позиций, что отказаться от построения социализма в ГДР — значит дезориентировать партийные силы Восточной, да и не только Восточной Германии, утратить перспективу, что это капитуляция перед американцами». Молотова поддержали Хрущев, Булганин и другие члены Президиума. Тогда Берия и Маленков отозвали свое предложение.

Молотов, выступая на июльском пленуме ЦК 1953 года, так объяснил, что происходило на заседании Президиума Совмина:

«При обсуждении германского вопроса в Президиуме Совета Министров вскрылось, однако, что Берия стоит на совершенно чуждых нашей партии позициях. Он заговорил тогда о том, что нечего заниматься строительством в Восточной Германии, что достаточно и того, чтобы Западная и Восточная Германии объединились, как буржуазное миролюбивое государство. Берия предлагал отказаться в настоящее время от курса на строительство социализма в ГДР. Этого мы, конечно, не могли принять. Мы почувствовали, что в лице Берии мы имеем человека, который не имеет ничего общего с нашей партией, что это человек буржуазного лагеря, что это — враг Советского Союза».

Теперь все ставили в вину Берии. Но в таком случае неясно, почему же 2 июня Совмин СССР принял постановление «О мерах, направленных на улучшение политической ситуации в ГДР», где содержались следующие бериевские рекомендации вождям Восточной Германии:

— отказаться от политики ускоренного построения социализма;

— стремиться к созданию единой, демократической, миролюбивой и независимой Германии;

— отказаться от насильственного объединения крестьян в коллективные хозяйства, что вызывает волну массовых недовольств на селе;

— отказаться от преждевременной политики ликвидации частного капитала и способствовать его развитию;

— принять меры, обеспечивающие уважение прав человека, положить конец несправедливому и преступному обращению с гражданами, пересмотреть дела лиц, находящихся в заключении.

А когда в Москву прибыли Вальтер Ульбрихт и двое его соратников со своим планом разрешения проблем, с которыми сталкивалась ГДР, то советское руководство отвергло его и предложило «документ Берии». Именно так называли его немцы при рассмотрении на Политбюро ЦК СЕПГ в Берлине 5–6 июня 1953 года.