В «смутное время» Сибирь наполнилась беглыми крестьянами и холопами. Мангазейская дорога стала одним из важных путей, по которым передвигалась крестьянская вольница в далекие сибирские земли. После ликвидации смуты правительство царя Михаила Федоровича потребовало от воевод ликвидации сложившихся в предыдущий период порядков, укрепления налогового пресса и увеличения доходов в старых и новых уездах Сибири. Наступление крепостников на крестьян и городское население проходило по всей стране. Завершилось оно Соборным уложением 1649 г. В то же время ничем не стесненные поездки северных крестьян в Мангазею шли вразрез с новой крепостной политикой. Они являлись бельмом на глазу не только у сибирских воевод, но и у администрации северных областей, так как касались самих основ феодального государства. Сохранилась отписка 1623 г. мангазейских воевод Дмитрия Погожева и Ивана Танеева в связи с запрещением плавания из Поморья на Обь и Таз. Воеводы заявили, что «… в Мангазею же де приезжают, бегаючи с Мезени и Пустоозера, и с ними всякие люди (из других районов страны) от государевых податей, а иные от воровства и от своей братии от всяких долгов».

Мангазейский морской ход, запрещенный царем, — это путь в Сибирь для тех, кто не располагал большими капиталами, не смог снарядить в Сибирь богатых экспедиций, это дорога бедных и средних крестьян-промышленников. И запрещение ее нанесло удар и им, и Мангазее. В год запрещения мангазейского мореплавания мангазейские воеводы Погожев и Танеев писали царскому двору. «В той нашей десятинной мяхкой рухляди недобор великой для того, что поморские промышленные люди подымаютца из своих домов до Мангазеи морем своими невеликими ужинами, а сибирская дорога (через Урал) от поморских городов удалела… И впредь нашей десятинной мяхкой рухляди будет мало». И действительно, помор-крестьянин после запрета плавать в Мангазею потерял возможность появляться в Сибири в качестве промышленника-своеужинника. Он просто не имел на это средств. Отныне, чтобы попасть в Сибирь, он должен был по крайней мере вложить свой скудный капитал в строительство коча или лодьи, чтобы добраться до Печорского устья, или приобрести оленьи или собачьи упряжки, чтобы доехать до среднего течения Печоры, откуда начинался «Черезкаменный путь» по рекам Усе и Соби. Крестьянин должен был платить и за транспортировку своих грузов через Урал до Оби. В Березове его снова ждали расходы — наем морского судна. По Обской и Тазовской губам ходили большие дорогостоящие морские кочи, поднимавшие до 2 тысяч пудов груза, а не малые волоковые, которыми он пользовался, плавая из Поморья в Мангазею. Кроме того, в Березове с него брали деньги за работу вожа. Фактически средний, а тем более бедный крестьянин не мог позволить себе такой поездки. Поэтому количество своеужинников, плававших в Мангазею, после 1619 г. резко сократилось.

Мангазейское мореплавание конца XVI и начала XVII в. осталось в памяти народа как овеянная легендами яркая страница освоения морских путей.

В самом акте прекращения мангазейского мореплавания имелась еще и другая сторона. Тобольские воеводы смотрели косо на возможность передвижения больших масс людей из Сибири на Русь по самой северной дороге. Дело в том, что в 20-е годы XVII в. началось освоение южных сибирских путей от Тобольска на Маковский острог, Енисей, а затем и на реку Лену. Построить южную внутрисибирскую дорогу в тайге, на болотах и гатях силами пашенных крестьян, казаков и стрельцов оказалось весьма трудно. Один из енисейских воевод писал царю: «От Маковского острожку через волок до Енисейского острожку ходу нартами восемь недель… волок велик, около двухсот верст. А на волоку болото и грязи, и колоды и заломы великие — и на себе всех запасов не перетащить». «И поэтому, — заключал воевода, — хуже Енисейска во всем твоем государстве Русской и Сибирской вотчине нет; служат, государь, служилые люди зимою на нарте, на шлее, а летом беспрестанно на весле и на шесте. А ходят твои государевы служилые люди беспрестани по новым землицам и великую нужу, и бедность, и голод терпят, и души свои сквернят». Многие не выдерживали тяжести работы, бежали в тайгу и тундру, а оттуда на Русь. По донесениям мангазейских воевод, беглые работные люди уходили из Тобольского разряда, из Сургута, Березова, Томска, от «хлебных запасов». «Беглецы бегают скопяся многие», — сообщали воеводы.

Мангазея и в этом случае оказалась в центре событий. Путь «беглецов» чаще всего проходил по северным и труднодоступным районам. Так, в 1636 г. бежавшие в разные годы из Красноярска и Енисейска крестьяне «скопились» в Туруханском зимовье и оттуда двинулись в Мангазею. В город они не заходили, а, захватив два струга, проплыли ночью по Тазу к Обдорску, причем караульные стрельцы, заметившие беглецов, не приняли никаких мер. Этот факт серьезно обеспокоил царский двор, потребовавший срочной поимки работных людей, наказания их и возвращения назад.

