Близкая Илье Ильичу семья Ковалевских оказалась вовлеченной в события, происходившие в Париже. Сестра знаменитого русского математика Софьи Васильевны Ковалевской Анна Корвин-Круковская и ее муж Виктор Жаклар стали видными членами Коммуны. Владимир Онуфриевич Ковалевский и его жена, Софья Васильевна, а также Александр Онуфриевич Ковалевский с волнением следили за судьбой близких им людей. Вместе с ними и Илья Ильич Мечников близко к сердцу принимал борьбу коммунаров.

К началу учебного года Надежда Васильевна приехала на Мадейру сменить Мечникова у постели больной, а он вернулся в Одессу – работать. Но попал, как говорится, с корабля на бал. В Одессе шли свои университетские бои.

Не успел Иван Михайлович Сеченов приступить к чтению лекций, как разыгрались события, вовлекшие его в борьбу с реакционной частью профессуры. В университете открылась вакансия по кафедре химии. Факультет избрал на это место известного химика Вериго, но совет университета не утвердил эту кандидатуру на основании того, что Вериго был поляком.

Друг Мечникова, профессор Ценковский, стал протестовать, его поддержал Сеченов, не остались безучастными к этому делу и студенты. В совет было подано заявление Ценковского с просьбой об отставке. По городу ходили слухи, что то же самое собираются сделать Сеченов и Мечников. Это было бы большим ударом для университета.

Ценковский покинул университет, и Сеченову одному пришлось на своих плечах вынести серьезное столкновение с реакционной группировкой университетской профессуры. Сеченов Иван Михайлович писал письма в Петербург и получил для Вериго рекомендации от Менделеева, Бутлерова и других выдающихся химиков. С огромным трудом ему все-таки удается добиться утверждения на кафедре Вериго.

Тем временем назрел новый, еще более серьезный конфликт. На лекции профессора истории славянского законодательства Богишича произошел инцидент. На одной из скамеек в аудитории сидел некий студент по фамилии Бэр. Сидел он, облокотившись на парту, положив голову на руки. Профессор, известный своей грубостью, не преминул грозно прикрикнуть: «Вы что, в кабаке? Если не умеете себя вести прилично, то можете идти вон!»

Студент поднялся со скамьи и попытался извиниться, но Богишич не дал ему сказать ни слова, прервав криком: «Вон!», и, разъярившись, начал топать ногами. Студенты перестали ходить на лекции Богишича и потребовали от него извинения. Начальство, желая уладить дело миром, посоветовало профессору переговорить со студентами, было объявлено, что такого-то числа после лекции Богишич даст объяснения. На лекцию пришел почти весь университет, но Богишич не явился. Студенты потребовали его удаления из университета.

«За это-то великое преступление, – писал Иван Михайлович Сеченов, – закрыли университет на все время суда над бунтовщиками, что продолжалось три недели».

Все эти большие и малые события, разыгравшиеся в далекой Одессе, становились известными на Мадейре из писем Сеченова и очень волновали Илью Ильича.

«Зачинщиков» студенческих беспорядков – студентов Желябова и Белкина – исключили из университета и выслали по месту рождения. Андрей Иванович Желябов, как известно, стал впоследствии одним из вождей революционной организации «Народная воля».

Вернувшись в Россию, Мечников быстро включился в университетские дела и снова возобновил борьбу за привлечение в университет лучших русских естествоиспытателей. Он стал настойчиво звать в Одессу Александра Онуфриевича Ковалевского. В письме к нему Илья Ильич писал: «С «гражданской» точки зрения Ваше присутствие здесь будет иметь большое значение: мы здесь можем что-нибудь делать только в том случае, когда «нас» будет несколько человек; чем больше, тем лучше. Будучи же в Киеве совершенно уединенным, Вы не в состоянии ничего поделать в совете. Если бы Вы были здесь, то вся наша компания уже могла изобразить собой силу… Приезжайте же, милый Александр Онуфриевич, и отведем вместе душу».

Мечников снова много общается с Сеченовым. Иван Михайлович в своих воспоминаниях обращал внимание на высокую талантливость и сердечность своего молодого друга: «Насколько он серьезен и продуктивен в науке – уже тогда он произвел в зоологии очень много и имел в ней большое имя, – настолько же жив, замечателен и разнообразен в дружеском обществе… Сердце у него стояло в отношении близких на уровне его талантов. Без всяких средств, с одним профессорским жалованьем, он отвез свою первую жену на остров Мадейру, думая спасти ее, а сам в это время отказывал себе во многом и ни разу не говорил об этом ни слова».

22 апреля 1873 года Илья Мечников похоронил жену. Он был на грани полнейшего душевного расстройства, уничтожил свои бумаги – ценнейшие труды и документы. Мечникова охватила глубокая депрессия.

Сеченов писал ему в эти дни: «Ради самого Создателя, берегите себя, милый, дорогой Илья Ильич. Поверьте слову, что от Вашей деятельности в университете будет зависеть уже не процветание здешнего естественного факультета, а спасение его: теперешние руководители так и тянут университет в сторону уездного училища, а я, по сущности своей природы, сделать против этого ничего не могу, тогда как у Вас в руках есть страшное средство обуздывать гадин – насмешка. Умоляю Вас еще раз быть благоразумным и беречь себя».