Надо отметить, что Мечников был первым, кого Луи Пастер пригласил работать в только что созданный им институт. Он предоставил русскому коллеге лабораторию, в которой тот принялся за продолжение исследований по фагоцитарной теории. Э. Ру, друг и соратник И. И. Мечникова, в своем письме по случаю 70-летнего юбилея Ильи Ильича писал: «Естественным было для Вас направить свои шаги к лаборатории Пастера, и не менее понятно то, что Пастер встретил Вас с распростертыми объятиями, ведь Вы приносили ему не более и не менее как доктрину иммунитета».

В начале жизни в Париже Мечниковы не порывали связей с Россией. Они каждое лето проводили в своем имении Поповке, Илья Ильич ездил в Петербург, Киев, Одессу. Но постепенно жизнь в Париже входила в свое русло, и такие поездки стали редкими. Теперь уже лето Мечниковы проводили в Севре, под Парижем, где приобрели дачу. Сюда же они окончательно переехали в 1903 году. Илье Ильичу исполнилось тогда пятьдесят семь лет. Чем старше он становился, тем более жизнеутверждающим и радостным становилось его мироощущение. «Чтобы понять смысл жизни, – говорил ученый, – надо прожить долго; иначе находишься в положении слепорожденного, которому говорят о красоте красок».

Мечников плодотворно работал в Париже, в то время, как его коллеги в России были в значительно худшем положении. Из письма профессора Н. В. Сорокина было видно, что условия работы ученых на родине мало изменились: «Вы, я думаю, очень удивитесь, получивши от меня письмо, глубокоуважаемый Илья Ильич, но что делать! Без нужды я не решился бы беспокоить Вас своей просьбой… В прошлом году исполнилось тридцать лет моей профессорской деятельности… Недавно, в феврале месяце, по случаю студенческих беспорядков, г. попечитель взъелся на меня за сочувствие к молодежи… И вот начались всевозможные мелочные придирки, которые в конце концов довели меня до того, что я собираюсь выйти в отставку. Зная из газет, что у Вас в Париже устроился русский университет и что в нем собраны лучшие силы России из числа людей, ищущих научной истины, я бы считал себя счастливым, если бы и мне можно было примкнуть к обществу русских лекторов. Знаю, что отрываю Вас от дела. Стало быть, невыносимо приходится, если решаюсь обращаться к Вам».

Русский университет в Париже был организован в начале XX века группой ученых, по тем или иным причинам покинувших царскую Россию. Университет в изгнании находился под специальным наблюдением особого отдела департамента полиции Российской империи. Тайный полицейский агент донес весной 1901 года своему начальству в Петербург, что ряд «бывших профессоров русских университетов, не ограничиваясь своей антиправительственной деятельностью в России, решили организовать в Париже при посредстве Мечникова «Свободный русский университет», имеющий целью развивать учащуюся молодежь в политическом смысле».

В другом донесении отмечалось, что выдающиеся русские эмигранты придают серьезное значение деятельности группы профессоров – организаторов университета. Одними из главных организаторов «Высшей русской школы общественных наук» в Париже были Илья Ильич Мечников и Максим Ковалевский. Последний в 1887 году был уволен из Московского университета за «отрицательное отношение к русскому государственному строю».

В делах охранки имелась характеристика и второго организатора университета – Мечникова: «Мечников Илья Ильич, бывший профессор Новороссийского университета. В 1882 году демонстративно, в числе других, вышел из состава профессоров названного университета. Выехав затем за границу, он вошел там в сношения с эмигрантами».

В личном деле Ильи Ильича, заведенном в департаменте полиции, есть сведения об одном из эмигрантов, с которым опальный профессор имел связи. В справке значится: «Эмигрант Лазарев сносился с бывшим профессором Мечниковым, которого успел склонить, по предварительному соглашению с лондонскими революционерами, устроить в Париже отделение Лондонского революционного фонда для снабжения денежными средствами эмигрантов, имеющих намерение отправиться в Россию»

В Париже за Мечниковым было установлено негласное наблюдение. Когда же Илья Ильич выезжал в Россию, за ним неотлучно по пятам следовал филер. Мечников приехал в Киев, он, естественно, побывал у своих друзей – профессоров Киевского университета. Немедленно летит шифрованная телеграмма в Петербург о том, с кем встречался Илья Ильич. «Имею честь сообщить вашему превосходительству, что в Киеве был непродолжительное время бывший профессор Илья Ильич Мечников, который отношениями своими более соприкасался с профессорами университета – медиками Подвысоцким и Морозовым, которые представляют людей либерального направления…» Далее следует справка, где жил Мечников, куда и когда уехал. В донесении отмечается, что «учащаяся молодежь и большое число студентов провожали Мечникова», указываются некоторые фамилии.

Илья Ильич прибыл в Петербург. Не успел он выйти из вагона, как за ним увязался некто в гороховом пальто. Петербургский градоначальник приказал: «Установить за деятельностью и сношениями Мечникова бдительное секретное наблюдение, о результатах которого немедленно уведомлять департамент полиции».

Министр внутренних дел Сипягин писал министру иностранных дел Ламздорфу по поводу «Высшей русской школы общественных наук» в Париже, президентом которой был Мечников: «Хотя по существующему законоположению французские власти, быть может, и лишены возможности воспрепятствовать открытию «Свободного русского университета», но, с другой стороны, едва ли можно признать соответственным существование в столице дружественной державы школы, деятельность которой направляется главным образом во вред русскому правительству».

Попытки русского правительства сорвать открытие университета не удались, новое дело продолжало жить. Мечников читал в университете лекции по микробиологии, неизменно собиравшие большое количество слушателей.

В 1902 году Илья Ильич Мечников был избран почетным академиком Российской Академии наук. Это было запоздалое признание его научных заслуг. К этому времени имя Мечникова стало известно всему миру. Его приглашали делать научные доклады во многие страны Европы и Америки. Но Илья Ильич не хотел прерывать ни на один день своей исследовательской работы. Надо было так много сделать, а годы шли так быстро, что не хотелось тратить драгоценное время на поездки и визиты.