И когда принималось решение о запрещении плавания поморов в Мангазею, царский двор предусмотрел подсказанную Иваном Куракиным постройку трех вооруженных застав — Киртасской, Собской и Ямальской. По мысли Казанского приказа и тобольских воевод, эти заставы должны были преградить пути прохода беглых крестьян в Сибирь и из Сибири. Один из этих путей являлся мангазейским, морским. Так как контролировать поездки по морю через Ямал оказалось непросто, то и решили тобольские воеводы добиться запрещения этого пути.

Показательна для иллюстрации бессилия таких попыток постройка Ямальской заставы.

В «запретительной» грамоте 1619 г. царь предписал Ивану Куракину направить 50 служилых тобольских людей вниз по реке Оби и Обской губе в устье реки Зеленой и оттуда к волоку между этой рекой и рекой Мутной. Стрелецкому отряду надлежало поставить там заставу и даже срубить острог, «где пригоже», для того чтобы «немецкие люди» не проникли в Мангазею. А русских промышленных и торговых людей «с моря и с поморских городов Кулоем и на Канин Нос и на Тресковую и на два острова, что у Варандеевских мелей, и на Моржовик остров малыми речками и большим морем на Югорский Шар и на Карскую губу и на Мутную и на Зеленую реку и в Мангазею, а из Мангазеи на те же места пропущати не велели». Плохо знали тогда в Казанском приказе географию северных областей страны, а особенно не понимали трудностей постройки Ямальской заставы, очевидно, полагали, что ее можно возвести так же легко, как южные, например Киртасскую или Собскую. Однако этого не произошло. В течение десяти лет тобольские и березовские казаки делали безуспешные попытки построить острог в междуречье Мутной и Зеленой.

Первый отряд для постройки Ямальской заставы по указу Ивана Куракина посылался из Мангазеи. Но о нем ничего неизвестно. Очевиднее всего, недовольные решениями Ивана Куракина мангазейские воеводы под каким-то предлогом отказались от посылки стрельцов.

Первая поездка в устье реки Зеленой состоялась в 1624 г. Командовал тобольским отрядом из 20 стрельцов сын боярский Яков Шульгин. Известно, что отряд вышел на Березов 7 июня, где к нему присоединилось двадцать тобольских казаков. Вероятнее всего, что кочи Шульгина не смогли дойти до цели. Счастливее оказался сын боярский Федор Игнатьев. Ему, кажется, удалось побывать на заставе и вернуться в Березов. В 1626 г. на заставу ходил атаман Иван Бабарыкин с 34 тобольскими и березовскими казаками. Казак Василий Пустозерец взялся довести служилых до реки Зеленой, но 20 сентября Бабарыкин, не достигнув цели, вернулся в Березов. По его рассказу, на коче они шли три недели до устья Оби при сильных встречных ветрах, затем на парусе «бежали» два дня до Русского Заворота, где Тазовская губа впадает в Обскую. Здесь их встретил дождь и сильный ветер. Коч выбросило на кошку, а палубные павозки разбило. Шесть недель ожидал Бабарыкин перемены ветра, находясь в трех днях плавания от устья Зеленой. Ветер так и не изменился, а осенью ударили сильные морозы, в Обскую губу принесло с моря лед. В следующем году он взял с собой 23 человека и двух вожей и снова попытался пройти в устье реки Зеленой. Поход начался сразу после отступления льда из губы. Такое решение было правильным, и коч вошел в реку Зеленую. Плывя по этой извилистой реке, Бабарыкин перепутал волоки и вынужден был ни с чем возвратиться в Березов. Того волока, по которому ходили раньше поморы, он так и не видел. В 1628 г. ездил на реку Зеленую тобольский сын боярский Данила Низовцев. 28 мая его коч вышел из Тобольска, а 30 августа прибыл на Зеленую. Наказной памятью Низовцева обязывали идти на те места, где раньше побывал Бабарыкин.

После семидневного путешествия стрельцы и казаки уже еле тащили на себе павозки вверх по Зеленой, и когда пришли к стоянке Бабарыкина, выяснилось, что Бабарыкин ходил «не тою дорогою, которою наперед сего хаживали торговые и промышленные люди с Руси в Мангазею и из Мангазеи на Русь, потому что вож обознался». На поход до волока между Мутной и Зеленой Низовцеву уже не хватало времени, и он возвратился назад. Бесцельность и неосуществимость затеи с организацией заставы на Ямале стала очевидной даже самим тобольским и березовским воеводам. Поэтому в 1630 г. тобольский воевода Андрей Хованский просил Казанский приказ снять с него выполнение этой обязанности, сославшись на то, что не сможет держать служилых людей на Ямале и что у него нет людей, знающих старую мангазейскую дорогу. Он писал, что на Ямале нет леса, в Обской губе бывают встречные ветры, которыми разбивает кочи, а «в те поры из кочей и хлебные запасы мечут в море», и что от всего этого «будет мешкота».