В 1886 году вместе с двумя своими учениками – Н. Ф. Гамалеей и Я. Ю. Бардахом – Илья Ильич организовал первую в России (и вторую в мире) бактериологическую станцию, в задачи которой входили прививки против бешенства вакциной, предложенной годом ранее Луи Пастером. Позже на станции были проведены прививки скота против сибирской язвы.

В 1887 году Мечников посетил ряд западноевропейских лабораторий и остановил свой выбор на предложении Л. Пастера работать в его новом институте, который правительство Франции построило специально для исследований великого ученого-микробиолога.

Знакомство с Луи Пастером изменило всю жизнь Мечникова. Илья Ильич так вспоминал свою первую встречу с великим микробиологом: «Придя в маленькую лабораторию барака, расположенного в так называемом Латинском квартале Парижа (на улице Воклена), наскоро устроенного для предохранительных прививок против бешенства, я увидел дряхлого старика небольшого роста с полупарализованной левой половиной тела, с проницательными серыми глазами, с седыми усами и бородой, в черной ермолке, покрывавшей коротко остриженные волосы с проседью. Поверх пиджака на нем была одета широкая пелеринка. Болезненно бледный цвет лица и утомленный вид подсказали мне, что я имею дело с человеком, которому осталось жить недолгие годы, быть может, лишь несколько месяцев».

Пастер принял Мечникова очень радушно и тотчас заговорил об особенно интересовавшем Илью Ильича вопросе – о борьбе организма против микробов. «В то время как мои молодые сотрудники очень скептически отнеслись к вашей теории, – сказал Пастер Мечникову, – я сразу стал на вашу сторону, так как я давно был поражен зрелищем борьбы между различными микроскопическими существами, которых мне случалось наблюдать. Я думаю, что вы попали на верную дорогу».

Увлеченный вопросом о предохранительных прививках против бешенства, которые тогда еще находились в первой стадии практического применения, Пастер повел Мечникова присутствовать при их выполнении. Он останавливался на малейших подробностях, отчаивался при малейшей неудаче, утешал детей, плакавших от боли, причиняемой впрыскиванием, совал им в руки медные деньги и конфеты. Мечников видел, что Пастер всем существом своим предан делу и что страстность его натуры не уменьшилась с годами.

Общаясь с Пастером, Мечников не переставал ему удивляться. Вот зарисовки некоторых впечатлений Ильи Ильича:

«На другой день Пастер пригласил меня с женой к обеду у него, в его квартире в Нормальной школе. Видя его необыкновенную простоту в обращении, мне не пришло в голову, что обед будет носить сколько-нибудь парадный характер. Поэтому я был уверен, что, надевши черный сюртук, я окажусь одетым вполне подходящим образом. Каково же было мое удивление и смущение, когда, поднимаясь по лестнице, я встретил расфранченных дам и кавалеров во фраках. Я тотчас же собрался вернуться домой, чтобы надеть фрак, который случайно оказался у меня, ввиду того, что я только что перед Парижем участвовал в Международном гигиеническом конгрессе в Вене.

Пастер стал меня успокаивать, а для того чтобы я почувствовал себя непринужденно, он сам пошел переодеться и надел сюртук. Обед и послеобеденное сидение прошли в оживленной беседе, так что мое смущение совершенно улеглось».

Отмечает Мечников и преклонение великого ученого перед орденами. Впрочем, Луи Пастер в последние годы жизни больше всего интересовался не наградами, а результатами прививок против бешенства и судьбой основанного им института. Строительство института обошлось слишком дорого, когда оно было закончено в 1889 году, осталось совсем немного денег из подписной суммы на его содержание. Отсюда заботы Пастера о поиске новых источников доходов.

Мечников вспоминал: «Не будучи в состоянии сам продолжать работу, Пастер нередко подымался в мою лабораторию, расспрашивал о моих занятиях и предавался воспоминаниям о прошлом. Свое воодушевление и необыкновенную энергию он старался вложить в своих учеников и сотрудников. Он никогда не отравлял скептицизмом, столь свойственным достигшим апогея своей славы ученым, а, наоборот, всегда поддерживал дух и надежду на успех. Когда Ру [2] удалось получить яд дифтерийной бактерии, Пастер все время побуждал его как можно скорее и энергичнее приняться за предохранение животных от дифтерита. Озабоченный успехом института, он очень поощрял работавших в нем, надеясь обеспечить этим будущность излюбленного им учреждения.

Так как в то время, о котором я говорю (начало девяностых годов), бактериология разрабатывалась повсюду с лихорадочной поспешностью, Пастеру было трудно самому следить за движением науки, и он часто обращался к кому-нибудь из нас, особенно когда к нему являлись посетители. Я помню, он как-то раз прислал за мной, когда у него сидел какой-то совершенно в науке не известный, но очень важный доктор из Мексики. Я застал его в кабинете Пастера рассевшимся в кресле, с огромной золотой цепочкой и необыкновенно самоуверенным видом. Он явился с проектом нового лечения одной очень распространенной инфекционной болезни и был крайне удивлен, что Пастер никогда не слыхал о его методе. "Как странно, – сказал он, – что, в то время как мы в Мексике очень осведомлены о ваших открытиях, вы, г-н Пастер, совершенно не знакомы с моими работами". Разумеется, из предприятия мексиканского эскулапа ничего не вышло, и теперь даже трудно припомнить, в чем заключалась его система лечения».

Пастер был весьма открытым человеком и его осаждали всевозможные посетители, обращавшиеся к нему с самыми невероятными просьбами и предложениями. Его забрасывали письмами, на которые он отвечал с ангельским терпением.

Илья Ильич отмечал, что «старость Пастера не была счастливой». Несмотря на почитание, которое окружало его в семье, и на бесконечное уважение и преданность со стороны всех соприкасавшихся с ним, он все же считал свою роль незавершенной и вечно мучился, нередко даже без достаточного к тому повода.