Эксплуатация Ту-134 в Эстонии продолжалась до середины 90-х гг., большинство из них было продано в другие страны бывшего СССР. К концу 90-х были выведены из эксплуатации и последние Як-40. Сегодня самолетов советской конструкции (кроме, разве что, нескольких Ан-2) в Эстонии уже нет.

В 2011 г. Estonian Air приобрела в собственность три новых реактивных «регионала» CRJ-900 производства канадской компании Bombardier

1 декабря 1991 г. после обретения Эстонией независимости на базе Эстонского УГА была сформирована авиакомпания Estonian Air, подконтрольная новому государству. По наследству ей перешли 11 самолетов Ту-134 (12-й борт, ES-AAJ, в авиакомпании так и не залетал), четыре Як-40 и несколько Ан-2. Реактивные лайнеры вышли на линии, связывающие Эстонию с западными странами — прежде всего, с Финляндией. Среди пунктов назначения в ставших независимыми государствах бывшего СССР оставались Москва, Киев, Вильнюс и Минск. Несколько десятков других направлений на постсоветском пространстве было закрыто в период с конца 1991 по начало 1992 гг.

Последний Ту-134 (ES-AAE) и все Як-40, доставшиеся Estonian Air, были проданы в 1998 г. Впрочем, поначалу авиакомпания предпринимала некоторые усилия для модернизации полученных машин. Были переоборудованы интерьеры у бортов ES-AAG, ES-AAI и ES-AAN, а ES-AAL оснастили дополнительным баком в центроплане. Однако для успешных полетов по Европе новоиспеченному государству, ориентированному на Запад, нужна была иная авиатехника.

Первой «иномаркой» в парке Estonian Air стал новый 113-местный Boeing 737–500 (ES-ABC, серийный № 26324), полученный летом 1995 г. В феврале 1996-го флот перевозчика пополнился еще одним аналогичным самолетом (ES-ABD, № 26323). Оба лайнера были взяты в лизинг у ILFC и построены специально для эстонской авиакомпании. Машины получили имена Koit («рассвет») и Hamarik («заря») — видимо, в честь баллады Фридриха Рейнгольда Крейцвальда, создателя эстонского народного эпоса и общественного деятеля XIX века. Всего под флагом авиакомпании летало десять B737-500 и два В737-300. Сегодня эстонский перевозчик отказался от эксплуатации «боингов» из-за их переразмеренности для местного рынка. В ближайшее время последний Boeing 737–500 (ES-ABL, серийный № 28997) будет возвращен лизингодателю.

Осенью 1996 г. Estonian Air получила в лизинг от датской бюджетной авиакомпании Maersk Air первые два турбовинтовых региональных самолета Fokker 50 (ES-AFK и ES-AFL, серийные № 20126 и 20127) выпуска 1988 г. В период 19972000 гг. пришли еще три подобные машины. Эксплуатация «фоккеров» в Эстонии продолжалась до 2003 г.

Для развития воздушного сообщения между Эстонией с ближними регионами в июне 2007 г. Estonian Air учредила дочернее предприятие Estonian Air Regional, взяв в лизинг для начавшихся с осени того же года регулярных авиарейсов три 33-местных турбовинтовых самолета Saab 340 выпуска 1988–1990 гг.: ES-ASM (серийный № 132), ES-ASN (№ 151) и ES-ASO (№ 223). Срок аренды этих самолетов завершился во втором квартале 2013 г., и они уже возвращены лизингодателю, а операционная деятельность регионального подразделениях в рамках санации материнской компании прекратилась.

Сейчас Estonian Air оперирует тремя реактивными CRJ-900 канадского производства и четырьмя E170 бразильской фирмы Embraer. Все три CRJ-900 (ES-ACB, ES-ACC, ES-ACD) приобретены компанией в собственность в 2011 г новыми, непосредственно у производителя. «Эмбраеры» выпуска 2005 г. взяты в лизинг в первой половине прошлого года. В 2012 г. средний месячный налет на одно среднесписочное воздушное судно типа CRJ-900 составил около 260 ч, на один Е170 — около 210 ч.

Финансовое состояние компании в последние годы пошатнулось: последний раз прибыль была заработана в 2005 г. В связи с этим национальный перевозчик работает в рамках плана реструктуризации. В частности, поэтому в марте текущего года Estonian Air отказалась от ранее закупленных у бразильской компании Embraer двух E190.